“世界脉动”确实是一个来自宇宙深处的、极其古老的信号。但联盟科学家最初的理解完全错误。它并非无意识的自然现象或友好文明的信息，而是一种具有高度适应性和同化能力的“宇宙级生命形态”的孢子或种子（the Seed）。它本身没有固定形态，其核心能力是“模仿”和“进化”——通过接触并解析任何遇到的复杂系统（无论是技术文明还是生物圈），学习其结构，然后优化、变异，最终将其转化为更适应某种“终极环境”的形态。这是一种超越善恶的、纯粹的物质和能量再格式化过程。
要塞的研究无意中为“种子”提供了一个极其丰富的“样本库”——联盟的尖端科技、储存的各种奇异生物样本、乃至科学家们自身的智慧和精神活动。种子以惊人的速度学习、进化，开始反向渗透要塞的一切系统。静滞仓储区的样本首先失控变异，网络系统被感染，人员被精神侵蚀或肉体转化。
K-01-theta意识到了灾难性的后果，他启动了要塞的紧急封锁协议，并非抵御外敌，而是将整个要塞变成一个巨大的隔离囚笼，防止“种子”扩散到宇宙中。他和他忠诚的团队撤退到主实验室，试图利用最初接收到的“脉动”信号源（即那个乳白色晶体，他们称之为“源初样本”）开发出一种“反制频率”或“静滞锚点”，希望能将“种子”重新封印或中和。
他们部分成功了。“静滞锚点”装置确实创造出了一个局部稳定区，暂时保护了实验室核心，并在一定程度上抑制了“种子”在要塞内的完全爆发，导致了后来的“大沉寂”——一种在激烈冲突后形成的、不稳定的平衡状态。但theta自己也在这个过程中受到了严重侵蚀，最终可能……变异或死亡。而“种子”则在漫长的岁月中，继续在要塞的阴影里生长、变异，演化出了菌毯、各种变异生物、以及那种具有侵蚀性的紫色结晶生态。
【‘锚点’的能量正在衰减。】装置的声音变得更加微弱。【‘种子’的本体，已深度融入要塞结构，其核心意识……可能位于反应堆核心或主控脑阵列。它仍在学习，在等待……theta的最终指令：若无法净化，则必须摧毁。引爆要塞的反应堆，是唯一确保‘种子’不扩散的方法。】
传输结束了。星种获得了它需要知道的一切，甚至更多。任务性质彻底改变：从调查取证，变为执行最终净化协议——毁灭这个要塞，毁灭“种子”。
就在这时，整个实验室剧烈震动起来！墙壁上的紫色结晶发出刺目的光芒，如同愤怒的血管搏动。气闸门外传来了更猛烈的撞击声，同时，实验室内部的一些仪器设备也开始自行启动，屏幕上的乱码凝聚成一只只扭曲的、充满恶意的眼睛图案，死死盯住星种！
“静滞锚点”的乳白色光芒急剧闪烁，变得明灭不定。【它发现我们了！快走！我会启动最后的重置脉冲，为你争取时间！但这会彻底耗尽我的能量……之后，你将独自面对它！】
星种毫不犹豫，断开连接，迅速从维护通道退出。它刚回到主实验室空间，就看到一股强大的乳白色能量脉冲以“静滞锚点”为中心爆发开来，如同一个无声的爆炸！
脉冲所过之处，紫色的结晶光芒瞬间黯淡，墙壁上的脉动几乎停止，那些屏幕上的眼睛图案也溃散成乱码。整个实验室仿佛被按下了暂停键。就连气闸门外的撞击声也戛然而止。
但这显然是暂时的。星种知道，这是它唯一的机会。它必须前往反应堆核心，设法引发过载爆炸。
它冲向气闸门，手动解锁，将门推开一道缝隙。门外，那个共生体仿佛被按了暂停键，僵直在原地，触手软软地垂落，复眼的光芒也暗淡了。星种小心翼翼地绕过它，全速沿着来路返回。
穿过静滞仓储区时，它看到那个打破静滞舱的疯狂变异体也僵卧在地，一动不动。重置脉冲似乎对所有被“种子”影响的生物和系统都产生了强烈抑制。
星种不敢有丝毫停留，能量水平仅剩18%，它必须以最高效率移动。它沿着维护层狂奔，重新找到那个通往升降井底层的通风管道入口，钻了进去。
管道内原本微弱的生物磷光也消失了，一片死寂。星种沿着记忆中的路径快速穿行，很快回到了那个布满废弃机器的升降井底层维护层。
现在，它需要向上。反应堆核心位于要塞的上层区域。
升降井的主导轨巨大，但升降平台显然早已失效。星种观察四周，发现井壁上有供维修人员使用的狭窄爬梯和平台。虽然锈蚀严重，但似乎是唯一可行的路径。
它开始攀爬。巨大的升降井向上延伸入深邃的黑暗，向下则是望不到底的深渊。攀爬过程消耗着它本已不多的能量和体力。寂静中，只有它金属肢体与锈蚀梯级摩擦发出的细微声响。
爬了大约几十米，下方突然传来一声沉闷的巨响，紧接着是某种东西碎裂的刺耳声音！重置脉冲的效果结束了！“种子”及其衍生物恢复了活性！
星种的传感器捕捉到下方传来密集的爬行声、嘶吼声！那些变异生物正在沿着井壁向上追来！速度极快！
它加速攀爬。但上方的黑暗中也传来了动静！一些长着翅膀的、扭曲的飞行生物从上层区域俯冲下来，发出尖锐的啸叫！
星种陷入了上下夹击的困境！它一边攀爬，一边用低功率的能量射线射击靠近的飞行生物。每一击都精准地击中它们的要害（通常是发光的复眼或能量核心），但这也进一步消耗着能量。
一只飞行生物躲过了射线，猛地撞在星种身上，利爪在它的外壳上划出深深的痕迹。星种顺势抓住它，将其作为踏板猛地向上荡起一段距离，然后将其甩向下方追来的爬行生物群中，引起一阵混乱。