通往遗迹深处的通道比之前更狭窄，石壁上的符号不再发光，反而泛着淡淡的暗红 —— 暗能结晶沿途留下的暗能量，正缓慢侵蚀着通道的古老封印。小智握着丰缘信物跑在最前，信物的土黄光芒像指南针般，始终朝着暗能结晶的方向闪烁，每靠近一步，光芒就更亮一分。
“小心！” 小霞突然拉住小智的手腕，宝石海星的水幕瞬间挡在两人身前 —— 前方的地面突然裂开一道深沟，暗能量从沟底涌出，几只被污染的小拉达正顺着沟壁爬上来，眼睛泛着猩红。“通道里的宝可梦也被结晶影响了！”
超梦的红色光带立刻缠住小拉达，淡红能量顺着光带渗入，暂时压制住它们体内的暗能量：“我来牵制它们！你们继续追结晶，别被耽误！” 小刚也立刻跟上，从背包里掏出 “净化饭团”，放在小拉达面前：“等下我会帮你们彻底清除暗能量，先乖乖待着！”
小智点点头，跟着热带龙继续前进，通道尽头的暗红微光越来越清晰 —— 暗能结晶正停在一扇刻满 “净化符号” 的石门前，试图用暗能量强行破门。石门上的符号与小悠笔记本里记载的 “先民净化阵” 完全吻合，显然，门后就是遗迹用来封印暗能量的 “封印室”。
“它想进封印室！” 莎莉娜加快脚步，仙子伊布的粉色能量凝成细带，缠住暗能结晶的一端，“封印室里有纯净能量源，它进去后会变得更难对付！”
暗能结晶被缠住，突然爆发出强烈的暗能量，震开仙子伊布的光带，同时朝着热带龙撞去 —— 热带龙展开翅膀挡住攻击，淡金印记却被暗能量染得泛红，它发出一声痛苦的鸣叫，翅膀微微下垂。
“热带龙！” 小智立刻将丰缘信物贴在热带龙的印记上，土黄能量顺着印记涌入，泛红的部分渐渐消退，“别硬扛！我们一起围住它！”
斗笠菇和甜舞妮立刻冲上前，菌柄与花瓣同时释放草系能量，在暗能结晶周围织成一道 “草之牢笼”；小霞的宝石海星和海汐的巨钳蟹则释放水炮，在牢笼外形成一层水幕，防止结晶逃脱；莎莉娜让仙子伊布的协调能量融入水幕，粉色光粒在水幕上形成细小的脉冲，每一次脉冲都能削弱结晶的暗能量。
暗能结晶在牢笼中疯狂冲撞，却始终无法突破水幕与草笼的双重封锁。可就在这时，它突然分裂成数道细小的暗能丝，顺着草笼的缝隙钻了出去，朝着石门的符号飞去 —— 它想通过污染符号，强行打开封印室的门！
“阻止它污染符号！” 小悠大喊，艾路雷朵的超能力立刻缠住暗能丝，古木能量顺着光带渗入，“小智，莎莉娜，用纯净能量修复符号！符号一旦被污染，石门就会永久开启！”
小智立刻将丰缘信物的土黄能量注入符号，莎莉娜也让仙子伊布的粉色能量跟上 —— 两种纯净能量在符号上交织，形成一道淡金与淡粉的光膜，暗能丝撞在光膜上，瞬间被净化成灰。当最后一道暗能丝消散时，石门突然自动开启，露出封印室的全貌：
封印室中央立着一座圆形的净化台，台上刻满先民留下的净化符号，符号中央的凹槽正好能容纳一颗核心大小的物体；净化台周围的石柱上，镶嵌着数颗泛着金光的 “纯净水晶”，水晶散发的能量与原始核心的金色部分同源。
“这是先民留下的净化装置！” 小悠激动地跑到净化台边，“只要将暗能结晶放入凹槽，再用纯净水晶的能量激活符号，就能彻底净化它！”
可暗能结晶像是听懂了般，突然朝着净化台飞去 —— 它不是想逃跑，而是想污染净化台！小智反应最快，立刻让皮卡丘释放十万伏特，金色电流裹着丰缘信物的土黄能量，精准击中暗能结晶，将它暂时困在电流中。
“快把它放进凹槽！” 莎莉娜大喊，仙子伊布的粉色能量缠住暗能结晶，朝着净化台的凹槽送去；小霞和海汐则让宝石海星与巨钳蟹释放水炮，护住净化台，防止结晶中途逃脱；超梦的红色光带则激活了石柱上的纯净水晶，金色能量顺着石柱流向净化台的符号。
当暗能结晶被放入凹槽的瞬间，净化台的符号突然亮起，金色能量从水晶中涌入，将结晶紧紧包裹 —— 暗能结晶在能量中剧烈挣扎，黑色的暗能量不断溢出，却被符号吸收，转化为纯净能量。
“再加把劲！” 小智也将双手按在净化台上，丰缘信物的土黄能量与符号能量融合，金色光芒瞬间暴涨；守护者们也围了过来，淡金印记的能量顺着地面流入净化台，为净化提供更多力量。
随着一声轻响，暗能结晶的黑色彻底消散，化作一颗纯净的金色晶体，与净化台的符号融为一体 —— 封印室的石柱突然爆发出强光，金色能量顺着通道蔓延，整个遗迹的石壁符号重新焕发生机，之前被暗能量污染的草木、宝可梦，都在这一刻恢复正常。
当最后一丝金色能量消散时，封印室的石门缓缓关闭，净化台的符号上浮现出一行古老的文字，小悠通过艾路雷朵的超能力解读出含义：“暗能已净，守护永续 —— 先民的祝福。”
小智松了口气，瘫坐在净化台边，皮卡丘也跳到他身边，蹭了蹭他的脸颊；小霞走过来，递过一瓶水，笑着说：“这次没冲动受伤，还算不错。” 她伸手帮小智擦去额头上的汗，眼底满是欣慰；莎莉娜也蹲下身，看着净化后的金色晶体，轻声说：“终于彻底解决了，以后不会再有宝可梦被暗能量污染了。”
超梦的红色眼眸中也泛起柔和的光芒：“原始能量核心的污染应该也已恢复，丰缘的沉睡遗迹，终于能重新回归平静。”
小刚从背包里掏出准备好的 “庆功饭团”，分给大家：“大家都辛苦了，吃点东西补充能量，我们该和守护者们一起离开遗迹了。”
当众人走出遗迹时，夕阳正落在丛林上空，金色的余晖洒在守护者们身上 —— 热带龙展开翅膀，带着斗笠菇、甜舞妮等宝可梦朝着丛林深处飞去，它们不时回头，对着小智一行发出温和的鸣叫，像是在告别。
小智握着丰缘信物，信物的土黄光芒与夕阳的金光交织，他看着身边的伙伴们，笑着说：“暗能量的根源解决了，接下来，我们还要去更多地方冒险吗？”
小霞立刻点头：“当然！成都和丰缘的冒险都这么精彩，我还想看看其他地区的宝可梦呢！”
莎莉娜也笑着附和：“嗯，我们一起去更多地方，创造更多回忆。”
超梦、小刚、小悠和海汐也纷纷点头，宝可梦们欢快地飞舞在周围，夕阳的光芒将他们的影子拉得很长。
第 4 卷 “丰缘?根源之契” 的故事，在遗迹的净化与伙伴们的羁绊中落下帷幕 —— 但属于他们的冒险从未结束，新的地区、新的宝可梦、新的羁绊，正等待着他们在远方的地平线，继续书写属于 “小智与伙伴们” 的传奇。