在接下来的《三体》的故事以当时世界上一大批最优秀最顶尖的科学家自杀开始，引出了神秘组织科学边界。这个组织的成员多是高级知识分子，宣扬科学的尽头，对于科学信仰已经动摇。
汪淼和史强在调查中接触到《三体》VR游戏，终于了解三体星球究竟是怎么回事。
原来，那个星系有三个恒星，时刻处于不稳定状态。
大量的新奇设定如潮水一样涌来，比如三体星人的进化，三体星为未来抵抗高温的脱水、人列计算机，思想钢印……让正在阅读的姚海南瞳孔一阵阵放大。
随着调查的深入，叶文洁再次出现，她已经是Eto的精神领袖，并向汪淼坦白了自己的红岸基地往事和究竟是如何同三体联系的。
然后就是揭秘一系列顶级科学家自杀的真相。
原来，三体星人是用一颗智子锁死了人类的基础科学，并进行超级监控。
所谓智子，就是将质子进行二维展开、蚀刻电路后改造而成的高维智能粒子，既能以光速在宇宙中传递信息、进行干扰，又能化身为宏观可见的幻象（如“幽灵倒计时”）。
简单说来，就是一颗智子无限展开，包裹整个地球，让人类所有基础物理学的研究数据都被修改和删除，科技被锁死。同时，还能时刻监视，制造幻象。
人类的科学研究到这时，已经无法取得任何进步。
这是何等绝望，这也是为什么一大批顶尖科学家选择自杀的原因。
同时，三体舰队正用十分之一光速的速度朝地球驶来，预计四百年后会进入太阳系，人类的灭亡进入倒计时。
同时，又有一个危机出现。Eto核心成员伊文思的巨轮正驶入太平洋，携带着大量三体信息。
警察大史提出了一个疯狂的计划，利用纳米材料专家汪淼研发的超强度纳米材料飞刀，在巴拿马运河上布下切割网，把伊文思的巨轮切成碎片，截获了三体人的信息。
在截获的三体信息中，三体人轻蔑地对地球人说：“你们是虫子。”
《三体》第一部的故事最后，叶文洁最后来到了红岸基地
同时，太空深处，三体舰队还在浩浩荡荡出发，四百年后就会降临，人类的生死存亡面临挑战。
……
稿子终于看完，姚海南长长地吐了一口气。
窗外天色已暗，不觉中一天过去，已经到了下班的时候。
其他编辑还在定睛看着电脑屏幕，神色都是凛然。
编辑们看的就是看稿子的工作，阅读速度都非常快。像《三体》这种三十万字的稿件，落他们手上，一目十行，也就几个小时的事情。但这本书实在太精彩，你读的时候，会不知不觉慢下来，慢下来，然后细细咂摸其中的味道，这大约就是沉浸式阅读吧。
已经很久很久没有这么看过书，真令人愉快。
“真是惊心动魄啊。”一个资深编辑说：“刚开始的时候，我还以为叶文洁是主角，没想到镜头一转来到现代，主角变成了汪淼和大史。故事也从外星人变成了，顶尖科学家自杀的迷案。随着调查的深入，Eto组织浮出水面，三体文明重新出现，叶文洁再次出现的时候已经成为配角。等到整个世界都为你闪耀的那一段，我真的是被震惊到了。”
另外一个编辑插嘴：“真不知道大刘的脑子是怎么做的，连智子锁死人类科技的点子都想得出来。”
小刘：“里面的新鲜点子实在太多，比如人列电脑，三颗恒星，用太阳做信号放大器，相比之下，最后部分的飞刀也不算什么。”
“什么也不算什么，就飞刀那个灵感，换成我，都能单独写一本小说。”有编辑插嘴：“这本书里的任何一个点子拆出来都能单独成书，结果被大刘不要钱似地塞进一部小说，真是浪费。”
小刘：“刘慈新好像就没有缺过点子，我听其他科幻小说作家说过，他们很羡慕。”
其实，科幻小说有点点子文学的味道。只要点子好，以作家们的能力，很轻易的就能撑一本书出来。而很多科幻小说，归根结底，其实一句话就能概括，这一句话，或者说这个点子才是最值钱的东西。
因此，科幻小说作家们聚会的时候，无论私交再好，都很默契地不讨论写作，就是怕自己的灵感和点子被人偷了去。
由此可见一个好的想法是何等珍贵，也由此可见，刘慈新浪费这么多好点子是何等的败家子行为。
小刘长长叹息：“可惜这么多字，也就写了个开头，真想看看刘慈新接下来又会怎么写。三体人科技那么强，人类的科技又被智子锁死，四百年后，三体人一到，我们又该如何应付，难道就这样灭亡了吗？老姚，半年奖我不要了，苹果手机也不买了，愁啊！”
“你倒是带入进去了。”众人哈哈大笑。
姚海南说：“三十万字才写了个开头，悬念十足啊！他讲诉了一个关于两中文明首次接触的故事，提出科学文明人性和生存的一系列问题，张力十足。让人期盼，接下来的故事是何等的宏大。这本书也不用修改了，直接发，发在下一期，所有的版面都给刘慈新，他配得上这个待遇。”
这事大家倒没有什么异议，都点了点头。没办法，书实在太好了，谁能不被他所征服呢？
但姚海南接下来的话却让所有人都惊骇莫名。
姚海南掏出手机，拨了个电话：“老李，上次你不是问我这里有什么好稿子吗，我找到了一本，你出不出？”
老李是重庆出版社的编辑，和《科幻世界》是老交道：“什么书，那个作者的？”
姚海南：“刘慈新的新书，长篇小说，名字叫三体，写外星人侵略地球的。”
老李哈哈笑道：“刘慈新的书我肯定要，不过，外星人打地球人的故事太大路货，没多大意思，销量我可不敢保证，至少不敢保证是畅销书。”
姚海南反问：“你告诉我，刘慈新写过大路货的小说吗？”
“那倒是没有。”
“这是一部伟大的作品，也就是从这部书开始，刘慈新会成为真正的大师，儒勒凡尔纳、乔治威尔斯、阿瑟克拉克、阿西莫夫那样的大师。不，或许更伟大。因为这是不同于以往的事物，是前所未有的开创。”姚海南：“我不是在恳求，我是在给你出版这部小说的荣耀。”
姚海南最后说：“老李，伸出手，摘下那颗金苹果。”