星陨联邦历3096年冬，寒雾笼罩着“锈痕城”外围的残骸带。破碎的星舰残骸如同巨兽骸骨，在暗紫色的星云背景下投下阴森阴影。阿黎等人乘坐的改装飞船在残骸间穿梭，零的手指在全息键盘上飞速敲击，机械耳坠闪烁着警告红光：“检测到十七组未知信号源，正以菱形阵列包抄我们。”他调出战术投影，虚空中顿时浮现出密密麻麻的红点，如同蛛网将飞船困住。
星野握紧星辰剑，剑身上的守护咒文泛起微光。自从拍卖会事件后，他发现自己对混沌能量的感知愈发敏锐，此刻甚至能隐约“看见”那些隐藏在残骸中的杀机——某处断裂的舰桥后方，正有紫色电弧在悄然凝聚。“准备战斗！”他话音未落，舷窗外突然亮起刺目紫光，无数混沌能量弹如暴雨般袭来。飞船剧烈震颤，清越的暗莲匕首瞬间化作盾牌，黑雾在船体外形成保护层，却在能量弹的冲击下不断变薄。
栖木的藤蔓突然暴涨，缠住飞船的稳定器。他的双色瞳孔剧烈收缩，右眼的混沌暗影几乎吞噬整个虹膜：“这些攻击带着艾尔文家族的标记，但...又有些不同。”他的藤蔓尖端刺入船体，抽出一缕紫色能量，在众人面前展开成全息影像——画面中，一群身着银黑战甲的战士正在调试武器，他们胸口的徽章不是艾尔文家族的图腾，而是一个扭曲的齿轮与玄冥符文的结合体。
“是‘机械教团’！”零的声音带着罕见的紧张，他调出锈蚀港地下黑市的机密档案，“传闻这是一个由机械改造人组成的神秘组织，他们痴迷于将混沌能量与星际科技融合。三个月前，黑市突然出现大量能增幅混沌侵蚀的机械义肢，源头直指...”他的声音戛然而止，全息屏幕突然被强制切断，取而代之的是一张戴着齿轮面具的脸。
“外来者，你们不该触碰不属于自己的秘密。”面具人的声音经过电子变调，充满金属摩擦的刺耳感，“交出记忆晶核，或许能留个全尸。”话音未落，又一轮攻击袭来，这次的能量弹中夹杂着银色金属丝，如活蛇般缠绕在飞船外壳上，开始腐蚀防护层。阿黎的星核之钥复刻品光芒大盛，她将箭矢搭在弦上，箭矢尾端的意识结晶与机械丝产生共鸣，竟反向追踪到了攻击源头——三公里外一艘伪装成陨石的巨型母舰。
“冲过去！”阿黎大喊。星野的星辰剑劈砍着试图钻入船舱的金属丝，守护咒文的光芒所到之处，金属丝发出痛苦的嘶鸣；明煦的光莲法杖照亮前方，清越则用暗莲匕首斩断侧面袭来的能量触手；栖木的藤蔓化作推进器，强行改变飞船航向；零则在数据层与敌方黑客展开激烈对抗，他的机械耳坠迸发出耀眼蓝光，将试图入侵系统的病毒程序一一粉碎。
当飞船冲破母舰的外层防御时，众人被眼前的景象震惊——母舰内部布满了机械与血肉融合的改造人，他们的身体上插满紫色能量管，正在进行某种诡异的仪式。中央祭坛上，一个巨大的齿轮装置正在运转，齿轮缝隙间渗出的紫色黏液，与阿黎在“星潮号”遭遇的混沌石碑如出一辙。“他们在制造新的混沌容器！”焰心的链刃甩出，玄冥核心残片在接触黏液的瞬间疯狂吸收能量，却也让她的瞳孔闪过一丝紫光。
朔月与黎昭在皇宫收到紧急通讯时，星图室的警报声此起彼伏。整个联邦星域都出现了机械教团的活动痕迹，他们以锈蚀港为据点，向周边星域扩散。更令人不安的是，部分星域的能源中枢检测到异常数据流，与零在对抗中截取到的黑客代码完全一致。“他们的目标不只是记忆晶核。”黎昭的指尖划过星图上的红色标记，“机械教团正在构建一个覆盖半个联邦的混沌能量网络。”
程晚意与曦瑶的支援舰队在赶赴途中遭遇伏击。敌方战舰的主炮射出的不是常规能量束，而是由混沌物质与金属颗粒混合的“腐蚀弹”。程晚意的归墟破晓弓射出净化箭矢，却发现箭矢在接触腐蚀弹的瞬间，竟被分解成齑粉。“这些武器经过特殊改造！”她大喊着指挥舰队变换阵型，“集中火力攻击敌舰的能源核心！”曦瑶则在后方用净魂莲法器制造防护屏障，笛声所到之处，腐蚀弹的侵蚀速度明显减缓。
阿黎等人在母舰内部的战斗进入白热化。机械教团的改造人源源不断地涌来，他们的机械义肢能根据攻击类型切换形态——面对光莲法杖的净化之力，立刻生成吸收光能的镜面；遭遇暗莲匕首的黑雾，又化作吞噬黑暗的旋涡。星野在混战中发现了改造人的弱点：他们颈部的能量接口处，存在零点三秒的反应延迟。“攻击他们的后颈！”他大喊着挥剑，星辰剑精准刺入一个改造人的能量接口，守护咒文的光芒顺着接口蔓延，将其彻底摧毁。
零在数据层的战斗同样凶险。他的意识体在由代码构成的虚拟空间中穿梭，躲避着如潮水般涌来的病毒程序。当他终于突破防线，进入母舰的核心系统时，却发现这里隐藏着更惊人的秘密——机械教团与艾尔文家族的某个分支达成了交易，他们用混沌科技帮助对方建造巨型要塞，而作为交换，艾尔文家族为其提供混沌能量的稳定来源。更可怕的是，他们的最终目标，是将整个星陨联邦的居民改造成混沌与机械的混合体。
“必须毁掉这个装置！”阿黎望着中央祭坛上的齿轮装置，星核之钥复刻品光芒暴涨。她与焰心、星野组成三角阵型，箭矢、链刃与星辰剑同时攻向装置的三个关键节点；明煦与清越则在后方用全力维持光暗平衡，防止装置爆炸引发的能量暴走；栖木的藤蔓缠住装置，试图延缓其运转速度；零则在数据层关闭装置的能源供应。
在众人的合力攻击下，齿轮装置终于出现裂痕。紫色黏液喷涌而出，化作无数混沌触手。阿黎的箭矢注入皇室血脉之力，焰心的链刃燃烧起复仇之火，星野的星辰剑迸发守护之光，三人的攻击交织成网，将触手尽数斩断。明煦与清越抓住机会，将光暗之力注入装置核心，剧烈的爆炸产生的冲击波将众人掀飞。
当尘埃落定，母舰开始崩塌。阿黎等人在栖木藤蔓的保护下逃出，看着身后的母舰化作宇宙尘埃。但他们知道，这场胜利只是暂时的。零调出最新情报，机械教团的残余势力已经分散，而艾尔文家族的巨型要塞建造进度，比预期更快。“我们惹上大麻烦了。”零苦笑，机械耳坠还在冒着青烟，“但至少，我们不是孤军奋战。”
星陨联邦的危机仍在蔓延，机械教团与艾尔文家族的阴谋如同巨大的阴影，笼罩着整个宇宙。阿黎握紧星核之钥复刻品，看着身边新结识的伙伴，眼中闪过坚定：“无论前方有多少挑战，我们都会守护这片星空。”而在宇宙深处，戴着齿轮面具的神秘人注视着监控画面，嘴角勾起冷笑：“游戏才刚刚开始。”