重返京城的林婉清，并未如想象中那般立刻被召入宫中领受封赏，或是迎来太医院同僚的夹道欢迎。太子的嘉奖口谕仿佛投入深潭的石子，在层层的官场程序与蓄意的冷遇中，漾开几圈涟漪后，便暂时沉寂下去。她被安置在礼部辖下一处更为僻静、但也更为规整的驿馆，名为“听候任用”，实则近乎软禁。除了每日有低阶吏员送来基本用度，几乎与外界隔绝。
她心知肚明，这是风暴来临前的平静，是各方势力在暗中角力、重新布局的结果。赵侍郎及其党羽绝不会坐视她凭此大功在太医院站稳脚跟，必在酝酿反击。而太医院内部，那些固守正统、视她为异类的保守势力，也定然对她这个“幸进”之人心存芥蒂。她按捺下心绪，利用这难得的空闲，将云州之行的经验心得，尤其是人痘接种法的操作规范、注意事项、意外处理等，重新梳理，编纂成更为系统、严谨的《痘疹科玄要》初稿。同时，她也反复推敲，如何将现代无菌观念、隔离制度等核心思想，用这个时代能接受的语言和方式，融入未来的医政建议之中。
半月后，正式的任命文书终于下达，打破了表面的平静。旨意内容颇为微妙：擢升林婉清为太医院八品御医，特许入太医院籍，然不参与日常轮值宫禁，专司“痘疹防疫一应事宜之研习、条陈与训导”。另赐下白银百两，锦缎十匹，以示嘉奖。
这份任命，承认了她的功劳和地位，给了她官方身份和专门职责，却又巧妙地将她排除在宫廷日常诊疗的核心权力圈之外。“研习、条陈、训导”，听起来权责不小，实则无具体职掌，无直接下属，是个需要她自己“找活儿干”的虚职。这显然是各方妥协的结果——太子要兑现承诺，保她入太医院；而反对势力则尽力限制她的实权影响力。
任命下达当日，顾长渊终于得以公开来访。他依旧是一身太医常服，神色平静，屏退驿馆杂役后，方低声道：“此结果已属不易。赵侍郎一党联名上奏，极力反对你入主太医正科，甚至污你‘女流干政’、‘法术惑众’。幸得殿下坚持，刘院判亦从中斡旋，方有此折中之策。”
林婉清微微一笑，神色淡然：“能入此门，已是万幸。虚职实权，于我而言，反是便利。正好专心将防疫之法推行开来。”
顾长渊眼中闪过一丝赞赏，随即转为凝重：“然树欲静风不止。你虽未得实权，但‘专司痘疹’四字，已触动了某些人的利益。太医院药材采购、各地疫病奏销，其中水深。你须得小心，他们明面无法阻止，暗中必会设障。”
“我明白。”林婉清点头，“他们越是不想我碰，我越是要将此务做得堂堂正正，让他们无隙可乘。”
三日后，林婉清首次以新任御医的身份，正式踏入太医院点卯。她穿着新制的八品官服，虽略显宽大，却自有一股沉静气度。踏入那熟悉又陌生的大门，她能明显感觉到四面八方投射来的目光——好奇、审视、冷漠，甚至还有毫不掩饰的敌意。孙医正远远看见她，冷哼一声，拂袖而去。钱医士等人则聚在一处，窃窃私语，目光阴冷。
负责引她熟悉院务的，是一位姓程的老年医官，态度不冷不热，公事公办地介绍了太医院的机构设置、藏书阁、药库等所在，最后将她带到一处偏僻、狭小却还算干净的廨房（办公室）前：“林御医，此后你便在此处理事。一应文书用度，按例支取。”说完便借口有事，匆匆离去。
林婉清不以为意，推开廨房门，室内只有一桌一椅一书架，积着薄灰。她挽起袖子，亲自打扫起来。她知道，要想在这里立足，第一步不是争辩，而是用行动证明自己的价值。
整理妥当后，她径直去了藏书阁。以太医院御医的身份，她终于可以查阅那些之前无法接触的珍贵医典、宫廷脉案，尤其是历代关于瘟疫的记载。她如饥似渴地沉浸其中，与自己的实践相互印证，收获颇丰。
同时，她开始有步骤地推行她的计划。她首先向刘院判提交了一份详细的《云州防疫事略及人痘法推广条陈》，系统阐述了防疫经验，并建议在京城及畿辅地区，择地设立“痘疹防疫所”，培训医官，以备不时之需。这份条陈论据充分，数据翔实，刘院判阅后，虽未立即表态，却吩咐抄录数份，分送相关官员参阅，显然颇为重视。
此举立刻引起了反弹。数日后，一份由数名太医联名的驳议便呈递上来，斥责林婉清“妄兴土木，劳民伤财”，“痘疹乃天行时气，岂可人力强防？”，“其法险僻，焉能推广？”反对之声，甚嚣尘上。
面对攻讦，林婉清并未急于争辩。她深知空谈无益，唯有实证才能服人。她改变策略，利用“训导”之权，在太医院内开设小范围的“痘疹防疫讲习”，自愿听讲。起初，响应者寥寥，只有几位年轻好奇或出身寒微的医士、药工前来。林婉清毫不气馁，从最基础的病理、传播途径讲起，结合云州实例，深入浅出，生动具体。她带来的那些简易口罩、消毒液样本，更是让人耳目一新。渐渐地，前来听讲的人多了起来，甚至有一些低品级的太医也开始暗中关注。
然而，真正的转折点来自一起意外事件。京城西郊一皇庄突发牛痘（一种对天花有交叉免疫力的温和疾病），庄上数十人感染，庄头恐慌，上报太医院。按惯例，此类事多由地方官处理，太医院派员查看即可。孙医正等人欲借此刁难林婉清，遂以“林御医专司痘疹”为由，将此事推给她处理。
这明显是个陷阱。皇庄关系复杂，若处理不当，极易获罪。顾长渊得知后，欲出面阻拦，林婉清却坦然接下了差事。她亲自前往皇庄，并非简单隔离了事，而是敏锐地意识到牛痘病毒的特性。她仔细检查了感染者，确认症状温和，并大胆推测此病毒或可用于制备更安全的“疫苗”。
她在妥善安置病患、控制疫情的同时，悄悄采集了牛痘浆液，带回太医院秘密研究。数日后，她成功利用牛痘制备出了第一批试验性的“牛痘苗”。她并未声张，只是将此事与初步研究结果，以密折形式，通过顾长渊的渠道，直接呈报给了太子。
几乎与此同时，赵侍郎府上。赵侍郎听着心腹的汇报，面色阴沉：“哼，算她运气好，皇庄之事竟让她轻易化解。不过，她竟敢私下研究什么‘牛痘’？真是自寻死路！去，把消息放给孙医正，他知道该怎么做。这次，定要让她永无翻身之日！”
一场围绕“牛痘”的新风暴，正在太医院内部悄然酝酿。而林婉清站在她那间狭小的廨房窗前，望着院中那棵在秋风中依然挺立的古柏，目光沉静。她知道，真正的较量，才刚刚开始。