阿古柏的次子率领残军两万人投降，虽然他们是侵略者，但屠杀汉人之事多是当地人所做之事，而且在新疆的汉人总共不超过千人，其中大部分是商队。此时阿古柏还未统一新疆，手段未演变到后世那样的残酷，所以不再帝国军队的必杀名单上，陈得才等人接受了他们的投降，不过这些人的劳役时间将是二十年。
陈得才等人缴获了大量的物资，军火直接略过，要知道革命军起家就是密涅步枪，这些滑膛枪根本有用处，只有拆卸下来的枪管还能回收，火炮也是封存等待熔炼，粮食缴获了很多，足以支撑两个军作战一个月，最让陈得才等人高兴的是战马，阿古柏来自中亚的阿拉伯国家，他的军队中有上万匹优秀的阿拉伯战马，这可是世界头等名马，可惜在战场上死伤过半，但仍有四千匹，还有六千匹伊犁马，这些马也非常不错。
阿古柏主力军团被消灭的消息很快传开，防守托克逊的阿古柏长子伯克胡里率领余部直接逃走，他们一直逃到喀什噶尔。
陈得才、黄文金二部一路西进，喀喇沙尔、库车、拜城、阿克苏、乌什，最后进攻喀什噶尔。伯克胡里进行了微弱抵抗后见两军差距太大，最后弃城逃到俄境。
另一路，陈玉成率领十万大军也是一路破竹，他们从红柳沟进入南疆，一路向西扫荡，控制南疆的热西丁军只有五万军队，三千条滑膛枪，哪里会是陈玉成大军的对手，最终在和阗举族投降，南路大军以伤亡不到百人的代价拿下南疆，其过程让陈玉成都不可思议。
六月二十日，两路大军在伊犁会师。
伊犁，是新疆通往中亚的通道，战略位置极为重要，清朝在这里设立了伊犁将军，建造了惠远城，并陆续在其周围建造了惠宁、广仁、宁远、瞻德等九城，大名鼎鼎的林则徐就曾主政这里，
惠远城内，负责新疆事物的克鲁泡特金少将正在官府内焦急万分，因为他的军团已经被彻底围住了，桌面上还有一封用汉字写的最后通牒，要他们傍晚之前交出所占领的城池，然后放下武器滚回俄国。
克鲁泡特金抓着头，没想到刚刚成立的东方帝国的军队来的这么快，数量还如此之多，令他连求援的机会都没有。伊犁的俄军只有五千人，他可是知道眼前的军队连英法二国都曾击败过，面对眼前的二十万大军，他连开战的勇气都没有。自己也想撤回国内，但通牒上要求他们放下武器，也就意味的让他们投降，这就让他非常难办了。
“将军，离最后通牒的时间还有一个小时，您考虑清楚了吗？”一个俄国的军官说道。
克鲁泡特金捂着头，内心纠结无比，战，他们毫无疑问会被击败，他今年还不到四十岁，家里还有娇妻和孩子，哪有没有赴死的勇气。接受条件，就意味着投降，虽然理由充分，但回去之后必会被同僚耻笑，甚至会丢官。
“哎！卡洛夫斯基，传令下去，放下武器，我们接受条件！”克鲁泡特金终于下了这个艰难的决定。
周围军官松了一口气，他们虽然是军人，但这片土地不属于俄国，没有必要战死在这里。
下午五点，驻守伊犁的俄军放下武器，从各城走了出来，他们有的羞愤、有的沮丧、有的庆幸，在军官的带领下向北撤离。
“一群怂货，白长了那副人高马大的身躯！”黄文金呸了一口，有些失望的说道。
“黄老虎，他们只有五千，咱们却有二十万，除非他们的指挥官是个傻子，才会做出这种鸡蛋碰石头这种事！”赖汉光笑道。
陈得才在一旁不满道：“我说司令，这些家伙占了咱们的地方，为什么要放他们离开？”
陈玉成看着正在离开的俄军轻叹道：“这是皇上出于整个战略的考虑，咱们现在还没有做好与俄国人开战的准备，等帝国完全统一，那时候就是与俄国开战之时！”
陈玉成说的没错，中华帝国刚刚成立，而且还未完全统一，百姓也未从战乱内恢复过来，与俄国开战，将是一场国与国的大决战，必须准备充足才行。
陈玉成占领新疆后开始按照刘峰的部署组建政府，他召集各族首领颁布了帝国对新疆的政策。各族在帝国的领导下实行自治，但各族必须解除武装，否则一律当成叛军处理。新疆各族已经见识到帝国军队的实力，即使他们联合在一起也无法抗衡，而且其政策比清朝优厚多了，各族宣布接受帝国的统治，至此，新疆重归华夏版图。
紧接着，陈玉成宣布刘峰的任命书，由陈得才任新疆代省长，率领第十军驻扎伊犁，同时发动汉民进入新疆屯垦，确保汉族能在新疆扎根。之后，陈玉成率领大军折返甘肃。
青海，杜文秀一路猛进，已经打到了西宁城，彻底消灭了回族马家军，并开始扫荡整个青海。
六月二十日，西南军区一支600人的骑兵营正在追击一支青马残军，他们追的很急，不知道已经深入西藏地界。
“营长，我们的马匹已经受不了，还是休息一下吧！”一个战士喘着粗气说道。
这支骑兵营的营长名叫韩海城，也是红着脸呼呼喘气，说实话，他也非常难受。
“好吧，所有下马休息！”
这里是青藏高原，海拔高，虽然西南军区大部分人来自云贵高原，但还是对这里的气候非常不适应，有许多战士出现了高原反应和水土不服。
战士们下马休息，一些战士拿出水和饼干开始补充体力。
就在这时，远处传来一阵马蹄声，众士兵立刻警惕起来。
“所有人戒备！”
战士们赶紧放下手中的食物，抄起步枪，打开保险，目光紧紧盯着前方。
不多时，远处出现一大队骑兵，足有三千人之多，他们缓缓停在了千米远的地方，从这些人的马匹和服饰来看，正是藏族骑兵。
“营长，是藏族人！”
韩海成警惕着看着眼前的藏族骑兵，对身边的一个连长说道：“派一个会说藏语的人前去沟通，说我们不是与他们为敌的，只是来追击叛军！”
一个士兵骑马走上前去，藏族里也走出两个骑士，双方开始交谈。没过多久，那名战士返回。
“报告营长，他们说这里是藏族人的领地，要求我们马上离开！”