纲手离去的尘埃尚未完全落定，木叶村又迎来了另一位三忍的告别。
自来也的离去，不似纲手那般带着浓得化不开的悲怆与决绝，反而透着一股他特有的、看似随性却又隐含宿命感的色彩。
他在火影岩上，与猿飞日斩进行了一场师徒间的谈话。没有激烈的争执，也没有沉重的托付，自来也依旧是那副大大咧咧的模样，挠着他那头狂放的白发。
“老头子，村子现在也安稳下来了，有你在，还有大蛇丸那家伙在，暂时也用不上我这么个闲人。”他嘿嘿笑着，“我啊，还是更适合在外面走走，为我的‘伟大’创作搜集素材！顺便……也看看这个刚刚结束战争的世界，到底变成了什么样子。”
猿飞日斩看着自己这个看似玩世不恭，实则内心通透的弟子，心中了然。他知道，自来也的离去，一方面是因为他天性不喜束缚，另一方面，或许也是对村子现状的一种无声的疏离。他叹了口气，没有强留，只是叮嘱道：“在外面……一切小心。别忘了，木叶始终是你的家。”
“知道啦知道啦！”自来也摆摆手，扛起他简单的行囊，转身潇洒地挥了挥手，“等我写出了震惊忍界的杰作，一定会回来请你们喝酒的！”
他的离去，没有惊动太多人，如同他往常外出取材一般自然。
然而，命运的丝线，却在他踏出木叶的那一刻，悄然牵引。
或许是天意使然，或许是某种冥冥中的剧情惯性，自来也在游历至饱受战争摧残的雨之国时，再一次——或者说，是“第一次”在源所知晓的命运轨迹中——遇到了那三个拥有着迥异瞳术的孩子：漩涡长门（轮回眼）、弥彦、小南。
彼时的他们，尚且年幼，在战争的废墟中挣扎求存，如同风雨中飘摇的幼苗。长门那双被视为“预言之子”象征的轮回眼中，还充满了迷茫与痛苦；弥彦怀抱着建立和平组织的天真而伟大的梦想；小南则用她纸遁的微薄力量，努力守护着这份脆弱的情谊。
自来也目睹了他们的处境，那颗看似粗犷不羁的心，被深深触动了。他想起了大蛤蟆仙人的预言，想起了这个满目疮痍的世界对和平的渴望。一种强烈的、近乎使命感的冲动，促使他做出了决定。
他留了下来。
以一名流浪忍者的身份，他开始教导这三个孩子忍术，教导他们生存的技能，更教导他们关于和平、关于信任、关于守护的道理。他希望能引导他们走向一条光明的道路，希望这双轮回眼，真的能如预言般，为忍界带来变革与和平。
他不知道的是，他此刻的教导，如同在命运的河流中投下了一颗石子，其泛起的涟漪，将在未来掀起何等滔天巨浪。
……
而在木叶村内，昔日的“三忍”，如今只剩下大蛇丸一人。
他并未像纲手和自来也那样选择离开。相反，他似乎更加深入地融入了村子的阴影之中。他依旧担任着上忍的职务，偶尔执行一些高难度的任务，但更多的精力，则投入到了他那永无止境的禁术研究之中。
他与志村团藏的联系，变得愈发紧密和隐秘。
根部的基地，成为了他们最好的掩护。在团藏的支持和默许下，大蛇丸获得了大量“实验材料”——其中不乏那些在战争中“失踪”的敌方忍者，乃至……一些身份敏感的木叶忍者。他们对初代火影千手柱间的细胞、对宇智波一族的写轮眼、对各种各样的血继限界和禁术，展开了疯狂而泯灭人性的研究。
实验室中，冰冷的器械闪烁着寒光，浸泡在营养液中的组织样本令人毛骨悚然，失败的实验体化作一滩滩脓血或扭曲的肉块……大蛇丸沉浸其中，金色的蛇瞳中闪烁着对“世间真理”的狂热与对生命的极致漠视。他追求的是永生，是掌握世间所有的术，为此，他可以付出任何代价，也可以践踏一切伦理。
团藏则乐见其成。大蛇丸的研究成果，尤其是关于写轮眼和木遁细胞的研究，极大地增强了他和他麾下“根”的力量。他需要大蛇丸的智慧和技术，来达成他掌控木叶、乃至称霸忍界的野心。
两人各取所需，在木叶的光明之下，编织着一张更加黑暗与危险的网。
至此，名震忍界的“三忍”彻底分流。
纲手带着伤痛与迷茫远走他乡，试图在流浪中遗忘或寻找；自来也背负着模糊的预言与教导“预言之子”的责任，留在了雨之国的废墟；而大蛇丸，则彻底投身于黑暗，与团藏一同，在木叶的根基处，埋下了足以颠覆一切的隐患。
时代的浪潮，推着每一个人，走向了各自未知却又仿佛注定的方向。而超然于这一切之上的源，则如同一个冷静的棋手，默默地注视着棋盘上棋子的移动，等待着属于他落子的时机，或者……随时准备着，掀翻这整张棋盘。