原本崇祯皇帝以为，缺饷多少就发多少下去，很容易的事情。可没想到，最终还是户部尚书毕自严和兵部尚书申用懋为此打了御前官司，才让他意识中，这里面的事情很复杂。
事情一开始的时候，是兵部尚书申用懋上本弹劾户部尚书毕自严克扣军饷，不按册补发欠饷。崇祯皇帝当时一听，勃然大怒，这样的事情还了得，立刻传旨户部尚书觐见。
毕自严其实早就有思想准备了，一见崇祯皇帝，立刻反过来弹劾兵部尚书道：“陛下，兵部所存军黄册乃是天启年间核实而已，如今战乱频繁，军卒多有死伤。如若还按军黄册补发军饷，臣弹劾兵部尚书意图吃空饷！”
“陛下，臣亦弹劾户部尚书克扣军饷！”申用懋也跟着奏道，针锋相对，丝毫不让。
崇祯皇帝听到这里，便知道自己想简单了。他也不马上就下定论，只是皱着眉头想了会后，才对申用懋道：“申卿，毕卿听起来言之有理。当然，朕亦不信申卿会吃空饷，这其中缘故，可否解释一二？”
吃空饷的事情，其实是肯定有的。崇祯皇帝也知道这点，不过他还真不信，兵部尚书敢明着来吃空饷，那胆子就太大了。
申用懋听了，感激地一躬身，而后直起身子奏道：“陛下，我大明地方辽阔，军兵众多达百万之巨。如若要使军黄册和实际一样，这是不可能的事情。历来做法，都是按军黄册作为凭证的。如今要是再进行一次全国范围的核查清军，等数目报上来之后，臣估计户部已无余银！”
他说完之后，自己都有点纳闷。按说他所了解的毕自严，以前可不会这么不配合。朝廷说要发饷，兵部去领了就是。只是不知道，这一次为何毕自严竟然斤斤计较如此。
崇祯皇帝听明白了他的意思，感觉有点无语。这申用懋是看到户部现在有钱，所以赶紧要了，就怕以后要不到钱。
想到这里，他眼睛看向毕自严，还没想好说什么。却被毕自严误会了，只见他立刻严肃地奏道：“陛下，此理由甚是荒谬！臣掌户部，亦当为国库负责，为陛下尽责！”
别人可能没法理解他的坚持，其实他是受够了户部没钱的苦。想想看，这个找他要钱，他没钱；那个找他要钱，他也没钱；他要办这事，没钱，他要办那事，还是没钱。
当上户部尚书后，缺钱这事儿，甚至都成了他的恶梦。他的亲兄弟，辽东巡抚毕自肃，就是因为没钱最终送掉了性命。如果说大明谁最怕听到钱这个字儿，恐怕不是大明皇帝，而是户部尚书。
如今，户部终于有了钱。毕自严是穷怕了，自然格外珍惜现在手中的钱。谁要往他手里把钱往外领，他都得好好掂量掂量。
要是换以前的话，户部反正没钱，你兵部一纸公文过来说还欠饷多少多少。他就一个态度，随你的便，反正我没钱。可如今不同了，你一纸公文过来，他知道这里肯定要花冤枉钱，那他就不干了。
崇祯皇帝听了毕自严的回答，觉得他说得在理，也是点点头，而后目光看向兵部尚书。
申用懋一见，好像皇上被户部尚书说动了，就急了，连忙奏道：“陛下，如若此时清军，涉及到都察院，地方各级官吏卫所，不要说要花多少时间才有个结果，光是最终呈上来清军之后的军黄册，也不见得就确凿无误了啊！反正早也不准，晚也不准，不如先行补发部分欠饷也成！”
他知道皇上是非常关心欠饷的事情，去年底在朝会上，甚至还着重强调过欠饷的危害。加上就怕户部的银子用完，说话都带了点耍无赖的意思了！
崇祯皇帝听了，他有点搞糊涂了。毕竟这一世的崇祯皇帝，是从藩王突然间当了皇帝，对于军制清军事情自然不可能了解，而后世的他，就更不可能知道了。因此，他就不明白，这里面到底有多少曲折？
这情况不了解，他就没法做出正确的裁决。无奈之下，他只好让两位尚书下回去，等他补了功课之后再说。
崇祯皇帝随后花了整整一天，才算了解了其中的内情。这要说起来，又是大明开国皇帝留下的锅。
话说起来有点长，长话短说，就是朱元璋基于唐朝时候府兵多募兵而被将帅利用，致产生武装割据而对中央构成危胁的教训，就效法元朝实行军户世袭，避免藩镇割据之忧。
可这么一来后，世袭军户从开国之初就开始逃亡。究其原因，主要有四点。
一是众所周知的军户地位低，主要表现在军户要有五丁以上的方许充吏。但民户即使仅有两丁，只要识字，便可入充;另外人身自由也受到限制，不能过房，不许随便入赘，不许学唱，不许下棋打双陆，不许做买卖，还不能随便结婚等等。要是犯罪，比起民户，那是罪加一等。
第二，军户赋役及额外负担沉重。每家军户，要有一人当正兵，另外再派一人跟随当余兵，就是打下手的那种，要正兵没了就补上。另外还要再准备一个继丁，也是打下手供应正兵日常并当替补。这也就是说，一户人家至少3个壮丁废了。
军户在赋和役上虽有优免，但真正被免除的只是一些“杂泛差役”。例如里甲、均徭等名色的差役都是不能减免的，他们还必须承担与民丁差不多的差徭。
第三，正军、余丁的基本生活条件得不到保障。正军、余丁在营虽有月粮六斗。但妻小需要糊口，加之月粮或因军官克扣，或因拖欠不给，或因折银给发等，往往不足养赡。
第四，军士不得在本籍从军，而是南北更戎，备尝水土不服之苦，死人的事儿不少。
这么苦的事儿，逃亡是必然了，这也是明军为什么总不能满员的原因。可以说，吃空饷这事儿，自然而然就产生了。
当然了，在朱元璋时代，就已经认识到了这种情况，也有采取措施，这就是清军。