隐海船队首航告捷的余韵尚未散去，京城漕运衙门的案牍库内已悄然卷起暗流。林远望着案头堆积的海运试点报告，正欲提笔向张居正建言扩大规模，苏婉娘却匆匆而入，手中攥着一叠被水渍晕染的账簿，面色凝重：“掌柜，出事了。山东、南直隶多处分拨中心上报，称漕运损耗率骤增，且账目与我们存档的数据相差甚远。”
泛黄的竹简上，墨迹未干的数字触目惊心——原本控制在5%以内的漕粮损耗率，竟被记作23%，运费支出更是凭空多出三倍。林远指尖划过数据间刻意涂改的痕迹，忽然想起半月前漕运衙门新换的主簿赵谦——此人正是严党旧部赵猛的远房堂弟。
“这是有人蓄意栽赃。”林远将账簿重重拍在桌上，“但这些数据若呈至御前，必然会被用来攻击海运改革，甚至牵连张居正大人。”话音未落，一阵急促的脚步声由远及近，一名锦衣卫校尉手持令牌闯入：“林大人，皇上急召，内阁正在文华殿议事！”
文华殿内，气氛剑拔弩张。万历皇帝面前的御案上，整齐码放着二十余卷漕运账簿，严党首领、吏部尚书吴嵩正跪地叩首，声泪俱下：“陛下明察！自林远推行所谓‘漕运新政’以来，账目混乱不堪，中饱私囊之态昭然若揭！臣听闻，他暗中组建船队、私设工坊，分明是要将国家命脉据为己有！”
林远瞥见吴嵩袖中露出的衣角——正是白云观密道中严党信笺特有的暗纹布料。他强压怒火，向万历皇帝行礼：“陛下，臣敢以项上人头担保，这些数据皆是伪造。自漕运改革后，我们采用‘墨印竹简’与‘流水对账法’，每笔账目都有三重核验，绝无如此巨大的误差。”
“空口无凭！”吴嵩冷笑一声，示意随从呈上另一叠账簿，“这是臣派人从漕运衙门库房连夜抄录的原始记录，上面每笔损耗都有押运官签字画押，难道还能有假？”林远定睛一看，瞳孔骤然收缩——这些账簿的纸张、字迹与自己推行的标准文书别无二致，甚至连押运官的签名都模仿得惟妙惟肖。
张居正见状，上前一步：“陛下，臣建议成立专项调查组，彻查此事。林远推行的漕运改革成效显着，如今东南海运初成，正是倭寇与严党最不愿看到的局面，其中是否有人刻意构陷，不可不察。”万历皇帝沉吟片刻，最终下令：“着令三法司、锦衣卫与户部联合彻查，十日内必须水落石出。”
走出皇宫，林远立即召集物流学堂的算术弟子与暗影小组成员。陈念将真假账簿逐页比对，额头沁出冷汗：“掌柜，假账簿上的数字经过精心计算，不仅符合漕运常规损耗的浮动范围，连算盘珠的进位痕迹都模仿得一模一样。但...”他举起竹简对着烛光，“墨印竹简的防伪暗纹被篡改过，只有用特制的朱砂溶液涂抹，才能显出原本的编号。”
与此同时，暗影小组传来关键线索：赵谦在账簿案发前三日，曾频繁出入城东“聚贤阁”——那正是严党在京城的秘密据点之一。更令人心惊的是，他们截获了一封密信，信中提到“以假乱真之计已成功，只需拖延调查，便可一举扳倒林张二人”。
为寻找确凿证据，林远决定从源头突破——漕运衙门的案牍库。他亲自带领天枢护卫队夜探库房，却发现存放原始账目的樟木箱已被打开，真正的记录不翼而飞。墙角残留的灰烬中，几块未燃尽的竹简碎片上隐约可见“海运试点”“隐海船队”等字样。
“不好！他们想连海运一并扼杀！”林远意识到，严党不仅要抹黑漕运改革，更要将秘密筹备的海运计划公之于众，借海禁祖制对其进行致命打击。他连夜拜访张居正，却得知更坏的消息：吴嵩已上书弹劾，称海运船队是“私军”，意图谋反。
面对绝境，林远突然想起物流学堂曾研发的“溯源印记”技术。他们立即召回所有参与漕运的镖师与押运官，仔细检查每个人携带的令牌——这些令牌内侧都刻有微小的凸起字符，对应着每次押运任务的编号与时间，是验证账目的最终凭证。果然，在一名失踪多日的押运官遗物中，他们找到了完整的原始记录。
但更棘手的是，严党早已买通三法司的主审官。当林远呈上真账簿时，对方却嗤笑：“仅凭几块残片和一面之词，如何能证明这不是事后伪造？”关键时刻，苏婉娘带着一群漕运码头的商户闯入大堂——这些人自发联名上书，附上了多年来漕运改革后运费降低、效率提升的详细记录。
“大人！”为首的绸缎商人跪地叩首，“林大人推行的‘物流信用评级系统’让我们商户实实在在得了好处，如今漕运畅通，江南的丝绸能按时运往京城，边疆的战马粮草也不再延误。这些假账，分明是要断了我们生路！”
随着调查深入，更多证据浮出水面。暗影小组在聚贤阁的密道中查获了严党伪造账目的全套工具——包括特制的仿官方文书纸张、模仿笔迹的拓印模具，甚至还有篡改墨印竹简暗纹的化学药剂配方。而赵谦在严刑拷打下，终于供认：所有假账都是吴嵩指使，目的是逼万历皇帝废除漕运与海运新政，重新夺回经济控制权。
当铁证摆在万历皇帝面前时，吴嵩仍在狡辩：“陛下，这些都是林远的阴谋！他...”“够了！”皇帝猛地拍案，“朕命人暗中核查漕运码头的货物进出记录，与林远呈上的数据分毫不差。倒是你，私通倭寇的信件，也该一并清算！”
原来，在林远全力追查假账的同时，张居正已说服万历皇帝启动“锦衣卫暗查计划”。锦衣卫乔装成商贾、流民，分散至各处分拨中心与码头，用最原始的计数方式——逐船清点货物、逐笔记录交易，最终还原出了真实的漕运数据。
此案落幕，吴嵩等严党骨干被革职下狱，赵谦被枭首示众。但林远并未感到轻松。在清理严党据点时，他们发现了一份尚未送出的密信，信中提到“倭国战船已造完七成，将在中秋月圆时突袭东南沿海”。
站在重新恢复平静的漕运衙门，林远望着墙上的物流舆图，用朱砂重重标记出倭寇可能进犯的港口。漕运账本的陷阱虽已破解，但更大的危机正随潮水逼近。他握紧腰间令牌，低声对苏婉娘道：“通知隐海船队，全员备战。这次，我们要在海上与他们决一死战。”