劳堪、王国光只得把这些事情以急递的形式向京师汇报，不过很快劳堪就笑不出来了，巡河御史和巡按御史已经赶到了劳堪的漕运总督衙署，要求见这些被劳堪拘捕的官吏，可是这些官吏已经被人灭口了，劳堪推说要详查此案，将巡按御史和巡河御史们给打发了，但是劳堪很清楚，这些御史们肯定是嗅到风声了，要不然不会突然要求查看这些被拘捕的官吏的。
劳堪可以采取拖延的办法暂时不让御史知道这些被拘捕的官吏已经被灭口的事情，但是流言是阻挡不住了，现在已经有各种流言开始传播了，说劳堪为了逼迫这些官吏们认罪，擅动大刑，将这些官吏们拷掠致死，御史们当然也不会放过劳堪，纷纷上疏弹劾于他，指责他阻碍御史履行职务，按理说巡按御史对辖区内的重大案件是有复核权的，但是劳堪现在给御史们吃闭门羹，这帮御史们自然是不能善了，何况市井流言纷纷，御史们也不能无动于衷。
而在京师，文华殿外，锦衣校尉和红盔将军将整个文华殿紧紧包围，领侍卫内大臣兼京卫都指挥使严绍庭亲自领兵护卫，将整个文华殿紧紧包围起来，文华殿内的气氛也是极为凝重，朱载坖和太子朱翊釴，阁部重臣们都聚在此处，朱载坖将王国光、劳堪的奏疏给他们传阅。
朱载坖语气平稳的说道：“有时候朕也在想，朕或者说大明，在他们心中到底是个什么东西？”
对于揭开漕运这个盖子可能出现的事情，朱载坖早就有所准备了，漕运积弊已深，朱载坖和张居正要改革漕运，这些既得利益集团自然是会拼死反抗的，这点朱载坖早就有所准备了，不过他们干出来的事情仍旧是非常令朱载坖无语的，这么多年了，还是这些套路，不是杀人灭口，就是火龙烧仓，然后就是制造一些流言，一位这样就可以让朝廷屈服了。
显然朱载坖、张居正都不是那样的人，朱载坖直接问道：“眼下之事，应该怎么办啊？”
对于这些事情，张居正显然是不会退让的，他的看法就很简单，这些人企图杀人灭口、甚至不惜以焚毁朝廷水次仓这样丧心病狂的行为，大明朝廷是不可能对于他们妥协的，何况这是张居正担任首辅以来所推行的第一件大事，要是此事就这么虎头蛇尾了的话，张居正这个首辅的尊严何在？新政还如何推行？
张居正的态度是很坚决的，就是对于这些人，要一查到底，不管涉及到什么人，都要绳之以法，对于这些人，绝对不能放过，这点得到了朱载坖的支持，同时对于现在这些查察本案的钦差，张居正也有一些看法，潘季驯、王宗沐等人固然是拥有专业能力，同时对于漕运比较熟悉的人员，但是他们在处理案件上未免有些过于仁慈，张居正认为，现在案情已经清楚了，不必再用潘季驯、王宗沐等技术官员，而是派遣精通刑狱，善于推理的官员，对于本案详加查察，使本案真相大白。
对于张居正的这个建议，朱载坖也予以了支持，确实，现在本案的幕后黑手其实已经是昭然若揭了，所以张居正认为应该调派精通形同刑狱的官员予以处理本案，张居正认为劳堪就不错，他能够很快就查明天妃闸覆船一案的真相，虽然事后这些官吏遭到了灭口，但是张居正认为劳堪瑕不掩瑜，还是很有能力的，只要给予劳堪足够的权力，张居正认为劳堪还能能够将此案查办清楚的。
但是张居正的提议遭到了左都御史海瑞的反对，海瑞认为劳堪手段过于粗暴，而且骄矜自满，做事不够周密，本来在取得了这些官吏的口供之后，劳堪应该严密保护这些证人的，但是他属于防范，致使这些人被灭口，导致朝廷下一步行动极为被动，所以海瑞认为劳堪并不合适。
朱载坖也认为劳堪并不合适，他和海瑞的想法不一样，朱载坖想得事用劳堪查察本案，也许能够快速结案，但是对于东南的这些地方豪强的打击不够沉重，朱载坖要做的就是借此机会再次沉重打击东南的地方势力，使得他们明白，和朝廷作对没有好下场的。
朱载坖略一思索之后就做出了决定，朱载坖问道：“严司空，可愿为朕走一趟？”
工部尚书严世蕃赶紧说道：“臣愿为陛下分忧。”朱载坖选择了严世蕃作为钦差去查办本案，既在意料之外，又在情理之中，严世蕃是朱载坖的亲信，更重要的是严世蕃这位小阁老的手腕，是很多人都体验过了的，严世蕃有丰富的政治经验，对于朝堂和地方的各种利益关系能够处理的游刃有余，同时他才是朱载坖的心腹，能够不折不扣的按照朱载坖的心意是查办本案，而且他在朝堂上没有什么瓜葛了，处理事情来就没有顾及。
而且说起来，严世蕃和东南的这些豪强们还真是有些渊源呢，这次朱载坖用严世蕃，打击的对象就很明白了，朱载坖随即下达诏令，工部尚书严世蕃，加刑部尚书、右都御史衔赐天子剑给王命旗牌，充浙直观察使、代天巡狩，查察要案。
然后命令河道总督潘季驯回归本职，他本就是技术官员，没必要参与进这些朝堂斗争中来，然后将王宗沐和劳堪的职务对调，任命王宗沐为右都御史、总督漕运，劳堪为南京刑部尚书，浙直观察副使，协助严世蕃查察本案。同时原巡视漕运张学颜也加浙直观察副使，协助严世蕃查察本案。
同时从锦衣亲军中抽调精干校尉，配合严世蕃查办本案。
朱载坖的上谕下达之后，很多人都明白，朱载坖这是发了狠了，严世蕃的手腕，不少嘉靖朝的老臣都领教过的，再加上劳堪、张学颜这两个酷吏，不把东南搞得天翻地覆才是怪事。