在孙传庭声嘶力竭、近乎死谏的苦苦劝说下，朱由检的理智逐渐回笼。他不得不承认，孙传庭说得对，自己御驾亲征去砍藩王，实在是气昏了头才会产生的荒谬想法。
但是，现实的压力丝毫没有减轻。如果他这个皇帝不想出个有效的办法来打破僵局，远在陕西的李邦华将会寸步难行，所有整顿军屯、安抚流民的计划都将化为泡影。
朱由检深吸一口气。他再次拉起孙传庭，不过这次不是冲向宫外，而是急匆匆地转身往回走，回到了乾清宫那堆满奏疏的御案之前。
他不发一言，径直提起朱笔，铺开明黄色的圣旨卷轴，略一沉吟，写下了一道措辞严厉、不容置疑的旨意：“奉天承运皇帝，制曰：兹谕秦王朱存机，见旨之日，即刻率领王府眷属及一应属官，速速启程入京陛见，不得以任何缘由延误羁留！钦此！”
写罢，他重重盖上皇帝之宝，将圣旨递给侍立一旁的王承恩：“用印，六百里加急，发往西安秦王府！”
圣旨一到秦王府，秦王朱存机展开一看，心里顿时“咯噔”一下，彻底凉了半截。他明白，事情已经彻底闹大了，当今天子这是明摆着要将他调离陕西老巢，好让李邦华等人放开手脚，清查、甚至夺取他的庞大家产！
然而，这煌煌圣旨，字字皆代表皇权，他纵然心中有一万个不甘、一千个不愿，也绝不敢公然抗旨。那形同谋反的罪名，他担当不起。
更让他感到心惊和羞辱的是，前来传旨的，并非寻常太监，而是他的老对头——总理陕西事务大臣李邦华本人！李邦华手持圣旨，面无表情地站在王府大堂之上，目光冷峻，声音不带一丝波澜地催促道：“秦王殿下，速速接旨吧。”
这无疑是皇帝对他最强烈的警告和最直接的施压。朱存机脸色铁青，双手微微颤抖，最终还是在王府属官惊恐的目光中，艰难地跪下，接过了那卷重如千斤的圣旨。
他刚一起身，还未来得及说些什么，李邦华便毫不客气地一招手。早已等候在府门外的周文郁立即率领一队精锐的关宁军士兵鱼贯而入，甲胄铿锵，瞬间控制了王府的各处要道，气氛顿时变得无比压抑。
李邦华的声音依旧平静：“陛下的旨意是‘速速入京’，不得延误。周总兵，带你的人，‘帮’秦王殿下和王府上下，速速收拾东西，即刻启程！”
这哪里是“帮忙”，分明是武装押解前的抄检和监视！朱存机看着眼前寒光闪闪的兵刃和士兵们冷峻的面孔，深知一切反抗都已徒劳，只能眼睁睁看着这些“丘八”闯入他的府邸深处，心中充满了屈辱和绝望。他经营多年的陕西根基，在这一刻，被皇帝一道圣旨和冰冷的刀兵，彻底瓦解了。
秦王之事暂且按下，朱由检在发出召秦王即刻入京的圣旨后，他再次提起朱笔，写下了第二道同样石破天惊的旨意：
“奉天承运皇帝，制曰：咨尔都察院右佥都御史孙传庭，忠勤敏达，刚正不阿。今特加授尔为‘京师总理大臣’，总揽北直隶境内所有皇庄之丈量、清点、稽查事宜。内外诸司，皆需配合协理，不得阻挠。特赐尚方剑，允尔便宜行事，凡有贪渎舞弊、抗命欺瞒、侵吞田产之员，无论品级勋爵，四品以下，先行拿问，若情罪确凿，可就地正法，先斩后奏！钦此！”
写罢，朱由检甚至不等墨迹完全干透，便一把将沉甸甸的圣旨卷轴和那柄象征着至高权力的尚方宝剑，塞还到仍跪在一旁的孙传庭怀里：“朕给你权柄，也给你期限！两个月！两个月内，务必给朕将此事彻底办妥！朕要看到清清楚楚的账册，看到实实在在的田亩！勿负朕望！”
孙传庭没有任何犹豫，猛地以头触地：“臣！孙传庭，领旨！叩谢天恩！必竭尽驽钝，粉身碎骨，亦要在两月之内，为陛下廓清奸佞，厘清田亩！若不能如期完成，臣……甘当军法！”
秦王被强制召京的风声迅速传遍了陕西各地。天子这番毫不留情、直指宗亲的雷霆手段，在带来巨大震慑的同时，也像一记重锤，狠狠敲醒了以惠安伯张庆臻、武清侯李国瑞为首的一干勋贵豪强。
他们猛然意识到，皇帝这次是动了真格，绝非虚张声势。巨大的危机感促使这些往日里或许还有龃龉的势力迅速抱团取暖，结成了更为紧密的同盟。俗话说，断人财路犹如杀人父母。朱由检那道强硬的圣旨非但没能让他们束手就擒，反而激起了他们拼死抵抗的决心——与其坐以待毙，眼睁睁看着世代积累的财富被夺走，不如铤而走险，合力对抗。
然而，尽管阻力集团完成了集结，但秦王朱存机这根最大的“主心骨”的离去，确实为李邦华、孙元化等人创造了前所未有的活动空间。来自顶层的、最直接的干预和庇护暂时消失了。他们趁机雷厉风行地推进清丈，以前所未有的力度打击中下层的爪牙和代理人。
在秦王离陕后的短短时间内，便有将近一万顷被非法侵占的军屯田地被成功清理出来，重新登记造册，划归大明朝廷直接管理。这些宝贵的土地资源，立刻被李邦华用于安置流民、招募乡勇、兴办军屯。既缓解了社会矛盾，恢复了生产，更在为下一步的“练兵平叛”积攒最重要的钱粮和兵源基础。一支由朝廷直接掌控、扎根于恢复生产的军屯之上的新力量，正在陕西悄然孕育。
当然，这支力量最终剑指何方，将来究竟会“平”谁的“叛”——是那些肆虐的流寇，还是这些即将狗急跳墙的勋贵集团？眼下，还不太好说。
崇祯五年二月中旬，两路人马几乎同时抵达京城：一路是备受瞩目、气氛压抑的秦王朱存机及其家眷属官的车队；另一路则是来自陕西、带着泥土气息与希望的六百里加急驿骑，送来了总理大臣李邦华的最新奏报。
奏本中的消息，宛如阴霾天际透下的一缕金色阳光，照亮了朱由检焦灼的内心——土豆，丰收了！
李邦华在奏疏中详细禀报，去岁试种的马铃薯已成功了，产量虽不及江南膏腴之地的稻米，但远超黍粟，且尤其适应陕西北地的气候土质。这来自异域的作物，以其强大的生命力和可观的产出，证明了其作为“救荒粮”的巨大价值。
“陛下，此物确乃天赐祥瑞以活我大明生民！今岁所获，已足可支撑数千流民度过春荒，若今冬能大力推广，陕西饥馑之困，解矣！”李邦华甚至做出了一个令人振奋的预估：“臣大胆断言，若天公作美，政策得宜，至明年此时，陕西多数州县，或可实现粮产自给自足！”
然而，李邦华并未沉浸在初步的成功中。他展现出了极强的进取心和战略眼光，在奏疏末尾向皇帝提出了一个更为大胆的计划：他打算利用今冬农闲及秦王离陕后形成的威慑空窗期，“再接再厉”，继续向那些仍在负隅顽抗的勋贵豪强施压，从他们手中“抢”回更多的军屯田地！
他的目标非常明确：为今年秋冬更大规模的土豆播种，提前准备好充足的土地。他要在陕西，打一场围绕土地和粮食的翻身仗。
这份奏疏，让朱由检良久以来第一次感受到了实实在在的希望和振奋。
说实话，朱由检打心眼里不愿见到这个给他添尽乱的“好叔叔”。如今的大明内忧外患，风雨飘摇，身为宗室亲王不思为国分忧，反倒拼命掘着帝国的根基！朱由检甚至恶毒地想：这大明若是真的亡了，难道他朱存机还能跑去盛京，在皇太极那厮手下继续当他的秦王不成？！简直是愚蠢到了不可救药的地步！
然而，这些话他只能在心里咆哮，绝不能宣之于口。一旦出口，不仅于事无补，反而极易被扭曲成皇帝刻薄寡恩、意图削藩夺产的罪状，徒惹宗室震荡。
但人终究是要见的。在乾清宫偏殿，朱由检面无表情地接见了风尘仆仆、神色忐忑的秦王朱存机。他没有多余的寒暄，更没有一句责备，只是抬手示意，让王承恩将几卷厚厚的册籍捧到秦王面前——那是洪武年间留下的鱼鳞图册副本以及最新清丈的数据记录。
朱由检的声音平静得没有一丝波澜，却带着不容置疑的决断：
“王叔，朕今日只见证据，不叙亲情。”
“这图册与数据在此，一笔一笔，皆清清楚楚。是你的产业，朕一分一厘都不会动，尽数归还于你。”
“但——不是你的，你吞下去多少，就必须给朕原封不动地、连本带利地吐出来！”
“王叔是聪明人。若是还想有朝一日能体面地回到西安，而不是老死凤阳高墙之内，自己最好想清楚。朕，等着王叔的答复。”
这番话，软中带硬，既给了台阶，也划下了绝不能逾越的红线，将最终的选择权，看似交给了秦王，实则已将他逼到了绝境。
秦王朱存机一见这阵仗——皇帝毫无转圜余地的态度以及那不言自明的严重后果，心里那点侥幸和嚣张顿时烟消云散，彻底没了主意。他此刻才真切地体会到何为“人为刀俎，我为鱼肉”。
只见他再无半分藩王的架子，姿态放得极低，几乎是忙不迭地满口应承下来：“陛下明鉴！陛下明鉴！是臣……是臣一时糊涂，受了小人蒙蔽……一切但凭陛下圣裁！臣绝无异议！”他一边说，一边偷觑着皇帝的脸色，话语间充满了哀恳，“只求……只求陛下念在咱们同出一脉、本是朱家骨血的份上，高抬贵手，给臣……给臣留一分体面，莫要……莫要赶尽杀绝啊……”言辞恳切，几乎声泪俱下。
龙椅上的朱由检看着这位方才还意图顽抗、此刻却摇尾乞怜的“叔叔”，心中百感交集，最终化作一声无奈的叹息。他挥了挥手，语气疲惫却带着一丝最终的宽容：
“罢了……你吞进去的那些地，过往之事，朕可以不再追究，一笔勾销，算是全了宗亲之情。但从此刻起，从这道宫门出去之后，你需得好自为之！安守本分，谨言慎行！若再让朕听到你有任何不轨之举，或是对陕西政务有丝毫掣肘……届时，就休怪朕不顾叔侄情分，以国法论处！你，可听明白了？”
秦王自然是磕头如捣蒜，满口应承，赌咒发誓必定洗心革面，安守本分。朱由检看着他这副唯唯诺诺的模样，心中的厌烦与无奈终究压过了杀意，摆了摆手，此事便算是暂且了结。他最终决定，让这位“好叔叔”在京师“歇息”一段时日，美其名曰“伴驾”，实则软禁观察一番后，便允其返回陕西秦王府。
能说什么呢？
后世的史官或许会如此评价：我们的这位崇祯皇帝，励精图治，宵衣旰食，心怀社稷，在许多方面都堪称英明，但他最大的弱点，或许也恰恰在于这不该有的、过于天真的“仁慈”。他总是倾向于再给一次机会，总是期望能用宽容换来悔悟。
然而，身处明末这场你死我活的权力游戏中，这样的仁慈往往等同于纵容。这秦王，能放吗？
当然不能放！
无论是出于政治嗅觉还是最基本的谨慎，都绝不该放虎归山！秦王在京师受此大辱，产业又被清查，心中早已埋下刻骨仇恨。一旦放归封地，无异于蛟龙入海，猛虎归林。他返回陕西，岂会真的感恩戴德、安分守己？只会更加疯狂地联络旧部，积蓄力量，伺机报复！今日一念之仁，他日必成心腹大患，甚至可能成为点燃西北更大叛乱的导火索。