经历了生死的蔡邕也如同卢植一般，不想在朝为官，又知道是徐州刘备救了他们一家，当下也是随着锦衣卫一同往徐州去了。
王允宴请群众至深夜，众人散去之后，他独自来到牢中想要处死蔡邕。却听得狱卒禀告：蔡邕下狱之时有一伙蒙面匪徒来劫狱，当时兵力去被抽调去安抚西凉军，只有数人留守，狱卒敌不过匪徒，被劫走蔡邕，牢头和副牢头身死（为避免王允找领头之人麻烦，二人假装身死，找了两个西凉兵尸体顶替）其余众兄弟都有不同严重的伤势。
王允又命人去抄蔡邕的家，军士到时，已人去楼空，蔡邕全家不知何时，已悄悄离开，碰了一鼻子灰的王允只能悻悻离去，除去董贼的喜悦都被冲淡了不少。
除去董卓后，王允录尚书事，一时间权倾朝野，风头无两。
李傕、郭汜、张济、樊稠逃居陕西牛辅处，派人到长安上表，表上说明并州军部已获赦免，西凉部众愿放下武器投降，只求活命。王允大怒：“并州军原是丁原所部，退入长安后一直兢兢业业拱卫京师，西凉军在董贼纵容之下劫掠长安周边各地，天怒人怨，人人都可饶恕，唯独西凉军不行”
消息传回陕西，西凉军众人瑟瑟发抖，退有长安并州军，进有武关朱儁，李傕等人心底恐惧，欲解散西凉军各自逃命。只见牛辅帐下讨虏校尉出列道：“听闻长安城中正在商议着如何把凉州人斩尽杀绝，而诸位抛弃属众独行，一个亭长就能把你们抓住。不如带领部队向西，沿途收敛士兵，在进攻长安，为董公报仇，如果能够侥幸成功，尊奉天子号令天下。如果失败，再逃走也不迟。”牛辅拍手称赞，又安排众人各自联系董卓旧部，为总攻长安做好准备。
等到西凉众军于长安城下集合，已有十数万之众。并州军并非董卓心腹，早被打散重组到各军麾下，吕布收拢董卓余部并州军，只有万人。其中又混杂着一些西凉兵，这些西凉兵本就心惊胆颤怕王允扫灭他们，听闻牛辅率董卓旧部反攻长安，立刻反水，打开长安大门，迎牛辅军。
牛辅指挥李傕、郭汜、樊稠、张济、李蒙、王方众将率军杀入长安城，与吕布展开巷战。吕布勇武，李蒙、王方不敌，被斩于马下。然而西凉军人多势众，在张辽的劝说下，吕布只能率军东逃，欲投袁绍麾下。
西凉军大败吕布，将并州军残部杀了个片甲不留，牛辅又纵容手下士兵劫掠百姓，奸淫妇女，一时间长安城内如人间炼狱，到处都是兵士尸体，空气中弥漫着刺鼻的血腥味又夹杂着痛苦的哀嚎。长安城内人人自危。
李傕、郭汜找到乔装打扮正要混在人群中出城的王允，牛辅痛恨王允，亲自操刀，施以凌迟之刑。又派人屠戮朝中大臣，太常种拂、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等全家被灭，司隶校尉黄琬、左冯翊宋翼、右扶风王宏于混战中被杀。牛辅又控制献帝，自封大将军，封李傕为扬武将军、郭汜为扬烈将军、樊稠为中郎将，牛辅有感于贾诩之计谋，拜其为执金吾和尚书仆射。长安稳定之后，牛辅命李傕等人带西凉兵在长安城内大肆搜捕，铲除异己，一时间，京城腥风血雨，朝野大乱。
王允有一门生唤做赵戬，赵戬有感恩王允之恩，又痛恨牛辅之残忍，便效仿曹操刺董，牛辅此人志大才疏，又无李儒、吕布等心腹之人。一日，赵戬等到机会，一刀刺死牛辅，又将牛辅伪装成休息模样，自己偷其令牌，出长安逃向荆州。
等牛辅家人发现，为时已晚。李傕郭汜等人听后大喜，他们本就不愿听牛辅号令，如今牛辅一死，西凉众军只能跟随他们。二人亲如兄弟，与樊稠关系疏远，张济又被牛辅派去镇压韩遂，韩遂和樊稠同乡，一向交好。李傕郭汜二人假传圣旨，以樊稠通敌为由，先是除了兵权下狱，又在餐食中下毒，害死樊稠。从此西凉军与长安尽归李傕郭汜二人之手。
李傕控制朝廷，自升任车骑将军、开府，领司隶校尉、假节，封池阳侯；郭汜为后将军，封美阳侯；又怕张济作乱，封张济为镇东将军，让其外出屯驻弘农。
长安沦陷的消息随着吕布东去而传遍天下，远在徐州的刘备由于锦衣卫的情报，也是第一时间得知。刘备召集文武道：“长安沦陷，汉室将倾，我欲再度联合诸侯起兵讨伐，不知诸位可有教我。”
鲁肃是战略家，目光长远，又忠心，立刻出声道：“主公不可，西凉军人多善战，长安是天下坚城，又有潼关这等天险雄关，徐州距长安太远，后勤补给难以及时，欲讨西凉贼军，非数十万大军不可，且不说联军能否集结兵马，就是这粮草供给，也是大难题，当徐徐图之。”
众人早已看穿天下大势，汉已失其鹿，天下诸侯共逐之，没人愿意为了一个虚无缥缈的名声再像讨董时再来一次讨李讨郭，难以成功不说，最后再被盟友背刺，损兵折将事小，像桥瑁等人丢了性命事大。因此纷纷劝谏。
刘备也明白这个道理，只是见皇帝被欺，心中难受，只能叹息一声：“既然如此，便再励精图治，蓄势待发。”
“主公英明，锦衣卫传来情报，董卓军中有一善谋之人唤作贾诩，此次牛辅率众反攻长安皆是此人之谋，听闻此人曾劝诫李傕等人善待陛下，可见其心向汉室，可以拉拢一二。如今李傕郭汜密谋杀掉樊稠，属下推断，这二人不久之后必自相残杀，贾诩此人尤善明哲保身，主公可去信一封，此人必率部来投。”
糜竺在锦衣卫铺设青徐扬三州之后，自觉事关重大，非自己力所能及，便向刘备提议，将锦衣卫交由臧霸之手，臧霸接任锦衣卫，情报、参谋、军事一把抓，权力之大，甚至推翻刘备都只是一句话的事，只不过臧霸忠于刘备，不会这么做。
刚才的一番话正是出自臧霸之口，他对贾诩此人有些了解，后世多称贾诩为毒士，臧霸却发现贾诩只出了一个反攻长安的计谋，后期长安大乱，人人易子而食是因为李傕郭汜内战，纵容部下劫掠三辅地区所致。贾诩当时出计只是为了自保，究其原因还是李傕等人纵容不下，即使不反攻长安，乱的也是其他地方。而且贾诩此人多次劝谏李傕善待献帝，认为汉室仍为天下之主。