苏尘在剧痛中醒来，发现自己置身于玄天学院的疗伤密室。江雪瑶守在床边，青凤剑横放在膝头，剑身上还残留着未干涸的混沌血迹。她见苏尘睁眼，眼眶瞬间泛红：“你昏迷了整整十五日，玄鼎……玄鼎也黯淡无光了。”
苏尘强撑着坐起，运转灵力探查体内，却发现经脉中残留着一丝阴冷气息，如附骨之疽般挥之不去。更诡异的是，他的灭世冥瞳竟在不受控制地微微发烫，紫金色光芒中隐隐掺杂着一抹暗红。玄鼎悬浮在墙角，鼎身的混沌天道图黯淡失色，仿佛失去了所有力量。
“混沌心脏虽毁，但大陆灵脉受损严重。”凌波仙子推门而入，手中的天机镜裂痕密布，“雷音寺的慧空禅师传来讯息，佛门至宝「渡厄佛珠」突然变黑；焚天宗的地火岩浆开始逆流，怕是……”她的声音戛然而止，目光突然被苏尘的眼睛吸引。
苏尘下意识抬手遮挡，却摸到眼眶周围蔓延的黑色纹路。他心中一沉，立刻运转《天机卷》试图压制，识海深处却传来一阵冷笑：“持鼎者，你以为能摆脱混沌的烙印？”一道黑影从他识海深处浮现，赫然是混沌主宰的残魂虚影！
“你竟还未消亡！”苏尘运转玄鼎，却发现鼎身毫无反应。混沌主宰的虚影发出刺耳的笑声：“在你摧毁混沌心脏之源时，我的残魂已寄生在你的灭世冥瞳中。看到那些黑色纹路了吗？那是「混沌暗瞳」的印记，当印记布满全身，你就会成为我的傀儡！”
话音未落，苏尘的意识突然被拖入一片黑暗空间。四周漂浮着无数破碎的记忆碎片，他看到幽冥殿主在暗中与一个黑袍人交易，黑袍人手中握着一颗闪烁着诡异光芒的珠子；又看到星宫之主被混沌之力侵蚀的瞬间，他拼死将玄鼎的线索留给后人；最后，画面定格在混沌主宰的狞笑：“整个大陆，不过是我棋盘上的棋子……”
“苏尘！苏尘！”江雪瑶的呼喊声将他拉回现实。他满头冷汗，却强装镇定：“我没事，只是灵力尚未恢复。”但心中已经明白，混沌主宰的残魂不仅寄生在自己体内，还在暗中操控着更大的阴谋。那颗神秘珠子，或许就是解开一切的关键。
三日后，苏尘以闭关为由，独自进入天机阁最深处。他取出从混沌古域获得的混沌典章，试图寻找克制「混沌暗瞳」的方法。典章内页突然浮现出血色文字：“欲破暗瞳，需寻「星眸逆命珠」，此珠藏于「万劫魔渊」，但……”文字戛然而止，纸张被烧出一个焦黑的洞。
就在此时，天机阁的警钟突然响起。苏尘冲出阁楼，只见学院上空乌云密布，无数道黑色光柱从大陆各处升起。凌波仙子面色惨白地飞来：“灵脉又出问题了！这次的气息……与上次不同，更像是……”她的话被一声震天怒吼打断，一只覆盖着暗红色鳞片的巨爪破土而出，爪尖滴落的液体将地面腐蚀出深不见底的坑洞。
“是混沌生物！”苏尘运转灭世冥瞳，却发现眼中的暗红纹路开始不受控制地蔓延。混沌主宰的声音在他脑海中响起：“动手吧，杀了这些蝼蚁，让混沌之力吞噬一切！”苏尘咬碎舌尖，以剧痛保持清醒，玄鼎终于微微震颤，射出一道微弱的星光缠住巨爪。
“江师姐，带领弟子撤离！陆兄，随我攻击弱点！”苏尘强撑着抵抗体内的侵蚀，指挥众人作战。但随着战斗持续，他发现这些混沌生物越杀越多，且每一只死亡后都会化作黑色雾气，融入云层中。更可怕的是，他的意识开始模糊，灭世冥瞳中的暗红光芒逐渐占据上风……