缅甸内战双方谈判中的矛盾并不少，可真正的焦点实际上只有一个，那就是内战结束之后，缅甸的政治体制。
不管是蓝军，还是叛军，几乎双方的所有将领都主张成立军政府，也就是由蓝军与叛军双方组成一个联合军政府。很明显，这完全是在走以前的老路，由军队控制国家，由军队的将领出任政府的高级官员。似乎，在缅甸军人的眼里，这也是顺理成章的事情。他们觉得将领是掌握军队实权的大人物，而军队是国家的强力机构，自然就应该由军队控制国家，由将领控制国家。可现实是，从谈判一开始，成立联合军政府的可能性就为零，原因很简单，共和国不会让巨额的资金投入成为肥皂泡。
共和国支持蓝军的一个前提条件就是在战后成立民选政府，军队将权利归还给人民，然后由人民选举产生一个民主的，由文官组成的政府，而军队将接受政府的指挥，不再拥有控制国家的权力。
蓝军当初为了获得共和国的帮助，渡过最艰难的时期，避免被叛军歼灭，几个主要将领都答应了这个条件，并且在此基础上展开了与地方军阀、少数民族游击队的谈判与合作，从而组建了联合战线，并且最终在战场上获得了优势。现在，当内战的局势转变得对蓝军有利的时候，问题就没有这么简单了。
蓝军的几个主要将领并没有异议，周国辉已经代表共和国，暗中向这几位将领表示，即使成立了民选政府，他们仍然是缅甸军队的主要掌权者，并且会保证缅甸军队在国家政治中有一定的地位。本来周国辉就是军人，因此他的话还是很有说服力的，这话如果换成个外交官来说，恐怕效果就不一样了。
真正对此不满的是之前与蓝军合作的地方军阀。毫无疑问，新政府将是一个中央集权的政府，中央的权力将凌驾于地方之上。就算在新政府成立之后，或许需要一段时间才能逐渐收回地方军阀的武装力量，可是不管多久，最终结果都是地方军阀将失去所有的大权，失去掌握的军队。对那些在战乱中生活了几十年，对军队极为看重，而且是依靠军队才生存下来的军阀来说，失去军队，就等于抽掉了他们的脊梁。因此，在成立民选政府的问题上，地方军阀首先提出了反对。
不管是之前投靠蓝军的地方军阀，还是站在叛军一边的地方军阀，其态度都相当一致，那就是不管怎么改，都不能动他们的军权，不能收编他们的军队。而地方军阀如果不肯交出军权的话，那么蓝军与叛军将领也就有足够的理由不交出军权。
实际上，叛军将领也很清楚，作为内战的失败一方，战后，要保证自己的利益，保证自己的人身安全，那么就得掌握军队，失去了军队，就失去了一切。而成立民选政府的话，那么军队就必须要交还给政府。因此，叛军将领对成立民选政府也抱反对意见，他们认为这动摇了其根本利益。
在地方军阀表示反对之后，叛军方面提出了折中方案，那就是在各派力量的基础上成立一个军政府。显然，这依旧回到了老路上。不管军政府中的职务分配比例如何，政府职务本身还是没有任何价值，实权仍然掌握在军队的将领手里。这样，叛军将领就能够继续掌握军权，双方最多是成立一个妥协性的政府，从而结束内战。至于今后会不会爆发内战，这就不是叛军将领所关心的了。
相对而言，蓝军将领对这个提议并不反对，甚至还有部分将领持支持态度。道理很简单，在军政府的基础上，蓝军方面不但能够占据政府中的要职，从而达到掌握国家政权的目的，同时还能够保全自己的军队，甚至借此扩大影响力，最终获得压倒性的优势，从而成为缅甸的主宰者。可问题是，蓝军此时仍然得依靠共和国的支持，而共和国是绝对不会答应以这种妥协的方式结束缅甸内战的。
成立联合军政府的最大弊端就是留下了祸根，而缅甸内战已经让共和国付出了不小的代价，不说别的，开凿克拉运河的进度就被延迟了至少一年以上，这笔损失就不小了。再加上共和国的军事投入，秘密的军事援助，在东南亚地区的贸易损失，以及用来撤出被困人员的花费。其中，最重要的莫过于共和国威信受到的损失。莫说再打一次内战，也不算共和国在这场内战中投入的巨额资金，如果无法彻底的解决缅甸的内部矛盾，成立一个得到国际社会公认的民选政府，那么共和国的国际威望必然会受到严重的打击。
也正是如此，还必须要依靠共和国的蓝军才没有在这个问题上让步。可同样的，叛军，地方军阀也不会轻易地让步。谈判仅仅进行了两天，双方就在这个关键问题上陷入了僵局，甚至差点导致谈判破裂。
虽然蓝军有资本打赢内战，但是战争持续下去，对任何一方都没有好处。同样的，对共和国来说，这次谈判是挽回面子的最好机会。如果能够成功的“说服”叛军将领，让谈判结果倒向蓝军，也就是共和国这一边，那么共和国的国际威望必然会得到极大的提升，从而使更多的国家认识到共和国的影响力。相反，如果谈判就此破裂，内战继续开打的话，那么共和国将威严扫地，甚至会导致其他那些态度摇摆的国家怀疑共和国处理外事方面的能力。
也正是如此，在谈判休会的那一天中，周国辉紧急约见了叛军与地方军阀的代表，进行了闭门磋商。当然，蓝军的代表也陪同参加了闭门磋商。
当时，周国辉提出了两套解决方案。
一是分步骤完成改革，即首先组建联合民选政府，但不同时剥夺将领的军权，而是将在建立民选政府之后，分几步，用几年，甚至十年的时间，逐步完成政体改革，最终建立起一个民选的，民主的政府。
二是由共和国为放弃军权的将领提供安全保证，甚至可以为其提供政治庇护。同时，这些将领的个人资产将得到保护，并不收归国用，其海外资产也将得到保证，共和国可以作为担保方。而政治体制改革仍然按照之前的方案进行。
这两点自然不是周国辉自己想出来的，他只是共和国的代言人而已。当然，缅甸的将领与军阀都不是笨蛋，在周国辉提出了这两点意见之后，他们也都清楚的认识到了一点，那就是，共和国不会再做出任何的让步了。
实际上，地方军阀与叛军将领唱反调的最终目的，并不是想保留以往的军政府。这些人都明白一点，谈判真的破裂，那么他们将输掉战争，到时候最好的结局就是流亡海外，而且还没有几个国家会收留他们。而最差的结果就是失去一切，包括性命。因此，他们的真正目的只是想在做出让步之前获得更多的好处，最大限度的保证自己的利益。
不管是通过渐进式的改革，还是接受共和国提供的保证与庇护，对这些内战中的失败者，注定将要失去权力的军人来说，都算得上是不错的结果了。而且，地方军阀与叛军将领的选择也是截然不同的。
之前已经倒向了蓝军的军阀几乎都选择了前者，接受了渐进式的改革。这样一来，他们至少可以确保自己为一方之主，甚至有可能在中央政府里谋求到一官半职，从而获得足够的权利。
叛军将领几乎都选择了后者，原因很简单，不管是一次性的改革，还是渐进式的改革，他们最终都将被排斥在政府之外，被排斥在权力核心圈之外。因此，继续谋求权利是没有任何意义的，保全性命，并且保住大部分的个人财产，这才是最明智的选择。
经过了这一天的秘密磋商之后，谈判的新重点很快就确定了下来。内战结束之后，缅甸将进行从地方到全国的全民选举，并且成立中央、地方邦两级民选政府。而缅甸军队将暂时保留现有的体制，在民选政府成立之后，再按照由谈判确定的方案进行整编，并且最终建立一个由中央民选政府指挥的军事体系。
谈判重新开始之后，问题就没有那么尖锐了。周国辉也在这个时候忙碌了起来，而他主要处理的正是那些希望能够得到共和国庇护的叛军将领的去向问题。
这是一件比较麻烦的事情，叛军的绝大部分将领都选择接受共和国的庇护，并且由共和国为其转移资产。最后甚至连沙辛都提出了希望到共和国政治避难的要求。提供政治避难并不是什么麻烦事，不管是军情局，还是国安部，在处理这类事件时都算得上是老手了。最重要的还是清算，并且转移这些将领的私人财产。
大部分将领都有巨额私人财产，而无一例外的，这些私人财产又以不动产居多。毕竟缅甸仍然是一个半封建性质的国家，作为国家的实权份子，将领最看重的还是土地这类财产。但不管是土地，还是农场，或者是城市里的豪宅，都是不可能转移到国外去的。因此，在怎么处理这部分财产方面就出现了新的问题。
大部分将领坚持要变卖这些财产，毕竟对他们来说，这是最大的一笔财富。不过又有谁有足够的钱来购买这些不动产呢？缅甸国内肯定没有这样的有钱人，而共和国的大商人也不可能把钱投到这个还不稳定且土地根本就不值钱的国家。
仅仅这个问题就花了周国辉好长一段时间，而且在其他各方面的谈判工作都取得了实质性的进展之后，这个问题仍然没有得到根本性的解决。最主要的仍然是没有人肯出钱购买这些将领的私人不动产。
就在谈判结束之前，周国辉代表共和国与愿意前往共和国接受政治庇护的将领，以及缅甸蓝军代表达成了一份三方协议。按照该协议，离开缅甸的将领将把其个人不动产以一个极低的价格出售给共和国，而共和国再用这些将领的不动产与缅甸政府进行等值交换，获取在缅甸几个重要军事基地，港口的使用权。换句话说，就是共和国出钱购买缅甸的军事基地。
这是一份秘密协议，当时并没有公布。而按照这份协议，十八名愿意接受庇护的缅甸将领将各得到1500万到5000万的补偿，再加上这些人原本拥有的贵重财产，足以保证其下半生，甚至是其子孙过上衣食无忧的生活了。
在签署了这份协议之后，缅甸内战停战谈判才算真正结束。随即，沙辛宣布缅甸白军（叛军）即日起停止抵抗，并且按照停战条约，向蓝军交出武器，接受蓝军的整编。同日，蓝军最高统帅坤沙也宣布，蓝军全线停止进攻，并且按照相关协议，逐步接管白军。
真正关键的还是缅甸的全民大选。按照协议约定，在叛军全部缴械，并且接受整编之后，缅甸就将举行历史上第一次全民大选。共和国、泰国、老挝、孟加拉国将分别派遣观察团监督缅甸的全民大选，并且组成选举委员会，最终由选举委员会进行计票。缅甸的民选政府模式也确定为总统议会制，首先选举产生总统，同时选举产生国民议会，然后由总统组建政府，只要在国民议会获得半数以上的选票支持，总统就将成立政府，掌握缅甸的行政大权。立法权仍然由议会掌握，而掌握司法权的全国最高法院的工作则被延后了。
正如同凌天翔所预料的一样，缅甸的内战以一种没有预料到的方式爆发，最终又以一种没有预料到的方式结束。