秦桧独相十七年，做的最多的事情就是迫害政治对手。嗾使言官弹劾对手是秦桧惯用的伎俩，当然，他还有更毒辣的手段，兴起冤狱。这事下节再讲。
秦桧第一个不遗余力打击对象就是前宰相赵鼎，赵鼎罢相后，知绍兴府。秦桧想起赵鼎曾对张浚道：“此人（指秦桧）得志，我们将无所措足！”；想起自己为了再次爬上宰相位置，为枢密使时，低头哈腰尽力巴结赵鼎；想起赵鼎做宰相时逼迫自己；想起赵鼎罢相后仍然对自己不屑一顾，秦桧就恨得咬牙。君子记恩，小人记仇，自古而然！
秦桧不爽赵鼎，觉得绍兴离朝廷中枢杭州太近，改任他知泉州，想想还不解恨，又嗾使右谏议大夫曾统、殿中侍御史谢祖信弹劾赵鼎曾接受张邦昌的伪命，剥夺赵鼎“奉国军节度使的头衔。接着又让御史中丞王次翁弹劾赵鼎治在泉州敷衍塞责，出工不出力，不料，赵构命赵鼎回临安提举洞霄宫，虽然官职成了道观主持，但是回到京师杭州了。
而恰恰赵鼎并没有完全见识秦桧的歹毒，从泉州归来，又时常上书议论时政，秦桧一看，赵鼎你不安分啊，想东山再起吗？很快，秦桧的忠实走狗王次翁又出头了，王次翁老调重弹，说赵鼎曾接受伪命，不过还给赵鼎安了一个新罪名，污蔑他贪污都督府十五万缗钱，赵鼎贬于福建兴化。弹劾他的人仍不罢休，又迁漳州，最后贬为清远军节度副使，安置在潮州。
如果就此罢手，那就不是秦桧了。赵鼎在潮州五年，闭门谢客，不问时事。御史中丞詹大方再出手，污蔑赵鼎受贿，秦桧令潮州知州把他迁移到吉阳军（海南三亚），赵鼎上表谢罪道：“白首何归，怅余生之无几；丹心未泯，誓九死以不移。”
秦桧见后道：“这个老头还这样倔强。”
赵鼎在吉阳三年，隐居深处，门下故吏都不敢通信问候，只有广西主帅张宗元时不时给些周济。秦桧知道后，命吉阳军每月申报赵鼎开支。赵鼎此时身体不适，见秦桧赶尽杀绝，派人告诉他的儿子赵汾道：“秦桧一定要杀我。我死了，你们没有忧患；不然，祸及一家。”留下两句墓志铭：“身骑箕尾归天上，气作山河壮本朝。”便绝食而死。
秦桧第二个怨恨的是张浚，张浚虽然早期看好秦桧，推荐他为枢密使，但共事后觉得秦桧办事糊涂，不推荐他为宰相，加上张浚威望甚高，贬到福州后，多次上疏，反对议和，秦桧当然忌恨！秦桧按老套路，命言官攻击张浚，张浚从知福州贬为提举江州太平宫，安置在连州，后来又移送湖南永州。
为了监视张浚，秦桧命死党张柄知潭州，和湖南判官汪召锡密切关注张浚动向，后来还想兴起冤狱迫害张浚，他自己先到阎王爷那里报到去了，张浚得以幸免。
秦桧不但迫害政敌，即使是依附自己的同党，只要稍微触犯他，他便毫不留情将其排挤出局。公元1144年二月，万俟卨罢免参知政事兼钱枢密院事，楼炤接任。三个月后，受到秦桧的打手御史中丞李文会、侍御史詹大方弹劾，五月楼炤罢免，李文会接任；
李文会是秦桧嫡系，但因为擅自招降了海寇朱明，这本来是一件好事，但在秦桧看来，在他手下的辅相，就是应该拱手听命而已，没经过他的允许，擅自处理政事，就是插手干政。在秦桧操纵下，殿中试御史汪勃、右正言何若一起弹劾李文会“俭邪害政”“枭心虺志，无所不为”，十二月，李文会罢免，御史中丞杨愿接任；
杨愿曾作过秦桧秘书，但不到一年，就被赶下台，枢密都承旨李若谷接任；一年两个月，李若谷下台，职位一分为二，御史中丞何若任签书枢密院事，何若做了一个多月签书枢密院事后，汪渤代替，翰林学士段拂任参知政事。一年后，段佛下台，汪渤兼任参知政事。又半年后，汪渤下台，詹大方接任。之后，直到秦桧死亡，辅相位子相继是余尧弼、巫汲、章夏、宋朴、史才、魏师逊、施钜、郑仲熊等人，多则一年，少则不到一个月。
不仅如此，对于不在朝廷的中间派，秦桧也加以打击。
郑刚中本来是秦桧推荐提拔，朝廷主和，郑刚中开始不敢多说，后来和议成，郑刚中为任命为划分地界使，到陕西交接割地手续，再担任四川宣抚使，郑刚中治蜀，很有方略。
蜀中富饶，秦桧令郑刚中献金三万两并加派赋税，遭郑刚中拒绝。秦桧怒郑刚中不听命于己，令侍御史汪勃奏置四川财赋总领官，任命赵不弃为总领官，不隶属宣抚司。其实赵不弃还有一个任务，搜求郑刚中阴事密告秦桧，不久，秦桧假装召赵不弃回朝述职，同时也将郑刚中召回朝廷。郑刚中预感不妙，对亲信道：“情况孤立危急，但愿皇上能够知道内幕。”这话传到秦桧耳里，秦桧更加发怒。
秦桧即命御史汪勃、余尧弼等人吹毛索疵，对郑刚中猛加弹劾，列出所谓“妄用官钱”、“奢僭”、“贪婪”、“天资凶险”、“网罗死党”、“为臣不忠”“窥伺朝廷等等罪状。郑刚中于是被免职，提举江州太平兴国宫，桂阳监居住。
佐料：《宋稗类钞》卷二记载了宋朴是如何当上参知政事的，录之于下。
秦桧有次问宋朴：“我可以比古代何人？”
宋朴遽然回答：“太师超过郭子仪，不及张子房（张良）”
秦桧一听，感觉骇然，问宋朴什么原因？宋朴对道：“郭子仪被宦官挖掘先人坟墓，不敢怎么样。如今太师能使宦官屏息畏惧，超过郭子仪太多了。但终不及张子房。张子房是舍得功业，太师是舍不得功业！”
秦桧听完，拍腿叹息道：“说得好啊！”几天后，宋朴升任参知政事。秦桧心思叵测，让人难以预料。