GEhIRN基地在经历了巨大的混乱和破坏后，暂时陷入了一种诡异的沉寂与忙碌并存的状态。
亚当本体被安置在了一个新建立的、配备了最高级别监控和能量抑制装置的特殊隔离区内。
他出乎意料地配合，只是静静地待着，那双红色的眼眸时常望着虚空，不知在思考什么，或是与什么存在进行着沟通。
而关于“亚当”、“莉莉丝”、“李林”、“白之月与黑之月”这些颠覆性的信息，则迅速被列为最高机密。
来自世界各大势力的代表和顶尖科学家，包括德国分部的专家其中就包括了明日香的父亲。
还有人类进化委员会的特派员，纷纷紧急汇聚到GEhIRN，召开了一场决定人类未来走向的最高级别秘密会议。
会议室内，巨大的全息屏幕上显示着亚当的图像、初号机的数据、以及迪迦奥特曼（虽然影像模糊）出现的记录。
“根据‘亚当’提供的信息，以及我们之前对‘死海文书’的破译，基本可以确定……我们人类，并非地球自然进化唯一的‘孩子’。”一位头发花白的老科学家沉痛地说道。
“莉莉丝……黑之月……也就是说，还有另一个‘生命之源’存在于地球某处？”
兰格雷博士皱着眉头，手指敲击着桌面。
“那个光之巨人……他称其为‘迪迦’？他到底是什么立场？是友是敌？他与亚当、莉莉丝又是什么关系？”
委员会的官员提出了最关键的问题。
碇源堂推了推眼镜，镜片反射着冷光。
“目前信息不足，无法判断。但他救下了唯，并且……似乎对亚当采取了非毁灭性的压制手段。这一点，值得注意。”
冬月耕造补充道。
“当务之急，是尽快找到‘莉莉丝’的所在，并弄清楚‘迪迦’的真实身份和目的。同时，我们必须加快EVA系列的计划，无论未来是对话还是对抗，我们都需要足够的力量。”
会议在紧张和不安中持续着，每一个决定都可能关系到整个人类的命运。
而在基地的生活区，为了安抚并保护经历了惊魂一幕的碇唯和她的儿子。
同时也为了便于观察那个可能与“迪迦”有密切关联的孩子，GEhIRN为他们安排了临时的住所。
巧合的是，从德国赶来参加会议的兰格雷博士，也带上了他年仅四岁的女儿——惣流明日香格兰雷。
于是，在工作人员的安排下，两个年仅四岁的小孩被暂时放在了同一个游戏室里。
游戏室布置得很温馨，有积木、图画书和一些简单的玩具。
小小的明日香穿着一身漂亮的红色连衣裙，金色的头发扎成两个小辫子。
碧蓝的大眼睛里充满了这个年龄孩子特有的好奇和……一丝不易察觉的、源于天才的傲气。
她看着被妈妈送进来、显得有些拘谨和沉默的黑发小男孩——碇真嗣。
真嗣此刻正心乱如麻。
母亲的安危暂时无虞，但亚当的话、自身存在的谜团、以及如何返回原世界的焦虑，交织在一起，让他完全没心情应付一个四岁的小女孩。
他默默地走到角落，拿起一本图画书，试图用阅读来掩饰内心的混乱，并思考下一步该怎么办。
明日香歪着头打量了他一会儿，见他一直不说话，只是埋头看书，便迈着小步子走了过去。
站到他面前，用带着奶声奶气的日语说道。
“喂，你。从刚才开始就一句话也不说，像个闷葫芦一样。”
她双手叉着腰，虽然个子矮小，却努力摆出一副“大人”的样子。
“你该不会是个笨蛋吧？”
碇真嗣：“……”
他抬起头，看着眼前这个明日香，心情复杂到了极点。
在主世界，他没少被这个年纪的明日香骂“笨蛋”，没想到在平行世界，以四岁的形态，还是没能逃过这一“劫”。
见真嗣只是看着自己，依旧不说话，明日香似乎觉得被无视了，有些不高兴地鼓起腮帮子。
“哼！果然是个奇怪的笨蛋！本小姐才不要跟笨蛋玩呢！”
说完，她傲娇地一甩金色的小辫子，转身跑去玩那边的积木了，留下真嗣一个人在原地。
尽管对亚当的存在充满疑虑与恐惧，但其所揭示的关乎人类起源的真相，以及可能带来的地外威胁（使徒）。
迫使各方势力不得不暂时搁置争议，寻求合作，EVA计划的优先级被提到了前所未有的高度。
然而，一个巨大的技术瓶颈，驾驶员与EVA的同步率。无论是碇唯与初号机，还是从德国分部选出 惣流·恭子·齐柏林 适配的二号机。
都难以达到稳定操纵庞大人形兵器的要求，强行连接带来的精神负荷和物理反噬是致命的。
被隔离观察的亚当，再次做出了出乎意料的举动。他通过精神感应，主动联系了GEhIRN的高层。
“李林的造物……缺乏‘心’之桥梁。”
他那淡漠的声音在特定人员的脑海中响起。
“吾可……予以引导。”
经过激烈的争论和严格的风险评估，一个大胆的、近乎与虎谋皮的实验方案被提上日程。
在最高级别的防护和监控下，由亚当辅助两位驾驶员，进行与EVA的深度同步连接。
实验当天，气氛凝重到极点。初号机与二号机原型矗立在特制的实验平台上，碇唯和恭子分别进入了插入栓。
隔离区内，亚当平静地站立着，他伸出双手，柔和而庞大的生命能量如同无形的波纹般扩散开来，缓缓笼罩了两台EVA。
插入栓内，碇唯和明日香母亲原本因高负荷而痛苦扭曲的表情逐渐舒缓，数据显示，她们与EVA的神经连接变得异常顺畅稳定。
同步率以前所未有的速度攀升，最终成功稳定在了一个足以进行基础操控的安全阈值之上！
“同步率稳定！生命体征正常！”
“初号机、二号机原型，连接成功！”
指挥室内响起一片压抑的欢呼和难以置信的低语，困扰了GEhIRN数年的最大难题，竟然在“敌人”的帮助下取得了突破。
碇源堂紧握的拳头微微松开，但眼神依旧深邃。冬月耕造长长舒了一口气，却又带着更深的忧虑。
兰格雷博士看着屏幕上成功连接的数据，神情复杂。