这事在朱载坖这里恐怕不能就这么轻易过去了，还有就是朝鲜和倭国对马藩的交往，实际上都已经是明白的事情了，朝鲜还在否认，真是当大明眼瞎不成。
朱载坖本来想立即就惩处朝鲜的，但是被臣子们所劝阻了，高拱等人认为，现在朝廷大军还没有动作，同时理藩院也还在组建之中，何妨等到朝廷大军巡边之后，由理藩院来处理此事呢？
朱载坖于是同意将此事暂且按下，朱载坖现在关心的就是明年的南巡了。虽然现在满朝上下都知道朱载坖明年准备南巡了，但是毕竟没有正式下达诏书，但是现在朱载坖准备将此事明牌，趁着现在重臣们都在，朱载坖说道：“明岁恭逢圣母皇太后万寿之年，朕于新正恭奉銮舆巡幸南都，省方观民，各部院衙门和地方有司药早做准备。”
朱载坖将此次南巡定性为为了庆贺皇太后六十大寿，朱载坖以身作则，携母出游，传布孝道。这不仅为其南巡增添了合理性，也更能展现朱载坖作为皇帝崇尚忠孝节义的态度。
同时这次的南巡是正式的南巡，皇帝、皇后、皇太后都要出巡，肯定是要大张旗鼓，携带全副仪仗出巡，动静必然不小，这种规模庞大的出巡，极易劳民伤财，这是朱载坖所不愿意看到的。
朱载坖要求内阁拟定诏书，昭告天下，尤其是沿途的府县，不准骚扰百姓，朱载坖说道：“朕省察黎庶疾苦，兼阅河工巡幸江南，简约仪卫，卤簿不设，务必要轻车简从，以免惊扰百姓。”
臣子们这才领命而去，诏书下达之后，果然引起了朝堂的风波，虽然朱载坖打出的旗号是奉请皇太后巡幸，看似有一点正当性，但是很多臣子都上疏，认为皇太后以天下奉养，何所不有，朱载坖带着皇太后千里奔波，才是不孝，对于这种言论，朱载坖都予以留中不发。
而是和严世蕃等人商量起南巡的船只等事来了，朱载坖将制造御舟龙船的重任交给了严世蕃，朱载坖和严世蕃商量之后选定了沙船作为南巡的御舟，沙船为一种战船，一般为军营所用，速度快，坚固耐用，所以朱载坖和严世蕃经过商量之后，选定了沙船作为御舟的样式。
朱载坖还特地下旨给严世蕃，说明了自己的要求：“御舟不施彩画，以朴是本，外坚内宽，以便为足。朕每视民瘼巡方，水陆非舟即马，所以损益厥中、并宜南北而后成之。舟乃细物，非篙工檝师之良，虽桂棹兰桨，不过虚设之物，岂 自为我用乎？所以随才器、使人地相宜而不求全责备者，正为此也。故人能施技物，皆应手预防，备患乎？先安，然无虞于后，虽狂风巨浪有何惧哉？”
说白了，朱载坖对于御舟的要求是坚固耐用，严世蕃也充分了解朱载坖的意图，造船所用的木料都是缅甸进贡来的优良木料，所造成了御舟，坚固异常。
还有就是沿途驻跸的行宫问题，如果是朱载坖一人出巡的话，大可以轻车简从而行，但是这次是奉请皇太后，皇后也随行，自然是要沿途驻跸，设置行宫了。南巡人数多、规模大，每日行程之后都需择地停留休息，除了驻跸御舟之上之外，还是要在沿途的大城市驻跸的。
同时这次南巡随行的官员、护卫官军众多，肯定是要设置行营的，朱载坖要求沿途官府考察行营设立的位置，行营的地理位置一般选择平坦、开阔、干燥的地方。朱载坖特地下旨：至修垫营尖各盘，务择宽展平坦地面，或遇窄洼泥泞之处必须修垫者，将修处先期报部， 遇有山嘴石冈必须开凿，或沙塍平坡应加刨掘者，先行核报。
同时就是行程的规划了，对于奉请皇太后南巡这样的重要的事情，朱载坖当然是要详细规划行程，保证万无一失的。根据规划，圣驾于二月九日启程，车驾离开京师，至三月十九日抵达南京应天府。圣驾启程，首先抵达通州，在通州换乘御舟，后沿大运河一路南下，航经济宁、徐州、淮安、扬州，从扬州渡过长江，抵达南京。
此外就是护驾官军和随扈臣子的选择了，在朱载坖命令他，总督河漕潘季驯先行巡视河道，各府州县衙门也要查看自己辖区内的河道，加以整修。
同时遣英国公张溶、丰城侯李寰、襄城伯李应臣为先导官，统帅前锋在前开路，总督京营临淮侯李庭竹为御营总兵，统帅神机营、五军营各一部，护卫外围，三千营参将李如松充御营副总兵，统帅精骑随扈，府军前卫和金吾卫随行，领侍卫内大臣严绍庭统帅勋卫河侍卫处侍卫负责宿卫行宫等贴身护卫，锦衣亲军都指挥使陆绎率领锦衣亲军精锐随扈。
内阁中次辅张居正、阁臣陈以勤、郭朴随行，吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀、工部尚书朱衡、右都御史海瑞随行，顺宁侯、提督国子武学俞大猷和萝川侯、协理国子武学马芳在圣驾离京之后，由俞大猷暂代总督京营，马芳暂代京卫都指挥使，掌管留在京师的京营和亲军诸卫。
首辅高拱和内阁吕调阳留守京师，太子朱翊釴监国，负责处理日常政务，有军国大事，报朱载坖处理。
安排完了这些，朱载坖让李皇后准备南巡要准备的器物等，而大明官军在李如松和刘汉的率领下，也来到宽甸六堡，女真诸部也早就得到了总督蓟辽汪道昆的指令，王兀堂、王台、尼堪外兰等女真大酋长都率领自己的部众前来，与官军汇合之后，刘汉、李如松率领二万余官军和女真人的联军，沿着鸭绿江巡边，同时震慑朝鲜人。
官军的举动显然使得朝鲜极为惊讶，朝鲜沿边的平安、咸吉道朝鲜驻军紧密观察着官军的动向，而新上任的礼部左侍郎兼理藩院左侍郎署院事茅坤也走马上任。