肖天健在三月初的时候，再一次离开了南京城，踏上了前往北京的道路，虽然这一次北上，即便是他还想再来一次御驾亲征，别说内阁大臣不同意了，就算是军中诸将也绝对不会干，所以肖天健很遗憾的只能选择妥协，不过他还是决议，要尽可能的靠近战场一些。
于是他便以顺道前去巡视北京城定都之事为由，到北京坐镇，在那里来直接“关注”此次北伐之战。
在元月的御前内阁扩大会议确定了北伐作战之后，大中朝这部庞大的战争机器便再一次高速的运转了起来，这一次北伐不同于三年前的那次北伐，大中朝经过这近三年的发展之后，经济基础已经远超当年相当多了。
最重要的是大中朝现如今已经没有了南方和西北方向的后顾之忧了，可以集中国内更多的资源，来打这一场大决战。
所以大中朝这一次才可以调集起远超过第一次北伐近一倍的兵力和海量的物资来进行这一次北伐之战。
这样大的军事准备行动，是不可能瞒得住辽东的建奴的，所以索性大中朝这一次也没有刻意隐瞒，大张旗鼓的在全国各地通过官府作为喉舌，大肆宣扬建奴的残暴，以及他们对汉人的威胁，并且宣布要对建奴进行一次惩戒行动，号召国内各地富裕家族捐钱捐物或者购买战争债卷来支持这次对建奴的作战行动。
这样的宣传当然会起到一定的效果，所以国内不少人还是支持此次朝廷的行动的，而且让各地百姓感到放心的是，这次大中朝对建奴用兵，并未因为军队的粮饷，而增加各地的赋税，而是通过发售高息战争债卷来进行筹措，征粮也是采用的拿钱从民间采购的手段，而不是效仿当年大明朝向百姓增派练饷、剿饷、辽饷，来将负担转嫁到百姓身上。
如此一来，老百姓身上的负担并未因此增加，朝廷拿钱购粮，老百姓和一些富绅感念与大中朝廷对他们的宽厚，也愿意将手头的余粮卖给官府，一些手头有钱的人，一时间还没有什么开办工商业的思想，加上大中朝目前推行的政策也限制有钱人进行土地兼并，手头的闲钱只能屯在地窖里面没用，刚好大中朝又推出了高息战争债卷，对于这些有钱人来说，购买债卷既可以让他们的财富升值，而且还让他们可以捞一个忠君爱国的名头，于是战争债卷这次发售的效果相当不错，各地有钱人纷纷出钱购买，很快便让大中朝廷募集到了大量的战争资金，解决了户部缺钱支撑这次北伐作战的问题。
有了钱，购粮也就容易多了，大批屯与民间的粮食被集中收购起来，然后开始通过各种途径，朝着北方转运。
为了减少陆路运输消耗过大的问题，此次南方各地物资的北运，大中朝还是决定以水路运输为主，而这一次支撑北伐作战的运输主力，已经不是天元元年时候主要依靠运河漕运运输了，现如今随着郑家集团的投降之后，大中朝又倾尽力量打造海上力量，并且鼓励私人建造海船，也取消了大明朝对于海船建造不能超出双桅四百料的限制，让民间有钱人和造船工匠们可以放开手脚想造多大的船就造多大的船。
于是这短短两年时间，沿海各地以及各大江河上早已衰落的造船业便再次开始复兴了起来，一个个民间的造船厂开始兴建了起来，一旦民间力量爆发出来，是相当可怕的，所以这两年来各地下水的船只数量越来越多，本来比较平静的海面上，这个时候再一次开始出现的点点帆影。
运河上的漕船虽然可以提供比较强的运输能力，但是比起海运来说，却差的远了，所以这一次南方朝北方转运作战物资的主力，便换成了海船，大批物资在各地装船之后走海路，沿着海岸线北上，承担了这次北伐的运输主力。
为了筹备这次大规模的军事行动，兵部指定运河终端的通州为运河漕运的物资集结点，而因为海路运输此次为主，所以干脆肖天健便着令将山海关作为一个海运物资的下货集结点，反正后世的秦皇岛港，本来就是北方著名的天然不冻港，这个时代因为小冰川时代的原因，虽然冬季渤海海面会结冰，但是二月之后，海冰便已经开始融化，不会再影响到船只行驶和进出港口了。
故此肖天健下旨，令驻守在山海关的大中军主导，永平府征调当地民壮迅速的在山海关选择地点建立码头和大量的栈桥，以供随后而到的大批海船停靠卸货，并且在山海关内建立一个庞大的物资储备点，接受囤积北运的各种作战用物资。
同时在胶东的威海卫和登州两地，也成为了两处接受物资的重要储备地和军队的集结地。
而承担这些运输的船只，大中朝也没有都让海军来负责，而是开放给民间的民船，来帮助朝廷进行运输，而不是采取的强迫征用的手段，凡是承担这些货物运输的民船，都可以获取到朝廷开出的运费，确保他们利益不会因此受损，民间的船东自然对此拍手称贺，踊跃参与这种运输。
故此二月之后，大批物资便开始通过运河的漕船和大批海船开始源源不断的朝着北方行去，而且驻在南京的近卫军也奉命开拔，在镇江、扬州、南京等地登船，直接乘坐漕船北上，如此一来，不但减少了途中长途行军的消耗，而且让军队免去了徒步长途行军之苦。
肖天健在三月间也踏上了北上之路，这一次卢象升因为是总理大臣，要在后方负责主持政务，故此很遗憾的没有能跟着肖天健北上，所以这一次跟着肖天健北上的还是以李信和兵部的参谋部人员为主，一行人乘坐了十几条漕船浩浩荡荡的沿着运河朝着北京方向行去。
一路无话，肖天健一行人经过二十天的行程之后，终于抵达了北京城，而北方的军方和文官都得到了消息，罗立、王承平、刁正和现任顺天府知府张尔忠等人早已提前在通州等候迎驾了。
肖天健的座船一到通州码头，这里便鼓号齐鸣了起来，提前到达的刘耀本所部的近卫军和羽林卫早已将码头一带控制，布置下了严密的警戒线，确保肖天健一行人的安全。
肖天健登岸之后，和诸臣见面，稍作寒暄，也不在通州多停留，简单的询问了一下通州物资囤积的情况之后，便立即带着这些人赶往了北京城。
再次进入北京城，让肖天健感慨良多，眨眼间距离上一次离开这里，已经快两年多时间了，当再一次踏入这座雄伟的都城的时候，此地当年战争的遗迹已经消失不见了，那些战损的城墙以及垛口，都已经被彻底修复，虽然按照肖天健的圣谕，各地包括北京，都不能大兴土木重建或者新建城墙抑或是衙门之类的东西，只能在原有基础上修缮，而且不需追求奢华，尽量减少财政支出，但是北京毕竟已经被确定为未来的大中朝的都城，前期被各部派来准备的人员，还是尽可能的让这里恢复的好一些。
故此北京城和肖天健上次离开这里的时候，变化还是相当大的，城墙上变得干净了许多，城墙上的裂缝也被修补了起来，变得比以往更加庄严巍峨的许多。
走入城中之后，肖天健还注意到了一个情况，那就是北京城这两年变得干净了许多，原因很简单，肖天健知道历史上在这一年的下半年，北方很可能出现了大规模的鼠疫，导致了李自成轻易便取下了北京城，后来李自成的大顺军也可能大规模感染了鼠疫，所以战斗力变得十分低下，最终导致了在清军面前的溃败。
不管这件事是不是真的在历史上发生了，但是肖天健都很是重视这种可能性，这也导致了他决定推迟迁都到北京的时间。
为了避免这种大规模鼠疫的发生，肖天健从去年初开始，便派出了太医局的医官们先行来到了北方，不单单是在北京城之中，包括整个北方个各个城镇，都要求各地官员重视卫生的问题，尽可能的灭鼠，同时对多筹措生石灰不断的在城镇之中进行铺洒，另外要求城镇之中的垃圾安排人及时清理出城，以及人畜的排泄物也要想办法处理。
结果导致了北方这一年多来，许多城镇的卫生情况都发生了很大的改变，北京城作为未来的都城，更是受到了重视，城内以前垃圾遍地的情况得到了改善，变得干净了许多。
肖天健看罢这样的情况之后，放心了许多，现在北方局势提前了几年稳定下来了，流民减少，民生安定许多，这样一来，可能会发生的鼠疫情况也就很大程度上被避免，故此肖天健对太医局前期在北方的工作表示了满意。
紫禁城还是当初的摸样，肖天健并未令人对这里进行修缮，主要修缮的也只是未来城中各部要使用的衙门，但是却没有扩建，只是在原有基础上进行清理修缮和加固，所以耗费并不是很大。
紫禁城之中的大部分宫殿还是处于封闭状态，仅留下了二百多名无处可去的前朝的太监和老宫女负责在紫禁城之中进行日常维护，另外这里驻守了一个连的羽林卫负责紫禁城平时的安全，省的让蟊贼潜入城中偷走里面价值连城的宝物。
肖天健进入紫禁城，依旧还是仅开放使用了武英殿，一到这里，他便召集诸将开始查问战前的准备情况。