建安十七年，董昭等人认为曹操应当进爵为国公，赐予九锡之礼，配备相应的器物，以此彰显他的特殊功勋，并私下就此事征求荀彧的意见。荀彧却认为，曹操原本兴起义兵，目的是匡扶朝廷、安定国家，一直秉持着忠贞的赤诚之心，也保持着谦逊退让的品德。君子应该用高尚的道德去关爱他人，曹操这样的人，不应该接受这样的待遇。曹操得知荀彧的态度后，心中对此颇为不满。
恰逢曹操要征讨孙权，他上表朝廷，请求让荀彧到谯县慰劳军队，之后便顺势将荀彧留在了身边，让他以侍中、光禄大夫的身份持节，参与丞相府的军事事务。曹操的大军抵达濡须时，荀彧因病留在寿春，最终因心中忧虑而去世，年仅五十岁，谥号为敬侯。第二年，曹操便晋封为魏公。据《魏氏春秋》记载：曹操送食物给荀彧，荀彧打开一看，却是个空盒子，于是荀彧服下毒药自尽。咸熙二年，朝廷追赠荀彧为太尉。
《荀彧别传》记载：荀彧担任尚书令期间，常常通过书信向曹操陈述事务，在临终前，他将这些书信都焚毁了，所以他那些奇谋妙策和机密谋划，世人无法全部知晓。当时，国家正处于频繁征战、各项制度初创和恢复的阶段，荀彧曾对曹操说：“从前舜分别命令禹、稷、契、皋陶掌管不同事务，以治理各项功绩，教化百姓与征战讨伐同时进行。汉高祖初期，战事正激烈，却依然推举那些善于教化百姓的人，叔孙通在军旅之中研习礼仪，光武帝也有放下兵器讲学、让战马休息讨论治国之道的事迹。君子哪怕一顿饭的时间都不会违背仁德。如今您对外平定武功，对内兴起文学，使战争平息，大道得以施行，国家的危难刚刚消除，六礼也都得到整治，这就如同周公旦辅佐周朝时，能迅速使国家安定。既树立了德行、建立了功勋，又能着书立说，这确实符合孔子述作的心意；在当下彰显制度，在后世留下美名，这难道不是一件盛事吗？如果要等军事事务全部结束后再进行制度建设，就会拖延国家的治理和教化，这在处理事情上并不明智。您应该召集天下的大才和通儒，共同考订研讨六经，校订刊正传记，保存古今的学问，去除其中繁杂冗长的部分，统一对圣人经典的解释，大力推崇礼学，逐渐加强教化，这样就能使王道得以实现。”
荀彧常常从容地与曹操探讨治国之道，类似这样的言论有很多，曹操也常常赞许并采纳他的建议。荀彧品德高尚，行为周全，不符合正道的事情他绝不会用心去做，他在天下声名远扬，人们都把他当作道德的楷模，海内的英才俊杰都尊崇他。司马懿常常说，书中记载的久远之事暂且不论，就我亲身听闻的近百年来，还没有贤才能够比得上荀令君（荀彧）。荀彧前后举荐的人，都是当世的大才，在地方上有荀攸、钟繇、陈群，在天下范围内有司马懿，以及他招揽的当时知名的郗虑、华歆、王朗、荀悦、杜袭、辛毗、赵俨等人，这些人最终都官至卿相，有十几人之多。荀彧选拔人才不拘一格，戏志才、郭嘉等人曾被世俗诟病，杜畿为人傲慢且缺乏文采，但荀彧都因为他们的智谋而举荐他们，最终这些人都各自显扬了名声。
荀攸后来担任魏国的尚书令，也致力于推举贤才、引进士人。曹操说：“两位荀令君（荀彧、荀攸）对人才的评价，时间越久越能证明其可信度，我至死都不会忘记。”钟繇认为，颜回去世之后，能够具备九种品德，且不重复犯错的，只有荀彧。有人问钟繇：“您如此敬重荀君，将他比作颜回，还自认为比不上他，能说一说原因吗？”钟繇回答道：“对于贤明的君主来说，最好的臣子是如同老师一般的存在，其次则是像朋友一样。凭借太祖的聪明才智，每当遇到大事，常常先向荀君咨询，这就是古代师友之间的道义。我们奉命行事，尚且有时不能做得尽善尽美，与荀君相比，差距难道不大吗？”
据《献帝春秋》记载：董承被诛杀后，伏皇后给父亲伏完写信，说曹操杀了董承，皇帝正打算为董承报仇。伏完收到信后拿给荀彧看，荀彧对此感到厌恶，便将此事隐瞒了很久没有声张。伏完又把信拿给妻弟樊普看，樊普封存信件后呈递给曹操，曹操因此暗中做了防备。后来荀彧担心事情败露，想要主动向曹操坦白，于是请求出使邺城，并劝说曹操将女儿许配给汉献帝。曹操说：“如今朝廷有伏皇后在，我的女儿怎么能许配给皇帝呢？我凭借微薄的功劳受到朝廷录用，官至宰相，难道还要依靠女儿受宠来巩固地位吗！”荀彧说：“伏皇后没有儿子，而且性情凶狠乖戾，她之前给父亲写信，言辞丑恶，我们可以借此机会废掉她。”曹操说：“你之前为什么不告诉我这件事？”荀彧假装惊讶地说：“我之前已经跟您说过了呀。”曹操说：“这岂是小事，我怎么会忘记！”荀彧又装作很惊讶的样子说：“难道我真的没跟您说过吗？之前您在官渡与袁绍对峙，我担心会增加您的后顾之忧，所以没有说。”曹操说：“官渡之战结束后，你为什么还不说？”荀彧无言以对，只能向曹操请罪。曹操因此对荀彧心怀怨恨，但表面上依然包容他，所以当时世人都不知道这件事。等到董昭提出要封曹操为魏公的建议时，荀彧持不同意见，想要向曹操进言。等到荀彧带着玺书去犒劳军队，饮酒宴客的礼仪结束后，荀彧留下来请求与曹操单独谈话。曹操知道荀彧是想谈论封魏公这件事，便作揖示意让他离开，荀彧最终没能把话说出口。
荀彧在寿春去世，寿春有逃亡的人告诉孙权，说曹操让荀彧去杀伏皇后，荀彧不从，所以自杀了。孙权将此事以露布的形式公布给蜀汉，刘备得知后，说：“这个老贼不死，祸乱就不会停止。”臣松之考察《献帝春秋》的记载，说荀彧想要告发伏皇后的事情而请求出使邺城，却反而诬陷曹操说“之前已经说过”。这种说法毫无证据，又以官渡之战时的担忧作为托词，前后矛盾，言辞和情理都站不住脚，就算是平庸之人，也不会做出这样的事，又怎么能以此来污蔑贤哲呢！诸如此类的记载，都出自低俗浅陋之人的编造，可以说是用我们这些平庸之人的言论去恶意诋毁君子。袁暐这类毫无根据的编造，这是最为过分的。