时间来到平行世界的近代，凯布利的老师西蒙在转世后失去了记忆，但梦的指引让他来到了睡莲国，并进入了哈姆纳塔内得到了神之塔零件以及四张青眼白龙的卡片。
转眼间，西蒙的转世藤原西蒙有了孙子藤原游戏，而藤原游戏无意间拼成【神之塔】解放大宫王灵魂的事情触动了睡莲国中隐藏起来的所有现代神官。
贝卡斯因为失去恋人而去了睡莲国进行了旅游，过程中他得到了神器神之眼，并利用神器的力量，他制作了大量似真似幻的卡片。
其中，诸神借助他的双手创造了三张神之卡，分别是代表拉神之力的【拉的翼神龙】，冥王之力的【奥西里斯的天空龙】，伊西丝之力的【欧贝利斯克的巨神兵】。
其中，奥西里斯的天空龙的由来和混沌大蛇阿佩普有一些联系。凯布利封印阿波菲斯之后，混沌大蛇回到了冥界。而伊西丝联合拉以及芭丝特一起打败了混沌大蛇，伊西丝得到了混沌大蛇的一部分，奥西里斯拿过来将其不断调和，并以咒术师的手段化外为内，获得了冥王的权力，得证神灵之尊。
时机成熟，三张神之卡出现在人间，守墓一族找到贝卡斯收回了神之卡，但神之环的神官玛利亚偷走了【欧贝利斯克的巨神兵】，并将其送给了神官凯里昂的转世三井天马。
三井天马是雏菊国财阀收养的长子，掌握着大量的财富。在发现卡片中的精灵、英灵的秘密时，三井财阀的掌门人心动了，他们那些老家伙想要转化成英灵长生不老，从而引发了贝卡斯掀起的【决斗王国事件】。
打败三井财阀的老家伙后，三井天马成为了财阀的继承者，他利用玛利亚观察未来得到的技术制造了决斗盘，并为了获得其他两张神之卡举行了一整个城市都热闹起来的决斗大赛。
守墓一族发现三井天马在使用神之卡，于是派出无数得力干将以及【奥西里斯的天空龙】准备拿回巨神兵。
可神之手杖的神官摩西哪里能想到，天空龙没有对上主线任务的巨神兵，反而在做支线任务——收回含有精灵、英灵的蕾雅卡时败在了藤原游戏手上，天空龙丢失了。
摩西没有办法，为了回收神之卡，他带着最后一张神之卡来到了雏菊国决斗都市。在这里，他与无数决斗者决斗获得了胜利，并站在了三井天马和藤原游戏面前。
最后的决斗以藤原游戏的胜利告终，他得到所有神之卡后，神官玛利亚现身告知藤原游戏的背后灵凯布利，如果想要取回自己原本的记忆，就带着三张神之卡来哈姆纳塔。
藤原游戏当然来了，为了自己的伙伴，他和他的朋友们一起来到了睡莲国的哈姆纳塔。而通过刻有凯布利王的石板，在凑齐神之塔以及三张神之卡后，凯布利进入了心乡、表内的里世界，所谓的【哈姆纳塔】。
从天空上坠落，凯布利的意识飞过赫利奥波利斯的热闹街道，最终进入了王宫中，和一个十四五岁的少年合并在了一起。
获得了身体的控制权，凯布利看着周围的一切还有些恍惚。身边矗立的神官，四处站岗的卫兵，面前歌舞的舞女，一切都显得理所当然。
突然，神官艾希丝的神之环发出了微光，她看到了未来，看到了刺王杀驾者的行为。
“凯里昂！”艾希丝发出惊呼，而凯里昂的反应相当迅捷，他立刻挥舞斗篷打偏了刺客投掷的匕首。
马哈德反应过来，他顺着智慧轮的金锥指引，看到了高处偷偷摸摸的人。
“刺客在那里！卫兵！给我拿下！”
卫兵的反应速度很快，他们手持武器直接合围羁押了刺客。
在这个石器为主要武器的时代，审讯技术碍于物质的限制，根本没发展出什么。在打了一顿，看到对方不愿意开口后，神官海拉比举着神之钥靠近了。
发动神之钥的力量，海拉比窥见了人心深处最隐私的秘密，他找到了刺客体内外来灵的真名以及他本人的名字——霍特普赫拉斯。
神官赛特获得了外来灵的真名，他一边启动神之眼的力量，一边呼唤真名【暗黑暗杀者】。
然后，刺客霍特普赫拉斯的外来灵【暗黑暗杀者】就被神之眼的力量照出来了。
神官凯里昂走上前来，他举起手中的神之手杖，呼喊道：“暗黑暗杀者，我以神的名义命令你，被封印在石板中吧！”
这个时候，后面的卫兵正好将石板抬过来，在凯里昂的支配下，【暗黑暗杀者】这个精灵直接被封印到了后面的石板中。
而身上精灵被封印后，刺客霍特普赫拉斯并没有被释放，在这个生产力低下的时代，也没有监狱提供吃喝关着他们。
杀人的事情，自诩天朝上国，为世界带来和平的睡莲王国也不会去做。于是，所有罪行的惩罚被分成两类，一类是罪行不够重的劳役，一类是罪行足够重的流放。
别看流放好像没什么，但丢到沙漠里，绝大部分人的结局只会是死亡。如果没死，那就是上天保佑，也没必要追究了。
刺王杀驾是重罪，刺客立刻被拉走流放了。宴会得以继续进行，而就在宴会进行的时候，和凯布利一起进入【哈姆纳塔】的阿波菲斯附身到了这个世界的阿波菲斯身上。
法力流动，作为盗墓者被抓捕的阿波菲斯恢复了精力，他看着前方骑马溜他的王国士兵，一用力把他们拉下马来。
后方有骑马的铁蹄声，十道裹在黑袍中的骑行者拔出弯刀冲过来乱刀砍死了王国卫兵，然后又一刀斩碎了阿波菲斯的石头镣铐。
没有理睬这些黑暗法力创造的随从，阿波菲斯走到悬崖边，他看着远处的国都赫利奥波利斯，再眺望远方巨大的哈姆纳塔金字塔，他发出了猖狂的笑声，而且笑声越来越大起来……