“三物溯源法”揪出黑暗文明的蛛丝马迹后，联盟的危机并未平息。激进势力依旧在星际网络散布谣言，声称“芯片是联盟自导自演的骗局”，甚至伪造出“莉娅与黑暗文明勾结”的假证据；同心星的核心能源炉污染持续加重，金色屏障出现大面积暗斑，部分星球已完全失去能源供应，陷入一片黑暗；更致命的是，星际和平卫队的一名副队长被策反，带着三支精锐小队叛逃，抢走了联盟最新研发的“反噬灵武器”图纸。
莉娅深知，不找出潜伏在联盟内部的黑暗残余首领，危机便永无宁日。她与陈宇、埃兰商议后，制定了“引蛇出洞”计划：对外宣称“同心苗”已彻底枯萎，联盟失去了溯源能力，且星核能源污染已无法逆转，准备启动“星际迁徙预案”，放弃部分边缘星球；对内则秘密组建“溯源突击队”，由陈宇带队，利用芯片残留的能量信号，追踪黑暗残余的藏身之处。
计划一出，果然奏效。星际网络上的谣言突然转向，激进势力开始号召“抢占核心星球资源”，甚至公布了所谓的“联盟迁徙路线图”；更重要的是，陈宇的追踪设备捕捉到，芯片的能量信号与星际薪火学院的一处秘密实验室高度吻合。“是副院长凯里！”陈宇调出实验室的权限记录，瞳孔骤缩，“他是当年黑暗舰队覆灭后，联盟收留的‘无主文明难民’，没想到竟一直潜伏在我们身边！”
凯里的身份曝光，让所有人震惊。他在星际薪火学院任职二十年，桃李满天下，不少跨文明青年领袖都是他的学生；他曾主导过多项星际实业技术研发，深受各星球民众爱戴，谁也没想到，这位“和平使者”竟是黑暗文明安插在联盟的最高卧底。
莉娅立刻下令封锁星际薪火学院，但凯里早已不见踪影。实验室的电脑里，留下了一份未删除的黑暗文明计划书：他们计划先污染“寰宇同心之力”，瓦解联盟的信念与防御；再利用策反的卫队小队，袭击各星球的能源枢纽；最后启用隐藏在星轨通道深处的“黑暗母巢”，释放大量噬灵因子，将所有同源文明转化为黑暗傀儡。
“黑暗母巢的位置，就在苍梧星的地下！”埃兰看着计划书上的坐标，脸色凝重，“当年我们重建苍梧星时，凯里主动请缨负责能源枢纽工程，没想到竟趁机修建了黑暗母巢！”
此时，苍梧星传来紧急通报：叛逃的卫队小队已抵达苍梧星，正协助凯里启动黑暗母巢。星球表面的木棉林瞬间被黑色藤蔓覆盖，能源枢纽的烟囱喷出滚滚黑雾，黑雾所到之处，民众纷纷陷入昏迷，原本重建的城市再次沦为人间炼狱。
莉娅亲自率领星际和平卫队主力，乘坐“和平号”旗舰驰援苍梧星。陈宇则带着技术团队，乘坐隐形战机潜入黑暗母巢，试图摧毁启动装置；埃兰则带领启明星的舰队，守住苍梧星的轨道，阻止黑暗势力向其他星球扩散。
当“和平号”抵达苍梧星轨道，眼前的景象令人心惊：黑色藤蔓已覆盖大半个星球，黑暗母巢的顶端射出一道巨型黑雾柱，直冲向同心星的核心能源炉，金色屏障的暗斑正以肉眼可见的速度扩大。凯里站在母巢顶端的平台上，通过全息投影向全联盟喊话：“同源文明不过是宇宙的笑柄，弱肉强食才是永恒法则！今日，便是你们的覆灭之日！”
战斗一触即发。莉娅下令舰队发起攻击，激光炮火与黑雾碰撞，爆发出刺眼的光芒。但黑雾具有极强的腐蚀性，联盟战舰的装甲很快被侵蚀，不少战舰失去动力，坠入星球表面。“必须先摧毁黑雾柱的能量来源！”莉娅驾驶着座机，冲破黑雾屏障，直逼黑暗母巢。
与此同时，陈宇的技术团队成功潜入母巢内部。这里布满了黑暗文明的技术装置，噬灵因子弥漫在空气中，稍有不慎便会被感染。陈宇带领队员，利用木棉纤维制成的防护衣抵御噬灵因子，一路突破重重防线，终于抵达启动装置所在的核心控制室。
但控制室里，等待他们的不仅是守卫，还有被策反的卫队副队长。“你们以为能阻止大人的计划？”副队长冷笑道，“黑暗之力早已渗透联盟，你们的失败是注定的！”双方展开激烈厮杀，陈宇凭借对星际环境的熟悉，与队员们默契配合，最终击毙副队长，控制了控制室。
然而，启动装置已进入倒计时，且被设置了多重加密锁，无法强行关闭。陈宇看着屏幕上不断跳动的数字，突然想起了溥仪的“三物同源”理念。他立刻取出随身携带的古木棉嫩芽、花生原种、可可新叶，将三者的汁液混合后，滴入装置的能源接口。奇迹发生了，混合汁液与装置内的黑暗能量发生反应，产生了强烈的共振，加密锁瞬间被破解，倒计时停止了。
黑雾柱的能量来源被切断，同心星的金色屏障停止了恶化。莉娅抓住机会，下令舰队发起总攻，激光炮火集中轰击黑暗母巢的核心部位。凯里见大势已去，驾驶着一架小型战机，试图冲破包围圈逃离苍梧星。莉娅早已预判到他的动向，驾驶座机追了上去。
两架战机在苍梧星的大气层中展开殊死搏斗。凯里的战机搭载了黑暗文明的武器，火力凶猛，但莉娅凭借着对“寰宇同心之力”的感悟，操控座机灵活闪避，不断发起反击。“你以为你赢了？”凯里通过通讯频道嘶吼，“黑暗文明遍布宇宙，就算我死了，还会有更多人来摧毁你们！”
“你错了，”莉娅的声音坚定，“我们的力量，从来不是源于武器或能源，而是源于‘万邦同心’的信念。这种信念，是黑暗永远无法摧毁的！”话音刚落，莉娅找准时机，发射了一枚“可可凝香干扰弹”，击中了凯里战机的能源核心。战机失控爆炸，凯里葬身火海。
黑暗母巢被摧毁，苍梧星的黑雾逐渐消散。陈宇带领技术团队，利用“三物同源”的原理，研发出净化噬灵因子的药剂，救治了被感染的民众；埃兰组织各文明的人力物力，帮助苍梧星重建家园；莉娅则在全联盟同步直播中，公布了黑暗残余的阴谋与联盟的反击过程，那些被谣言蒙蔽的民众，终于看清了真相。
激进势力失去了靠山，很快被联盟平定；叛逃的卫队小队，在走投无路之下选择投降，联盟念其曾为和平立下战功，从轻发落，将他们派往星际边境驻守；同心星的核心能源炉，在“三物同源”的净化下，逐渐恢复稳定，金色屏障重新绽放出耀眼的光芒。
数月后，苍梧星举行了盛大的重建庆典。曾经枯萎的木棉林抽出新枝，金色花生田重新焕发生机，可可园里结出了饱满的果实。莉娅、陈宇、埃兰站在庆典的主席台上，看着台下不同文明的民众载歌载舞，心中满是欣慰。
“溥仪陛下当年说，‘同心’是文明火种与初心之同心。”莉娅举起手中的“万邦同心”徽章，对着漫天星辰说道，“这场危机让我们明白，无论宇宙多么广阔，无论黑暗多么强大，只要我们坚守初心、彼此信任，就没有跨不过的难关，没有破不了的迷局。”
风掠过苍梧星的木棉园，带着熟悉的清润、醇香与芬芳，与各星球的微风交织在一起。星际网络上，“万邦同心”的话题再次刷屏，不同文明的民众纷纷分享着彼此的坚守与感动。
星汉依旧辽阔，危机或许还会再次降临，但星际和平联盟的初心从未改变。莉娅知道，只要“木棉承露、花生衔光、可可凝香”的信念代代相传，“万邦同心”的光芒就会永远照亮寰宇，指引着同源文明在宇宙中，继续书写和平与繁荣的永恒传奇。