赵煦改元后，朝廷盛传将让章惇出任宰相。翰林学士范祖禹力言章惇不可用，赵煦没有正面回复，范祖禹知道难以扭转，请求到地方任职，以龙图阁学士知陕州。
四月十八日，赵煦下诏，以资政殿学士章惇为尚书左仆射兼门下侍郎，正式拜相，此后章惇连续六年担任独相，大宋可谓进入章惇时代。
章惇从贬地风光回京任职宰相，路经越州（浙江绍兴），越州通判陈瓘随当地官员迎接章惇，章惇早闻陈瓘名声，十分器重，单独邀他上船，向他征询施政方略。
陈瓘反问章惇：“天子以章公为宰相，敢问相公最先从哪着手？”
章惇道：“司马光奸邪，应该辨明法治，没有比这更急切的了。”
陈瓘却摇头道：“相公错了，如果真这样做，有失天下人的仰望之情。”
章惇大怒，厉声道：“司马光不继承先帝法度，擅自大改特改先帝传统，如此耽误国事，不算奸邪又是什么呢？”
陈瓘毫无惧色，以理力争道：“不了解别人的心迹，就怀疑人家的行为，是不可取的；没有罪证指责他人奸邪，盲目改动政策，这才是最大的误国。当今之急是消除朋党，公平持正，才可以救弊治国。”
陈瓘见章惇沉默不语，又接着道：“譬如乘舟，偏重一边可以行驶吗？船上物品全部放置在左，则侧向左边；全部放置在右，则向右倾覆，两者都是不可取的。熙宁新法未必全部正确，元佑政策未必全部错误！”陈瓘的认识很符合辩证唯物主义，他可能是最早提出“左倾”“右倾”之人吧？
章惇虽然十分气愤，但也不得不佩服陈瓘的胆识和学识。同时，章惇实际对陈瓘的劝说也听进心里去了，后来章惇主政恢复新法，也适当吸收了元佑时期的正确做法。
范纯仁见赵煦执意拜章惇为宰相，自忖难和章惇并立，坚决请求到地方去，第二次担任宰相不到一年的范纯仁贬知颍昌府。
赵煦起用章惇同时，任命蔡京为户部尚书，林希为中书舍人，黄履为御史中丞，至此，新党主要成员基本进入了权力中枢，当务之急就是恢复新法了。
四月下旬，章惇提请恢复免役法，他先让相关部门分析免役法和差役法的优缺点，结果有部门讨论了几天也没有结果。蔡京对章惇道：“采取熙宁原有的新法实行就可以了，何必进行讨论！”
章惇深以为然，月底便恢复了免役法。闰四月初，在各路恢复“提举常平官”，以陆师闵等担任。提举常平官是神宗时，为推行新法，在各路新设的官员，职掌各路役钱、青苗钱、义仓、赈济、水利、茶盐等事。“提举常平官”的恢复，意味着新法的全面恢复已经启动。
八月，恢复免行钱，前面说过，宋代除向工商行户收取商税外，官府需要的物料人工，都向各行摊派，各行户苦不堪言。新法改为用钱折算，称为“免行钱”，所以“行”读音为“hang”，意思是行业。
公元1097年十一月，恢复市易法。
公元1099年八月，章惇等将所有应该恢复的新法重新整理，命名为《新修敕令式》，章惇在赵煦面前宣读了一遍，赵煦听到恢复的新法内容，有些是神宗朝没有的，而是元佑党人的一些政策。不禁问道：“元佑党人的政策也值得采纳吗？”
章惇回答道：“可以吸收他们的一些优良做法。”
从新党恢复的时间进度以及章惇的回答来看，说明以章惇为首的新党，在恢复新法的过程中是慎重的，也是从实际出发、博采众长的，这和以司马光为首的元佑党人，一上台后，不到一年时间，不管新法优劣和已经推行二十年的实际情况，将新法一股脑儿全部废除，两者之间真是有天壤之别。可惜的是，章惇就是因为坚持改革，支持新法，被后世很多史学家认为是奸臣，岂不冤哉？
九月，官制也恢复了元丰年间的制度。
佐料：章惇其人，我们从两则典故中，可做侧面了解。
《宋稗类钞》卷三记载：神宗时，陕西用兵失利，神宗大怒，从宫内出手诏要斩某位管理漕运的官员，应该是后勤工作没做好吧。
第二天，神宗问宰相蔡确：“昨天朕批出斩某人，办好了吗？”
蔡确回答道：“臣正打算将此事秉奏陛下呢！”
神宗奇怪地道：“难道有什么疑问吗？”
蔡确道：“太祖太宗以来，从未杀过士大夫，臣的意思是不应该从陛下这里开始！”
神宗沉吟一阵，点头道：“那就改为刺面，发配远方！”
章惇当时为门下侍郎，立即反对道：“陛下如果这样做，反不如杀了他！”
神宗更惊异了，问章惇道：“这是什么原故？”
章惇斩钉截铁道：“士可杀，不可辱！”
神宗一愣神，声色俱厉地拍案叫道：“快意事，怎么一件都做不得！”
章惇马上接口道：“这样的快意事，不做也好！”
这则典故，形象的描绘了三个人物。蔡确并不是阿谀奉承皇帝之臣，神宗也不是一位刚愎自用之帝，章惇更是是非分明之人。
《春渚纪闻》卷三记载：开封第五铺有一位异僧，人称“圣和尚”，知人祸福。章惇信奉道教，喜欢寻访异人。
神宗熙宁初期，有次，章惇和朋友在第五铺一饭馆用餐，圣和尚从饭馆门前经过，章惇请他进来入座，并询问以后祸福。
圣和尚看了章惇后道：“承天一柱，判断山河！”章惇大喜。
圣和尚走后，章惇的朋友对他开玩笑道：“圣和尚是说你以后要做宰相啊！但这'一柱'作何解释？”
章惇大言不惭地道：“我做宰相，哪容第二人并列？”
后哲宗亲政，章惇果然独相六年！章惇这份自信让人敬佩！