柯南和灰原哀好不容易摆脱了黑衣组织的追击，在山洞里度过了一个紧张又疲惫的夜晚。
第二天清晨，柯南醒来时，发现身边的灰原哀不见了。他顿时惊慌失措，大声呼喊着：“灰原！灰原！”
山洞外，阳光透过树叶的缝隙洒在地上，形成一片片光斑。柯南在山洞周围四处寻找，却不见灰原哀的踪影。
“她会去哪里呢？难道是被黑衣组织的人抓走了？”柯南心急如焚，脑海中浮现出各种可怕的念头。
他回到山洞，仔细查看有没有留下什么线索。在灰原哀睡觉的地方，他发现了一张纸条，上面写着：“柯南，我不能再连累你了，我要去一个地方，希望你能好好活下去。——灰原”
柯南紧紧握着纸条，眉头紧锁。“这个笨蛋，她以为自己一个人就能解决问题吗？”
他知道灰原哀一定是不想让自己再陷入危险，所以选择了独自离开。可是，在这个危险的处境下，她一个人能去哪里呢？
柯南想起了灰原哀曾经说过的一些话，她一直对自己的身份和过去感到愧疚，觉得是自己给身边的人带来了麻烦。也许，她是想去寻找一个可以彻底摆脱黑衣组织的方法，或者是想找到一个能保护大家的办法。
“不行，我不能让她一个人去冒险。”柯南下定决心，一定要找到灰原哀。
他拿出追踪眼镜，试图追踪灰原哀的行踪。可是，灰原哀似乎早就料到了这一点，她巧妙地避开了柯南的追踪。
柯南沿着树林里的小路一路寻找，不放过任何一个可能的线索。他问过了树林里的一些小动物，可是它们也不知道灰原哀去了哪里。
就在柯南感到绝望的时候，他突然听到了一阵熟悉的声音。那是灰原哀的手机铃声。
柯南顺着声音的方向跑去，发现灰原哀的手机掉在了地上，旁边有一些打斗的痕迹。
“难道她在这里遇到了危险？”柯南紧张地四处张望，警惕地准备应对可能出现的敌人。
突然，他听到了身后传来了一个声音：“柯南，你终于来了。”
柯南转身，看到了一个黑衣人站在他身后。黑衣人戴着帽子和口罩，看不清面容。
“你是谁？灰原呢？”柯南大声问道。
黑衣人冷笑了一声：“你不用知道我是谁，灰原哀已经被我们带走了。如果你还想见到她，就乖乖跟我们走。”
柯南握紧了拳头，心中充满了愤怒和担忧。他知道这可能是一个陷阱，但为了找到灰原哀，他别无选择。
“好，我跟你们走。但你们要是敢伤害她，我一定不会放过你们。”柯南咬着牙说道。
黑衣人带着柯南来到了一个废弃的仓库。仓库里弥漫着一股刺鼻的气味，四周堆满了破旧的机器和杂物。
在仓库的中央，灰原哀被绑在一把椅子上，昏迷不醒。
“灰原！”柯南不顾危险，冲了过去。
就在他快要接近灰原哀的时候，黑衣人突然拿出了一把枪，对准了柯南：“站住，别再往前走了。”
柯南停下了脚步，愤怒地看着黑衣人：“你们到底想干什么？”
黑衣人把枪放在桌子上，走到柯南面前：“我们组织想要的东西，你应该很清楚。只要你把那个东西交出来，我们就放了你们。”
柯南心中一惊，他知道黑衣人说的东西是什么。那是一个关于黑衣组织秘密的重要线索，他一直藏在身上，没有告诉任何人。
“我不知道你在说什么。”柯南假装不知道，试图拖延时间。
黑衣人笑了笑：“别装了，柯南。我们知道你一直在调查我们组织，你以为你能逃得过我们的眼睛吗？”
就在柯南思考着如何应对的时候，灰原哀醒了过来。她看到柯南也在这里，眼神中充满了担忧。
“柯南，你怎么来了？你快走，别管我。”灰原哀大声喊道。
柯南看着灰原哀，坚定地说：“我不会走的，我一定会救你出去。”
黑衣人看着他们，露出了狰狞的笑容：“你们以为你们还能逃得掉吗？今天就是你们的死期。”
说着，黑衣人拿起了枪，对准了柯南和灰原哀……灰原哀割断了绳子把柯南从窗口推出去，柯南掉下去河里。黑衣组织朗姆出现下令带走灰原哀我要彻底让你服从组织命令成为一名杀手没有感情的杀手代号:彼岸花。乘着直升机飞离了工厂，柯南顺着河流游上了岸。被巡警所救。