病毒爆发第81天，末日的阴影愈发浓重，幸存者们在气候、医学与社会的三重危机交织下，站在了文明的十字路口，面临着前所未有的抉择。
南极科考带来了令人震惊的发现。钻探数据揭示，每6200±50年就会出现一层病毒，且与太阳极小期相对应。更惊人的是，病毒基因竟与恐龙灭绝期的沉积物同源，这似乎暗示着病毒并非地球原生。冰芯气泡中出现的高等数学符号，更是指向非人类文明的存在。
这些发现迅速应用到现实当中。众人急忙建立太阳黑子监测网，预测下次病毒爆发将在23世纪。天文台也被改造为预警基地，然而，丧尸群却占领了关键的射电望远镜，增加了预警的难度。黑市趁机推出“末日保险”，售卖冷冻受精卵与文明数据胶囊，骗取着幸存者们最后的希望。
这一发现对文明产生了巨大冲击。宗教团体宣称病毒是“上帝杀毒软件”，为这场灾难披上了神秘的宗教色彩。科学界则分裂为“方舟派”与“轮回派”，争论着人类的未来走向。同时，通过对陈默基因溯源，发现1918年流感幸存者后代携带天然抗体，为抗击病毒带来了新的研究方向。
在农业领域，血红农耕开启了新的农业秩序。抗寒作物展现出奇特的特性，叶片含有血红蛋白，使氧气运输效率提升3倍；根系能分泌抗病毒黏液，防护半径达1.2米；果实中的致幻成分可抑制丧尸攻击性，效用持续6小时。
种植方式也发生了革命，丧尸参与开垦，工作效率达到人类的2.3倍。建立“血壤认证”体系，依据土地的病毒含量决定其价值。还发明了丧尸粪便发酵技术，使氮磷钾释放率提升58%。
但社会也因此发生了异化。农民转型为“病毒园丁”，需接种低毒株获得免疫力。出现了食用致幻果实成瘾的群体，他们丧失了现实认知能力。黑石商队则控制了种子基因库，将天然抗体基因专利化，进一步加剧了社会的不平等。
与此同时，脑桥协议试图实现人尸的终极和解。前额叶神经桥接手术取得突破，不仅恢复了丧尸的语言能力，词汇量达到患病前的83%，还建立了痛觉反馈系统，使丧尸攻击人类时会自我损伤。然而，该手术需要定期注射免疫抑制剂，而供应量仅够200人份。
首个混居社区“新伊甸”建立，人口比例为1:3。同时颁布《双物种法典》，丧尸财产权追溯至死亡前1小时，人类需为生前感染行为承担赔偿责任，并建立了跨物种陪审团制度。
但冲突也随之爆发。丧尸律师为同类争取“死亡工伤认定”，人类家属则要求丧尸继承者履行赡养义务。更为棘手的是，发现手术会加速丧尸腐烂，其寿命缩短至41天，这一情况让刚刚建立的和平共处局面岌岌可危。
在地心探索方面，勘探有了重大发现。在地壳12公里处，存在抗病毒真菌森林，其孢子能够抑制病毒复制；还有地热生态农场，温度恒定在41c；以及未知文明遗迹，病毒基因同源率升至79%。
为了前往这个终极避难所，众人展开了生存竞赛。改造石油钻机为载人舱，并进行耐温极限测试；建立地心电梯，采用丧尸动力绞盘系统。黑石商队却再次作恶，贩卖“虚拟地契”，以全息投影进行诈骗。
然而，代价也逐渐显现。高压环境导致视网膜脱落，永久失明率达37%；地磁紊乱引发定向障碍，自杀率每日增加2.1%；还发现了休眠态史前病毒株，其抗药性未知，犹如一颗随时可能引爆的炸弹。
在重重危机下，文明分形，三大阵营成形。天穹派计划发射冷冻胚胎至近地轨道，试图为人类文明留下火种，但抗辐射基因编辑失败率高达99.8%，且需牺牲当代全部资源。深地派打算建立12层地下文明，每层都有独立生态系统，按耐温能力分配居住权。新尸派则主张全员接种可控病毒，保留30%人类意识，并通过《物种融合法案》废除婚姻制度。
为决定人类的未来，众人采用区块链量子加密计票，然而，防篡改系统却被攻破。丧尸代表投出的票成为决定性一票，但需破解神经编码协议。最终，倒计时7天全球同步执行获选方案。
章末，一系列奇异事件发生。南极冰芯最深层出现人类手指化石，经碳测定距今6200年，与病毒周期似乎存在某种联系。抗寒作物突变出神经突触，具备了基础学习能力，让人惊叹不已。地心真菌释放信息素，改写了丧尸的行为模式，使局势更加复杂。而陈默的血液竟可溶解遗迹金属门，一旦启动，可能触发文明自毁程序。
在这个末日世界里，科学细节紧密关联着人类的命运。太阳周期律基于美国宇航局太阳黑子数据库以及蒙德极小期研究；植物血红蛋白参考2017年《cell》植物转基因论文和大豆血红蛋白植入实验；神经桥接术的数据来源于脑机接口临床试验以及癫痫患者神经调控治疗；地心钻探则以苏联科拉超深井工程报告和现代超深钻探技术瓶颈为依据。
人性在这场危机中受到了前所未有的审视。跨物种法律体系是否适用人类道德基准，地心居住权与达尔文主义的伦理冲突，文明火种计划中的代际剥削争议，以及意识融合技术对“人性”定义的解构，这一个个问题都亟待解答。而6200年周期与人类文明史前断层期的吻合、学习型作物植物神经系统的研究突破、真菌控制群体意识操控的可能性验证，以及金属门密码暗示病毒作为文明继承者的隐喻，这些终章伏笔，预示着在即将到来的终章里，人类文明存续的终极解答将被揭开，而答案，或许就隐藏在这些复杂而又神秘的线索之中。