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这时赵秉钧道：“抚台大人，军官们联名上书一事怎么处理？”
袁世凯的脸色一沉，道：“孙仲奎、万坤等人明天立刻执行枪决，首级号令三日，以儆效尤，凡在上书中属名人员，所有军职全部免除，立刻全部抓捕收监，听候发落。|再有给他们求情的人，全部同罪。”
赵秉钧听了，顿时精神大振，道：“卑职尊令。”
袁世凯又道：“芝泉。”
段祺瑞起身应忙道：“在。”
袁世凯道：“你马上招集你部的军队，一面严守刑场，一面留心各部队的动态，凡有轻举妄动者, 一率抓捕，凡有敢于反抗者，可以当场格杀。”
段祺瑞的精神一振，赶忙应声道：“是。
”
袁世凯默许孙仲奎、万坤领军私下里加入地主联盟的军队，一方面是试探一下海外华人的决心，看看他们是否真敢冒着和清廷彻底撕破脸的危险动手，结局当然是令袁世凯十分沮丧的，海外华人出手既大胆又巧妙，不仅连夺了三个县城，居然还想一招桃代李僵之计，给朝廷还留下了颜面，不致于彻底闹翻。但也表示海外华人对山东志在必得的决心。虽然海外华人找李鸿章出面来压制袁世凯，但那只是希望通过不对抗的手段迫使袁世凯屈服，而并不是怕和袁世凯开战，袁世凯并不怀疑，如果李鸿章起不了作用，海外华人一定会毫不犹豫的发动夺取山东的战争。
而在另一方面，袁世凯还有一个想法，就是借这个机会打压一下北洋新军中的山东势力。现在山东人已经在北洋新军内部形成了一股不容小视的势力，尽管基本都是中下层军官，但现在也都想更进一步，爬上北洋新军的高层。这一次数十名军官联名上书袁世凯，要求赫免孙仲奎、万坤等人，这不仅仅是为了尽同乡之谊，也是向北洋新军的老旧势力发出的挑战。如果袁世凯屈从于这些山东籍军官的压力，赦免了孙仲奎、万坤等人，那么他们下一步肯定就是在北洋新军中谋求更高的职位。
袁世凯对这一点看得十分清楚，知道这种风气是绝对不能助长的，必须要坚决的打压，否则北洋新军就会失控，如果说是以前，袁世凯或许还要顾忌一下山东士绅的感受，因为北洋新军的山东籍中下级军官，基本都是来自士绅家庭，而袁世凯又打算是把山东当自己的后院来经营，自然也不能把山东士绅得罪得太狠了，因此在处理山东籍中下级军官时，也会有所顾忌。但现在袁世凯己经决定放弃山东，自然也就不会再在乎山东士绅的感受，而且正好可以借这个机会，狠狠的打击北洋新军里的山东势力，将一部份人清除出北洋新军去，确保袁世凯对北洋新军的绝对统治。
于是袁世凯也就不客气了，一方面仍然对孙仲奎、万坤等人依然处以极刑，另一方面对联名对给孙仲奎、万坤等人求情的中下级军官进行严厉的打击，同时也防止有人借机发动兵变。段祺瑞部统领的军队都是袁世凯在小站练兵时的军队，不仅训练时间长，战斗力强，而且忠诚可靠，因此由他负责警戒，袁世凯也能够完全放心。
就在当天晚上，赵秉钧分派人手，将联名上书求情的中下级军官全部抓捕收监，而段祺瑞也率领本部军队，控制军营要地，而就在第二天，袁世凯通告全军，述明孙仲奎、万坤等人违抗的军纪，当众执行枪决，参与联名上书求请41名中下级军官，全部抓捕入监，等候处理，同时告戒全军，凡事再有敢违抗军纪的人，全部都将严惩不待。
这一下北洋新军全军震动，由其是山东籍的士兵、军官，感受到了强大的冲击，不过由于参与联名上书求请41名中下级军官全部被抓，而且段祺瑞又派兵守住军营的各处要地，因此虽然其余的山东籍中下级军官心里不忿，但也无法有任何做为。
随后袁世凯又分别向青岛和上海发电，向穿越者是表示歉意，而向李鸿章则是为自己开脱解释，并请李鸿章帮自己周旋。
而就在三天以后，袁世凯又一次下令通告全军，参与联名上书求请41名中下级军官，
只留用4人，并且都处以降职，而除名37人，其中的23人被判以3-5年时间的监禁。这一来整个济南府都是一阵哗然，因为判以监禁的这23人全部都是来自山东地区的大豪族，大士绅之家，也就是说这一下子袁世凯把山东的主要士绅都给得罪了。
山东的士绅们自然都不甘心，于是联名向袁世凯提出抗议，要求袁世凯立刻放人，并且恢复他们的军职。但袁世凯却表现得十分强硬，坚决不让步。
这一下自然是进一步的激怒了山东的士绅们，如果是在平时，自然是派人进京去告袁世凯的御状，毕竟山东离北京很近，不少士绅都和北京的权贵有密切的来往，不过这时朝廷远在西安，暂时无处申诉，于是山东的士绅们联合起来拒绝向北洋新军提供额外的支援，甚致是拒绝交纳税赋，另外又有一批山东籍中下级军官从北洋新军中申请辞去军职。因为现在北洋新军的军饷有一大半是靠山东的士绅们提供的钱财来S持，这也是袁世凯吸纳了大量士绅子弟进入北洋新军的主要原因。现在袁世凯即然将这么多的山东子弟从北洋新军中除名，那么山东的士绅们也就没有理由继续支助北洋新军。
而按照山东的士绅们的估计，一但失去了山东士绅们的财力支援，北洋新军只能支撑3-6个月的时间，到时候看袁世凯什么办。虽然袁世凯可以用强硬手段，强行向山东的士绅们征收费用，但尽管现在清廷还没有恢复正常，但毕竟战事己经结束，而朝廷和海外华人也正在协商，因此朝廷返回京城，重新安定下来也是指日可待的。介时山东的士绅们肯定会发动北京的关系，告袁世凯的御状。其实现在就有士绅叫嚷，要到西安去状告袁世凯。
袁世凯对山东士绅们的举行、心态自然是十分清楚，他当然没有派人向山东的士绅们强行征收费用，而对辞职的山东籍中下级军官也都一率放行。其实袁世凯相当注重北洋新军的财务情况，现在积累下来的财物至少可以维持半年以上，如果再加上袁世凯的家产，则可以维持9个月左右，因此在短时间内，北洋新军不会出现财务紧，而且袁世凯也自信，在这9个月的时间里，自己还可以弄到一些钱来，这样保证目前北洋新军运营1年左右的时间是没有问题的。
而山东籍中下级军官从北洋新军中辞职，反到正好合了袁世凯的意，因为还不用自己动手，就可以清除北洋新军内的山东势力，虽然在短时间龋失去大批中下层军官，确实会给北洋新军造成一定的影响，但也为底层的士兵提供了大量的晋升机会。另外袁世凯可是还有其他的手段来对付山东的士绅们。
大约过去了十余天以后，袁世凯又收到了李鸿章的电报，原来是李鸿章请袁世凯到上海和自己汇合，然后一起去青岛和海外华人会谈，一方面是进一步化解袁世凯与海外华人之间的矛盾，另一方面也是和海外华人进一步协商清廷回京的各行事宜，其中也包括山东地区行政大权的交接问题。
袁世凯等的就是这个机会，于是立刻命人故意将这个消息泄露出来。这一次山东的士绅们顿时就慌了神，本来在济南早就有传言，说朝廷打算将山东划给海外华人的封地，还有说让海外华人在山东建藩，只是这些流言都]有根据，有些的内容更是荒诞不经，因此山东的士绅们到是相信的不多。
但这一次就不同了，因为消息是从电报局泄露出来，真实性大大提高，而从热萆峡矗袁世凯要随李鸿章一起去青岛，和海外华人协商山东地区行政大权的交接事宜，这可是有鼻子有眼的事，看来是假不了的。而海外华人可不是袁世凯可比，他们在胶州湾一带地区大搞土地改革，没收地主土地的事情，山东的士绅们可都是知道，这可是触犯了士绅们的根本利益，相比之下，袁世凯这点事情根本算不得什么？
而要阻止海外华人，还只能靠这位山东巡抚，于是山东的士绅们只能又来垦求袁世凯，希望能够拒绝让海外华人管理山东。但袁世凯这时却摆起谱来，对山东的士绅们拒而不见，还宣称自己正在准备去青岛的行程，没空理这些山东的士绅们，反正自己也不准备在山东呆下去了。
这一下子山东的士绅们可就都慌了手脚，同时也后悔不迭，不该为子弟们的事情得罪袁世凯，现在袁世凯可以甩手不管山东，但山东的士绅们可是跑不了的。于是山东的士绅们联合拼奏了大约15万两白银，以酬军为名，送给袁世凯，并且再次求见袁世凯。
袁世凯的心里暗爽不己，这帮乡巴佬，还想和自己斗，也不看看你们都是什么人，这不就服服帖帖的送钱上门来了吗？于是袁世凯这才接见山东的士绅们，对士绅们提出的要求，袁世凯也不置可否，只说自己会向李中堂转达，并且尽力周旋。而山东的士绅们则承诺继续为北洋新军提供钱粮支援。