公元1178年，史浩再次做宰相，推荐朱熹担任地方官，知南康军（江西庐山），朝廷担心朱熹又推辞，下旨给他，让他不需进京城奉诏，从崇安（福建武夷山）家里直接赶赴南康军上任就行。可朱熹还推辞，这次，朝廷态度较为强硬，不同意！朱熹无法，只得启程去南康军就任。此时朱熹已经四十九岁了，从十九岁中进士已经整整三十年，三十年间，朱熹仅在同安县做了四年主簿，其他时间基本都呆在崇安家里教书育人、着书立说或者外出结友游学。朱熹真是好坐性、好耐性、好静性，做学问有这份心境，不成大家也难！
朱熹在南康军，兴修水利，抗灾救荒，特别值得一提的是修复了白鹿洞书院，并亲自制定《白鹿洞书院教规》，《白鹿洞书院教规》是世界教育史上最早的教育规章制度之一。
第二年，天下大旱，朝廷下诏求地方官直言民间疾苦、朝政利弊。朱熹就真直言，上疏指责赵眘宠信佞幸近臣，宰相、台谏之臣失职，致使陛下号令不出朝廷，而出于一两人门下，名义上是陛下独断，实际是一二人暗中掌握了权柄。最后，朱熹说，弥天大祸，近在朝夕，可唯有陛下不知情！
赵眘读了朱熹奏疏，涵养再好，也不由得勃然大怒道：“这不是咒我亡国吗？”朱熹听说天子震怒，又上疏辞职，赵眘心想，你领了三十年俸禄，干了五六年实事，把我骂一顿又要拍屁股走人，天下哪有这么便宜的事？不理会！
这时原宰相陈俊卿又向赵眘极力推荐朱熹，赵眘正恼怒朱熹，哪会再提拔朱熹？但宰相赵雄有水平，他摸着了赵眘的心思，对赵眘道：“有些士大夫爱好名声，陛下越对他严厉，世人的赞誉反而越多！不如用其所长，等他在任上干了一阵，有无能力就一目了然！”
赵眘点头称是，朱熹被提拔为“提举江西常平茶盐公事”，命令刚下达，又以朱熹在南康军救灾有功，提升为直秘阁，可朱熹却提要求，说他救灾时有人主动献粮，他将这些人的名字上奏朝廷了，可朝廷没有给这些人封赏，他不好交代，所以也不好意思升官。
这时，浙东又闹饥荒，另一宰相王淮，提议改任朱熹为“浙东常平茶盐公事”，主持赈灾。朱熹还是提前面的要求辞职不干。朝廷封赏主动献粮之人之后，朱熹这才到朝廷接受任命。
朱熹到临安接受任命同时，给浙东其他州郡写信，召集米商，免除他们的商业税，等朱熹到达浙东，外地商船运来的粮食已经聚集。
朱熹每日查访民情，到州县巡行考察，单车独行，不带随从，所到之地，人们都不知道他的身份。郡县的官吏害怕他的严峻的作风，有的甚至弃官离去，辖区之内，秩序肃然。有人毁谤朱熹，说他政务荒疏，赵眘对王淮道：“朱熹政绩果然大有可观。”
皇帝的印象改观了，可宰相王淮对他又有意见了。朱熹在浙东才几个月，有官员举报知台州唐仲友不法，朱熹经过核查属实，即上疏弹劾唐仲友。唐仲友是宰相王淮的姻亲，此时正受吏部尚书郑丙、侍御史张大经推荐，打算升江西提点刑狱。朱熹这么一捅，唐仲友还怎么升官，王淮藏着朱熹奏章不上报赵眘，朱熹来了倔劲，连接上疏六次，王淮一看，保不住了，将唐仲友新升的官罢免了，转手送给了朱熹。朱熹一看王淮不怀好意，又“乞祠”不干，这时，郑丙和监察御史陈贾又指责朱熹的“道学”是伪学，朱熹重新做了五年“祠禄官”。
公元1187年，周必大做右相，重新推荐朱熹为江西提点刑狱，朱熹以有病推辞，朝廷不准，朱熹不得已上任。第二年，王淮罢左相，朱熹入朝面圣，当时赵眘身边有内侍甘昪弄权，朱熹极力劝谏，赵眘道：“甘昪是太上皇推荐的，说他有才啊！”
朱熹道：“小人无才，怎能鼓动人主？”赵眘认为他忠诚，命他为兵部郎官。朱熹以脚病“乞祠”。恰兵部侍郎林栗反对“道学”，自然也看朱熹不顺眼，赵眘各打五十板，林栗罢为知泉州，朱熹以秘阁修撰身份做“祠禄官”。
光宗即位，朱熹知漳州，后改知潭州（湖南长沙）。宁宗即位，在赵汝愚推荐下，召朱熹为焕章阁待制，侍讲，朱熹推辞，朝廷不许。朱熹面圣后面辞，宁宗道：“爱卿经术渊源，正符合待制、侍讲之职，就不要推辞了，辜负了朕崇儒重道的本意！”宁宗话说这份上，朱熹就不好意思再辞了。
当初宁宗即位，韩侂胄有大功，朱熹多次提醒宁宗，谨防韩侂胄用权害政。仅仅四十多天后，宁宗在韩侂胄的怂恿下，直接御批朱熹为“祠禄官”。朱熹想以疾病为由退休，逃出是非之地，宁宗不同意。
不久，韩侂胄当权，朱熹苦日子也就来临了。不久相继发生“庆元党禁”，朱熹为了自己完成最后着作，咬牙承认了部分罪责，名声一落千丈，这事以后再细讲。朱子门人或遭流放，或被下狱，被整得七零八落。
公元1198年，朱熹以年近七十，提出退休，第二年，宁宗批准同意。公元1200年，七十一岁的朱熹在持续的“庆元党禁”中逝世。
公元1202年，宁宗下诏：“朱熹已经退休，拜授华文阁待制，赐予退休恩泽。”韩侂胄死后，又下诏赐予朱熹遗表恩泽。公元1210年，宁宗赐朱熹谥号为“文”。不久赠中大夫，特赠宝谟阁直学士。
公元1227年，朝廷赠朱熹太师，追封信国公，后改封徽国公。
公元1241年正月，朱熹与周敦颐、张载、程颐、程颢享祀孔子庙，被后世尊称为朱子。他的理学思想，成为元、明、清三朝的官方统治思想。
朱熹着述甚多，有《周易本义》、《周易启蒙》、《四书章句集注》《太极图说解》《通书解说》、《楚辞集注》等。其中《四书章句集注》成为后世钦定的教科书和科举考试的标准。
佐料：宋朝官职中，有“宝谟阁”直学士，“华文阁”待制，“焕章阁”学士等，这些是什么官职，怎么有这么多阁？对此《宋史.职官二》有详细介绍。
诸阁“学士”、“直学士”、“待制”是宋朝百官之外，另外加封的官职名称，为的是激励有品行道义和有文学才能的人。“学士”、“直学士”作皇帝顾问；“待制”参与论事，负责校勘文书，几乎没有实际职事。但职位却很荣耀，对他们的挑选要求也很苛刻。
宋代有龙图阁（太宗）、天章阁（真宗）、宝文阁（仁宗、英宗）、显谟阁（神宗）、徽猷阁（哲宗）、敷文阁（徽宗）、焕章阁（高宗）、华文阁（孝宗）、宝谟阁（光宗）、宝章阁（宁宗）、显文阁（理宗），各阁分别收藏括号里各皇帝的御制、御书、御集、圣制、宝瑞等。
各阁置“学士”、“直学士”、“待制”等官，唯有天章阁另设“侍讲”。“学士”为正三品，“直学士”为从三品，“待制”为从四品，“侍讲”为正七品。