开战之前，倭国“天下副将军”水户德川家主德川赖房亲自主持了军事会议。
各藩主大名及大将行礼之后各自落座。
德川赖房问道：“闻报，明国无故前来讨伐。今江户城已丢，将军大人蒙难。明军火力强大，此战当如何？”
众人皆无语，德川赖房点名问道：“伊达陆奥守大人，你有何看法？”
仙台藩藩主伊达忠宗道：“明军火器犀利，远战于我等不利。
不如由在下以骑铁队为先驱，率精锐骑兵快速迫近至城下，与敌近战，待将敌打乱后，大军压上方可取胜。”
德川赖房听完点了点头，又扫视了众人一周后，问道：“诸位大人，可有异议？”
见营中众将并无反对，德川赖房又说道：“井伊左卫中将大人。”
井伊直孝立即低头行礼，德川赖房继续道：“你率领井伊赤备辅助伊达陆奥守大人发起先攻。其余所有骑兵随后发起冲击。”
营中众将俱遵令称是。于是散会众将各归本队进行准备。
得知敌军到达的朱天明，命人向郑芝龙舰队发报：“登陆，直取京都。”
同时也向九州方面发报：“渡海，攻下长门、周防、石见。”
接到命令的郑芝龙舰队，开始全速驶往若狭海域，随即从小滨一带发起登陆。
上岸后与丹后峯山藩京极家的数百军队遭遇，一个照面就全歼了京极军。
之后势如破竹连续击溃匆忙而来的近畿诸藩联军，崇祯十年5约22日，郑芝龙的部队便已占领京都，将日本国王、亲王、宗室及在京都的全部公族、华族尽数俘获。
再说九州方面，此时各刘姓分支前来投奔的军队已到两万人马。
接到命令的刘长吉立刻带领一万两千人及琉球军三千，兵分两路，在陆战队炮兵的支援下，渡过马关海峡直扑长门、周防。
只用了7天石见就取下长门、周防全境，留琉球军防守后，两路兵马开始合击石见地区。又用了4天，攻占石见全境。
再说江户的朱天明，得知德川御三家集结了十万大军在河越一带，准备前来决战之时，
立刻命令海军陆战队两个旅连夜轻装急行军，向德川军左右两翼的后方迂回，准备来个三路夹击。
第二天上午，十万德川军抵达江户城，以密集阵型黑压压的列阵于江户城外，彻底连天看不到边际。
一看这阵势朱天明就乐了，这也太有利于密集炮击了。
朱天明趁着敌方还没完全列好阵势时，立即派出一批士兵冲出城去，当着德川军的面，在他们冲锋的必经道路上整整齐齐的布放了一排定向杀伤地雷，
然后在德川军疑惑的眼神中，全部撤回了防御阵地。
此时完成布阵的德川军感觉自己受到了极大的羞辱，德川赖房挥动军配大喊道：“出阵。”
立刻，由天下闻名的伊达家骑铁队率先发起了冲锋，倭奴战国三大赤备之一的井伊赤备队如影随形，其他的骑兵也紧随其后扑向了海军陆战队的防御阵地。
在他们踏过地雷的绊发绳时，一排定向杀伤雷被激发，冲在最前方的几排骑兵，纷纷被炸伤或是被破片及铅粒击中落马。
后续的骑兵顿时停滞了一下。
这爆炸声响起后，海军陆战队各炮兵阵地立刻开火，密集的炮火射向后方德川家的密集阵型。
紧接着停靠在江户湾中战舰上的大口径主炮也开始了炮击。
只见德川军阵中到处都是爆起的血雾和乱飞的残肢。
突破地雷冲到阵前的骑兵，只开了寥寥数枪，就被榴弹发射器和半自动步枪无情的收割了生命。
在连续不断的炮击之下，德川军很快就出现了混乱，人们像看到魔鬼降临一般的恐慌逃窜，阵内的士兵自相踩踏，各自夺路逃窜。
海军陆战队士兵见状立即冲出战壕和工事，开始呈扇形追击溃军。
逃跑的几路德川军在路上又一次遭遇了地雷的杀伤，冲过地雷阵后让他们绝望的是，直接遭遇了迂回包抄的陆战队士兵。
陆战队士兵根本不给德川军喘息时间，一顿迫击炮加榴弹发射器打击后，端着半自动步枪压了上来，
嘴里还喊着口音千奇百怪的日语：“放下武器，跪下投降者不杀。”
此时，已被吓破胆的德川军士兵大部分都扔掉了武器，跪在地上投降了，只有一小部分负隅顽抗者，也尽数被击毙。
追击和清剿持续了一天一夜。
等战场打扫完毕后，朱天明得到报告，己方再度阵亡78人，伤129人。
德川军共被击毙近5万人，投降3万人，其余的应该是逃散了。
此战中击毙水户德川家主德川赖房、尾张德川家主德川义直、伊纪德川家主德川赖宣，这一仗给德川御三家来了个团灭。
更击毙了德川家的谱代大名、外样大名十余人。至此，德川家的政治和军事实力遭到了毁灭性的打击。
之后，朱天明开始攻略整个关东地区，郑芝龙攻略近畿、刘氏家兵攻略中国（日本本州岛西部的地名）。
一个月后，占领了整个关东地区的朱天明，开始率兵进攻东北地区。
首先在东北岩代国一带与伊达、上杉、南部、秋田、最上等各家大名组成的东北诸藩联军进行了一场决战，几乎全歼东北联军主力。
海军舰队也趁机炮击了东北第一强藩伊达家的大本营仙台城。
崇祯十年7月3日，东北第一强藩伊达家正式向朱天明请降。
7月9日，南部家向朱天明请降。
7月11日虾夷藩主松前庆广投降。
7月12日陆奥国津轻家投降。
7月26日，朱天明军抵达秋田家的大本营桧山城，秋天家誓死不降，朱天明军当日破城，秋田藩藩主秋田实季于天守阁切腹，其妻女殉葬并放火焚毁天守阁。
7月28日最上家和上杉家请降。
至此朱天明彻底平定关东及东北地区。
八月初三，正在赶往京都的朱天明收到郑芝龙的电报：八月初一夜，京都遭遇突袭，倭奴国王、宗亲、公族、华族近120余人不知所踪，正在全力缉捕。
朱天明与郑芝龙两路夹击攻下北陆、甲信、东海等地。
崇祯十年8月29日，以土佐藩为首的四国诸藩集体向朱天明请降。
至此倭国全境平定。可奇怪的是，无论如何大力搜捕，却一直未能找到倭国国王的行踪。