公元1187年九月，八十一岁的赵构身染重病，赵眘几次到德寿宫探病。十月初一日，赵构康复，赵眘很高兴，大赦天下，熟料，赵构这是回光返照，三天后又不行了，赵眘听闻，罢朝到德寿宫侍疾，初八日，赵构驾崩。
赵构主动退位，悠哉悠哉地享受了二十六年太上皇的滋味，既前无古人，也后无来者。赵构驾崩前，遗诏太上吴皇后改称“皇太后”。
赵眘对赵构的死，表现出异乎寻常的悲痛，他对宰相王淮道：“朕不打算“用月换年”的古制（即守丧三年换成守丧三月），而要效仿晋武帝、魏孝文帝，确实施行三年守丧制度，这不会妨碍听政，司马光的《资治通鉴》记载很详细。”
王淮等很吃惊，回奏道：“《通鉴》所载，晋武帝虽然有这个意向，但是后来只在宫内穿‘深衣’，戴‘练冠’而已。”
赵眘说道：“当时群臣不知顺承晋武帝的美意，因此遭司马光讥讽。这事从我做起，也未尝不可啊！”赵眘开始守丧的同时下诏，让礼官讨论此类仪式制度上报朝廷。十八日，群臣五次上表，请赵眘御正殿垂拱殿听政，赵眘手批，等一个月后再说。
十一月初二日，赵构的“大祥”祭礼之后，赵眘开始头戴白布纱帽，身穿白布袍，腰扎黑皮带上延和殿听政。到德寿宫则改穿麻衣丧服，手持丧杖。同日，赵眘下诏，让皇太子赵惇参决政务。但凡皇帝让太子参与处理政事，都是交权的前奏。因此赵惇的道德老师左谕德尤袤对赵惇道：“储君之位，仅限于侍膳、问安，不宜处置外事。有时太子抚军、监国，从汉以来，也只是权宜之计。事权不一，是朝廷大忌，请殿下上表恳辞！”
第二天，赵惇三辞参决政务，赵眘不许！初四日，赵眘率文武百官到德寿宫举行禫祭（解除丧服的祭礼），之后，百官脱下丧服。初七日，群臣又三次上表，请赵眘到垂拱殿听政，赵眘却又推辞说，等祔庙（将已故皇帝神主牌位安放在太庙）后再说。也就是说，群臣都脱了丧服，唯有赵眘，依然戴着白帽、穿着白布袍，系着黑皮带，继续以服丧的形式处理国事。
公元1188年正月初一日，赵眘到德寿宫向赵构的灵座行礼。皇太子赵惇推辞多次处理政务，未获赵眘批准，正月初二日，正式开始到议事堂协助皇帝处理政务。
三月，赵构安葬于永思陵，用尤袤的提议，上赵构庙号“高宗”，用翰林学士洪迈建议，吕颐浩、赵鼎、韩世忠、张俊配飨高宗庙廷，这是文臣武将死后的最高荣誉。
四月，高宗神主祔于太庙。此前，赵眘答应群臣，神主祔庙，再考虑御正殿听政，如今高宗神主已经祔庙，赵眘未等群臣开口，却先行下诏道：“朕以前下过诏书，说要服丧三年，群臣多次上表请求御正殿、换丧服。为不耽误政事，朕因此穿布衣在内殿处理政事。虽然答应过祔庙后勉从群臣所请，然而考究典礼，朕还是于心不安，三年服丧，实为古制。群臣应该体谅朕的用意，不要再规劝了！”
也就是说，赵眘思前想后，决定实打实为赵构守孝三年。平常官员为父母守孝，必须得辞官回乡丁忧。赵眘做为皇帝，决定了守孝，自然就不能有效履行皇帝职责。怎么办，唯有交权给皇太子。但赵惇并未完全熟悉政务，赵眘便决定再带他走一程。
公元1189年正月，赵眘以周必大为左丞相，留正为右丞相。十六日，赵眘对周必大道：“朕已疲倦，打算禅位给皇太子，退位修养，以成就高宗三年的守丧之制，具体该如何行事，你们做宰相的要拿出一个章程来！”
其后，皇太后吴氏移居慈福宫，德寿宫改名为重华宫，拟做为他禅让后的居所。
二月初二日，赵眘下诏，传位给皇太子赵惇。当日，赵惇即皇帝位。赵眘素服移驾重华宫，为赵构守孝。十一日，赵惇尊赵眘为寿皇圣帝，皇后谢氏为寿成皇后，皇太后吴氏为寿圣皇太后。
赵构死后不久，赵眘在“皇权”和“穿丧服枯坐守孝”之间，毅然选择了为赵构守孝，而且赵构并非赵眘亲生父亲，加上赵眘此时已经年过六十，在古代已属高龄，赵眘的这份孝心，真的是感天动地，自古到今，可以说是独一份。赵眘死后庙号为“孝”，真无愧于“孝”！
佐料：周密《齐东野语》卷一“孝宗圣政”记载了赵眘多件轶事，撷取两件，以飨读者。
赵眘为赵构守丧，一直吃素，百日后，导致瘦骨如柴，有位吴夫人，多次劝赵眘，不能过于损伤自己身体，赵眘不听。
有日，吴夫人对管御膳的内侍道：“官家多日吃素，太过清瘦，你们要想点办法。”并暗中让他们用鸡汤混在素菜中。赵眘吃了后感觉有异味，出言询问，内侍不敢隐瞒，如实汇报，赵眘大怒，欲将吴夫人打入大牢，皇太后吴氏听说后，慌忙过来劝解，吴夫人仍然被赶出宫外，参与其事的内侍也都受到降职处罚。
张说是赵眘宠信的佞幸之一。做都承旨时，有日向赵眘秉奏，打算在家宴请朝中侍从官，赵眘同意，并道：“到时，朕赏些酒菜给你助兴！”张说感觉很得意，回去后立即遍邀宾客，受约者除了兵部侍郎陈良佑，全部到齐。张说对陈良佑的不赏脸，心中十分不快。
不久，赵眘果然派内侍送来酒菜，张说跪谢之后，又附带上奏：“臣奉旨邀请宾客，陈良佑不到，是违抗圣旨！”
内侍回宫，如实秉奏，赵眘听了并未表态。过了很久，赵眘突然对内侍道：“张说的宴会散了吗？”
内侍回答道：“他奉旨会客，肯定要通宵达旦！”
赵眘又命内侍去赏赐酒菜，张说大喜过望，又告刁状：“臣再三派人请陈良佑，他就是不肯来！”内侍又回去复命。
张说等喝得很嗨，到中夜，忽然传来消息，赵眘御批任命陈良佑为谏议大夫。张说座中之客正尽兴，听到这个消息，都索然寡味，各自离席而去。
附录：孝宗在位年号及历任宰相
绍兴三十二年六月孝宗即位（公元1162年）：陈康伯，朱倬（六月免）；
隆兴元年（公元1163年）：陈康伯（十二月免），史浩（元月任，五月免），汤思退（七月任），张浚（十二月任）；
隆兴二年（公元1164年）：张浚（四月免），陈康伯，汤思退（十一月免）；
乾道元年（公元1165年）：陈康伯（二月免），洪适（十二月任）；
乾道二年（公元1166年）：洪适（三月免），叶颙（十二月任），魏杞（十二月任）；
乾道三年（公元1167年）：叶颙（十一月免），魏杞（十一月免）；
乾道四年（公元1168年）：蒋芾（二月任，七月丁母忧），陈俊卿（十月任）；
乾道五年（公元1169年）：陈俊卿，虞允文（八月任）；
乾道六年（公元1170年）：陈俊卿（五月免），虞允文；
乾道七年（公元1171年）：虞允文；
乾道八年（公元1172年）：虞允文（九月免），梁克家（二月任）；
乾道九年（公元1173年）：梁克家（十月免），曾怀（十月任）；
淳熙元年（公元1174年）：曾怀（六月免），叶衡（十一月任）；
淳熙二年（公元1175年）：叶衡（九月免）；
淳熙三年（公元1176年）：缺；
淳熙四年（公元1177年）：缺；
淳熙五年（公元1178年）：史浩（三月任，十一月免），赵雄（十一月任）；
淳熙六年（公元1179年）：赵雄；
淳熙七年（公元1180年）：赵雄；
淳熙八年（公元1181年）：赵雄（八月免），王淮（八月任）；
淳熙九年（公元1182年）：王淮，梁克家（九月任）；
淳熙十年（公元1183年）：王淮，梁克家；
淳熙十一年（公元1184年）：王淮，梁克家；
淳熙十二年（公元1185年）：王淮，梁克家；
淳熙十三年（公元1186年）：王淮，梁克家（十一月免）；
淳熙十四年（公元1187年）：王淮，周必大（二月任）；
淳熙十五年（公元1188年）：王淮（五月免），周必大；
淳熙十六年（公元1189年）：周必大，留正（二月任）。