明季嘉靖年间，姑苏阊门外有寒儒姓文名徵，字晦庵。其先世曾为显宦，至徵父辈家道中落，唯遗破庐数椽、薄田数亩，并祖传残书数卷而已。徵性狷介，不慕荣利，日惟闭户读书，课徒为业，虽箪食瓢饮，晏如也。妻张氏，温婉贤淑，纺绩佐家计，伉俪情笃。膝下一女，名唤素纨，年方及笄，容止端丽，性慧敏，尤精女红，兼通文墨。
是岁秋闱，徵赴金陵应乡试。临行，张氏典当钗环，为备行囊。徵叹曰：“累卿至此，吾心何安？”张氏慰曰：“夫子鸿鹄之志，岂囿于蓬蒿？但得安心赴试，妾与素纨守家待归，勿以为念。”徵感其意，遂束装就道。
行至丹阳界，天忽骤雨如注，狂风折木。徵避雨于古驿亭中。亭久废圮，四壁穿漏，唯亭角一隅稍干。忽闻亭外呻吟声甚哀，徵秉烛视之，见一老叟蜷伏泥淖，衣敝履穿，面如金纸，气若游丝。徵恻然，不顾己身淋湿，奋力负叟入亭，解衣覆之，取囊中仅存之干粮，和水强饲之。良久，叟稍苏，目微启，见徵，泪涔涔下，声细如蚊：“感君活命……老朽乃河间府人，姓莫名知，避仇流落至此……身无长物，唯有一匣，系祖传之物，今赠君子，以报万一……”言讫，自怀中摸索出一乌木小匣，长不盈尺，雕镂古朴，入手沉甸。叟握徵手，目露异光：“匣中物……干系甚大……非至诚至善者不可启……谨记……谨记……”语未竟，头一偏，竟溘然长逝！
徵大悲，对尸拜曰：“萍水相逢，蒙公托付。徵虽贫寒，必不负所托，择善地安葬公身。”俟雨霁，典当所余盘缠，购薄棺，葬叟于驿亭后高岗，立石为记。葬毕，抚匣踟蹰，忆叟临终“非至诚至善者不可启”之嘱，终不敢妄动，藏匣于行囊深处，怀揣疑窦，复向金陵。
及至金陵，寓居鸡鸣寺侧小客邸。夜阑人静，孤灯如豆，徵取出木匣，反复摩挲。匣无缝无锁，浑然一体。忽忆幼时曾闻父言，上古有“天机匣”，以奇门遁甲之术封缄，需按特定方位、次序触动机括。徵秉烛细察，果见匣面有极细微之北斗七星纹饰，星位微凸。遂依北斗斗柄所指“开阳”位先按之，纹丝不动；转按“天枢”，亦无应；沉吟良久，忆叟“至诚至善”之语，恍然有悟：“北斗主生，斗柄东指，天下皆春。春主仁，仁者至诚也！”乃自象征仁德之“天权”星位按落。指甫下，匣内“咔嗒”轻响，匣盖竟自弹开！内衬黄绫，上置一轴，非帛非纸，触手柔韧微凉，似鲛绡所制。展之，长三尺，宽二尺，上以五色丝线，织就一幅繁复无比之回文锦图，纵横皆二十九字，共八百四十一字，字字珠玑，细若蝇头，或篆或隶，或楷或草，交错纷呈，更兼星宿、山川、鸟兽、花草之形隐现其间，变幻莫测，光华流转，令人目眩神迷！图首以朱砂题篆曰——《璇玑天机图》。图尾附蝇头小楷跋云：“此图藏天地之秘，蕴造化之机，得之者慎之重之。解其玄者，可洞悉古今，趋吉避凶；妄窥天机者，必遭奇祸。河间莫氏，世代守护，今气数尽矣，付与有缘。”
徵观此图，但觉浩瀚如海，深奥难测，绝非人力所能织就。心知此乃旷世奇珍，亦为祸乱之源。当下不敢久视，郑重卷起，藏于贴身夹袄之内层，秘不示人。然其心神已为此图所摄，闱场之中，竟神思恍惚，文不加点，草草完卷。放榜之日，果名落孙山。
徵怅然返家。未至门首，已闻悲声。邻人告曰：“文先生归矣！尊夫人……已病故旬日矣！”徵如遭雷殛，踉跄入室，但见素纨缟素跪于灵前，形容枯槁。原来徵离家后，张氏操劳过甚，兼感风寒，延医无资，竟一病不起，撒手人寰。徵抚棺大恸，几欲昏厥。素纨泣血劝慰，父女相依，悲苦度日。家中益窘，饔飧不继。素纨日夜刺绣，十指尽裂，所入仍难糊口。
一日，有豪仆数人，鲜衣怒马，至文家破篱前，投一名刺，上书“金陵通判贾世仁拜”。徵惊疑，素以布衣，何劳通判大人下顾？少顷，一中年官员乘轿而至，面白微须，目露精光，正是贾世仁。入室寒暄数语，贾忽屏退左右，低声道：“晦庵兄勿惊。闻兄自金陵归，途中曾葬一河间莫姓老者？”徵心下一凛，佯作镇定：“确有其事。大人何以知之？”贾抚掌笑道：“此老乃吾故友家仆，其主家正寻此老遗物。闻兄高义，葬其身，必亦知其遗物下落。若肯见还，本官必有重酬，解兄燃眉之急。”
徵察言观色，见贾目光闪烁，言不由衷，且提及“遗物”时急切之情溢于言表，心中雪亮：此人必为《璇玑图》而来！乃正色道：“大人明鉴。徵当日所葬，确为一落魄老者，除敝衣敝履，身无长物。徵怜其客死异乡，典衣买棺，葬之而已，实未见有何遗物。”贾世仁面色陡沉，目露凶光：“文徵！休得搪塞！本官既知此事，岂无凭据？那莫知身怀一乌木小匣，价值连城！尔若不交，休怪本官无情！”徵昂然道：“清者自清，浊者自浊。大人为朝廷命官，当知律法，岂能无端诬良为盗？匣之有无，大人自可搜检，若得，徵甘领其罪；若无，大人亦当还徵清白！”贾见徵凛然不屈，且室徒四壁，确无可藏重物之处，只得恨恨作罢，拂袖而去。临行阴恻恻道：“文晦庵，山高水长，尔好自为之！”
贾去后，徵知祸事不远。此人既为通判，权势熏天，必不肯罢休。急与素纨商议：“此地不可久留！贾贼觊觎之物，干系重大，若落其手，恐遗祸苍生。我父女须即刻远遁！”遂连夜变卖仅存薄产，携素纨星夜离乡，欲投奔徽州一远亲。
甫出姑苏，便觉有人尾随。行至太湖西山，暮色四合。父女雇一叶扁舟，欲渡湖避行踪。舟至湖心，忽狂风大作，浊浪排空！尾随之数条快船乘机围上，为首者黑衣蒙面，持刀厉喝：“文徵留下！可饶汝女性命！”舟子早骇得瘫软。徵将素纨护于身后，怒斥：“尔等何人？光天化日，敢行劫掠！”黑衣人狞笑：“奉贾大人之命，取尔怀中木匣！速速交出！”言毕，数名歹徒跳帮过船，举刀便砍。
徵一介书生，手无缚鸡之力，眼见刀光及颈。忽闻一声清叱：“鼠辈敢尔！”声如凤唳，穿破风浪！一道白影如惊鸿般自岸边芦苇丛中掠出，足点波涛，瞬息已至船头。但见来者乃一青年侠士，白衣胜雪，背负长剑，眉目疏朗，英气逼人。剑未出鞘，仅以剑鞘挥点，如电光石火，数名歹徒已纷纷惨叫落水。为首黑衣人见势不妙，挺刀直刺文徵心口，欲夺其怀中之物！白衣侠士冷哼一声，身形微晃，后发先至，一掌印在黑衣人背心。黑衣人如遭重锤，口喷鲜血，坠入湖中，顷刻为浪涛吞没。
风浪渐息。白衣侠士扶起惊魂未定的文徵父女，温言道：“在下复姓南宫，单名澈，游历江湖，路见不平。二位受惊了。”徵感激涕零，欲拜谢。南宫澈扶住，目光扫过徵胸前微微鼓起之处，神色凝重：“先生身怀重宝，已为奸人窥伺。贾世仁乃严嵩党羽，贪婪狠毒，此番未得手，必遣更厉害角色追索。太湖非久留之地。”徵见南宫澈气度不凡，且救命之恩，遂不再隐瞒，将得匣获图及贾世仁威逼之事和盘托出，并出示《璇玑天机图》。
南宫澈见图，神色剧震，肃然道：“果真是它！家师曾言，河间莫氏世代守护《璇玑图》，乃前朝异人所留，蕴藏惊天秘辛，更关乎国运气数。嘉靖帝沉迷方术，严嵩父子把持朝纲，广搜天下奇珍异宝、长生秘术以媚上。贾世仁定是奉严氏之命夺图！此图若入奸佞之手，后果不堪设想！”徵忧道：“如之奈何？”南宫澈沉吟：“为今之计，须寻一绝对隐秘之地，参详此图玄机，或可知晓其真正价值及避祸之法。在下知一所在，或可暂避。”
三人遂弃舟登岸，由南宫澈引领，昼伏夜行，专走荒僻小径，辗转月余，方至浙西天目山深处。但见群峰竞秀，古木参天，人迹罕至。攀藤附葛，至一绝壁下，南宫澈拨开藤蔓，现出一隐秘洞口。入洞曲折下行，豁然开朗，竟是一处天然石室，宽敞干燥，有清泉自石缝渗出，汇为小潭。壁上竟有古人所刻星图及道家符箓。
安顿毕，南宫澈道：“此乃家师昔年清修之地，名‘星隐洞’，极为安全。先生可安心在此研习宝图。”徵谢过，每日于石室中焚香静坐，展图细观。那《璇玑天机图》玄奥异常，八百余字纵横交错，正读、反读、斜读、交互读，皆可成文，或为诗赋，或为箴言，或似谶语。更奇者，图中星宿山川之纹，随日月光线转移，竟缓缓变动方位！徵穷尽心力，茶饭不思，素纨侍奉左右，忧心如焚。南宫澈则于洞口守护，或外出探听风声。
如此月余，徵须发皆白，形销骨立。一夜，月华如水，穿洞而入，正照在石壁星图之上。徵偶一抬头，见壁上星图与月光下《璇玑图》某处纹路隐隐相合！灵光乍现，忙以图就壁光比对。只见图中几处关键星位与石壁刻痕重合时，图上原本杂乱之字迹，竟如活物般自行流动重组，赫然显现出一篇清晰文字！首句云：“荧惑守心，帝星晦暗。九重宫阙，妖氛蔽天。东南有岛，潜龙在渊。金鳞岂是池中物，一遇风云便化龙。”
徵与南宫澈观之，皆惊骇不已！“荧惑守心”乃大凶天象，主帝王有厄；“妖氛蔽天”显指严嵩父子专权；“东南有岛，潜龙在渊”似暗喻某位被贬黜或隐遁的皇室贵胄！此图竟真能预言国运！继续推演，图文再变，显现山川地理，脉络走向，竟似一幅藏宝图，指向闽浙沿海某处岛屿，旁注：“洪武遗珍，靖难之秘。得之者，可正本清源，涤荡乾坤。”更附数行小字，详述开启宝藏之机关要诀及一首晦涩诗谜。
正震撼间，图文倏忽又变，现出一幅人像：峨冠博带，面容清癯，眉间一点朱砂痣。旁书：“忠良蒙垢，身陷囹圄。白下有义士，赤心贯金石。待得云开日，丹心照汗青。”南宫澈失声：“此乃海瑞海刚峰大人！海大人因上《治安疏》痛斥嘉靖帝及严嵩，被打入诏狱，天下皆知！图谶云‘身陷囹圄’，却又预言‘丹心照汗青’，莫非海大人日后尚有昭雪之时？‘白下有义士’又指何人？”
三人正参详，忽闻洞外传来尖利呼哨，破空之声不绝！南宫澈色变：“不好！追兵至矣！竟能寻到此地！”急命徵速收宝图，携素纨退往洞内深处。己则仗剑守住洞口。
但见洞口藤蔓纷飞，涌入十数名劲装大汉，为首二人，一僧一道，形容诡异。僧人枯瘦如柴，面如黑铁，手持一柄精钢禅杖；道人则肥胖如球，面白无须，倒提一柄拂尘，尘丝根根闪烁着幽蓝光泽，显淬剧毒。
黑面僧桀桀怪笑：“南宫小辈！交出《璇玑图》与文家父女，佛爷赏你全尸！”南宫澈冷笑：“‘黑煞僧’圆觉，‘毒弥勒’玄阴！严嵩竟派尔等左道妖人来夺宝！”圆觉怒喝：“找死！”禅杖挟风雷之势当头砸下！南宫澈长剑出鞘，剑光如匹练，硬架禅杖，“铛”一声巨响，火星四溅！两人各退一步，心下暗惊对方功力。玄阴道人阴笑拂尘一抖，万千毒丝如蓝雨般罩向南宫澈！南宫澈身法如风，剑化游龙，护住周身。然圆觉禅杖势大力沉，玄阴毒丝刁钻狠辣，二人联手，南宫澈渐处下风，险象环生。
洞内，徵闻听金铁交鸣与南宫澈闷哼之声，心急如焚。素纨忽指壁上星图与手中《璇玑图》急道：“爹爹快看！图中所示‘星隐洞’之‘隐’位，与石壁此处凹痕相合！”徵定睛，果见图中一极隐晦之星点，正对应石壁一不起眼之浅凹。情急之下，不及细思，以手指用力按向凹痕！
“轰隆隆——”石壁竟应声滑开，现出一条黝黑向下之秘道！寒气森森涌出。此时洞口一声惨呼，南宫澈肩头中了一记毒丝，踉跄退入洞内，面泛青气。圆觉、玄阴狂笑追入：“瓮中捉鳖矣！”
徵大呼：“南宫义士、纨儿，随我来！”三人急入秘道。徵按动内侧机括，石壁轰然闭合，将追兵隔断在外。秘道狭窄曲折，仅容一人，斜斜向下。行约里许，前方微现亮光。出得秘道，竟是一处更大的天然洞窟！窟顶有孔窍透入天光，照见洞中景象。但见洞窟中央，有一石台，台上端坐一具身着前朝服饰的骸骨，虽历百年，骨架晶莹如玉，隐隐生辉。骸骨怀中抱一玉匣，身旁插一柄古剑，剑鞘蒙尘，仍难掩锋锐之气。石壁刻满文字，细辨乃前朝遗臣手书，详述此洞来历。
原来此骸骨乃建文帝旧臣，兵部尚书齐泰之后人齐云深。靖难之役，燕王破金陵，建文帝不知所踪。齐泰殉国，其幼子齐云深携部分建文秘藏及太祖所赐关乎国本之密诏，在忠仆护卫下逃至天目山，开辟此“星隐洞”匿居。齐云深精天文地理、奇门遁甲，临终前将开启宝藏之钥及地图线索，以秘法织入一幅特制回文锦图，即后世所谓《璇玑天机图》，托付河间莫氏先祖守护，以待他日明主现世，光复正统。齐云深遗言：宝藏非为复私仇，乃为社稷黎民。开启者须有仁心慧眼，否则秘藏永封。
徵等阅罢，恍然《璇玑图》所示“洪武遗珍，靖难之秘”所指为何！图谶“东南有岛，潜龙在渊”之潜龙，或即建文一脉后裔？而开启宝藏之钥，正藏于玉匣之中！
此时，后方传来巨响与怒骂声，圆觉、玄阴竟以蛮力破开石门，追入洞窟！见石台上玉匣，二人眼中贪光大盛，舍了徵等，直扑石台！圆觉探手抓向玉匣，玄阴拂尘卷向古剑！
说时迟那时快，那柄蒙尘古剑忽地一声清越龙吟，竟自鞘中弹出半尺，寒光暴涨！圆觉、玄阴如遭电击，怪叫着被一股无形巨力震飞，口喷鲜血！玄阴惊骇：“护…护宝剑气！”话音未落，古剑完全出鞘，化作一道匹练惊虹，在洞窟中盘旋飞舞，剑气纵横，森寒刺骨！圆觉、玄阴左支右绌，狼狈不堪，禅杖、拂尘被剑气削得寸断！
南宫澈虽中毒，见状亦精神一振，强提真气，对徵道：“先生！此剑有灵，专诛邪佞！速取玉匣，按图索骥！”徵见那古剑盘旋至身前，剑尖轻颤，似有指引。遂大着胆子，向石台恭敬三拜：“前辈在上，后学文徵，非为私利，实为社稷苍生，借宝图一用！”拜毕，上前小心捧起玉匣。匣无锁，轻轻开启，内有一枚非金非玉、刻满符文的令牌，及一卷薄绢。绢上正是齐云深所绘详细海图，标注着东南某处隐秘岛屿的方位与水道，与《璇玑图》所示一般无二！令牌则刻“如朕亲临”四字，竟是洪武御赐调兵信物！
徵取牌在手，古剑似有感应，光华收敛，“铮”一声插入徵面前石地，微微颤动，似在认主！徵握住剑柄，一股浩然之气直冲灵台，肩头所中之毒竟被逼出几分！此时圆觉、玄阴见宝物已为徵所得，凶性大发，不顾伤势，状若疯虎扑来！
南宫澈奋起余力，挺剑拦住玄阴。徵得古剑之助，勇气倍增，挥剑迎向圆觉。此剑名“靖难”（取“靖国难”之意），乃太祖朱元璋命高人采天外陨铁所铸，正气所钟，专克邪功。圆觉禅杖已毁，徒手相搏，黑煞掌力遇剑光即溃散。数招一过，徵觑得破绽，一剑刺中圆觉心窝！圆觉惨叫毙命。那边南宫澈亦拼死一剑，刺穿玄阴咽喉。
强敌既除，南宫澈毒气攻心，昏厥倒地。素纨大恸。徵急取《璇玑图》细观，图中于疗伤篇确有记载，按图中所示方位，于洞窟角落采得数株奇异草药，捣烂喂服。不多时，南宫澈呕出几口黑血，面色转红，悠悠醒转，体内剧毒竟已解去大半！
休整数日，南宫澈痊愈。三人知此地不可再留，严嵩爪牙定会源源而至。商议之后，决定按图出海，寻访“潜龙”及宝藏，并设法营救海瑞。行前，将齐云深骸骨与圆觉、玄阴尸身妥善安葬。
历经艰险，三人辗转至闽海，得遇一伙被官府逼反、专与严党作对的义民海商，首领名唤汪直（非史实倭寇汪直），豪迈任侠。南宫澈以武会友，徵示以《璇玑图》部分海图及洪武令牌，晓以大义。汪直见图谶及令牌，又闻欲救海瑞、寻建文后裔以抗严嵩，肃然起敬，慨然道：“汪某虽草莽，亦知忠义！愿率船队，护送先生寻岛！”
扬帆出海，依图索骥，穿越风涛暗礁，终抵一云雾缭绕之孤岛。岛上山势奇峻，古木参天。按图谶诗谜所示：“玄武垂首，朱雀衔珠。青龙盘柱，白虎卧波。中宫一点，地火天风。”寻至岛中央一形如玄武巨龟的山崖下，见崖底有深潭（朱雀衔珠之“珠”），潭水清冽。潭边一株千年古藤（青龙盘柱），虬结如龙，缠绕一石柱。柱对面有一卧虎状白石（白虎卧波）。徵立于潭边（中宫），取洪武令牌，依诗谜所示方位，依次触动龟首、潭心、古藤根、虎目及石柱顶端。
隆隆巨响中，潭水竟向两侧分开，现出石阶！众人惊佩，循阶而下，进入一巨大地宫。宫室俨然，珠光宝气，堆满金银珠宝、古籍字画，更有铠甲兵器无数，皆精良异常。最深处，一玉台上供奉一金函，内藏建文帝出亡时携走的传国玉玺（仿制）及数道关系皇室正统的密诏！壁上刻文，详述建文一脉流落海外之秘辛及联络方式。
众人正震撼，忽闻地宫入口杀声震天！竟是贾世仁亲率大批水师官兵及江湖败类追踪而至！原来严嵩遍撒眼线，探得徵等出海消息，命贾世仁调集水师，勾结倭寇，欲夺宝图、灭口夺宝！
汪直率义民海商拼死抵挡，然官兵势大，又有倭寇凶悍，渐渐不支。危急关头，徵手持“靖难”神剑，怀揣《璇玑图》及玉玺密诏，登上地宫高台，朗声道：“贾世仁！尔等助纣为虐，祸国殃民！今建文皇帝遗诏在此，洪武信物在此！天命昭昭，岂容尔等逆贼猖狂！”声如洪钟，正气凛然。贾世仁色厉内荏，喝令放箭！
千钧一发之际，忽听海螺号角长鸣，声震四野！岛外海面，帆樯如林，竟出现一支庞大舰队！帅旗高悬，上书斗大“戚”字！正是抗倭名将戚继光闻讯（南宫澈曾遣心腹送信），率精锐水师及时赶到！
戚家军训练有素，火炮齐鸣，杀声震天。倭寇与贾世仁麾下乌合之众顷刻溃败。贾世仁见大势已去，欲夺路而逃，被南宫澈飞身截住。仇人相见，分外眼红。南宫澈剑若惊鸿，贾世仁武功本不弱，然心胆已丧，十招不到，被南宫澈一剑穿喉！
戚继光登岛，见地宫宝藏、玉玺密诏，又闻徵等所述图谶及建文后裔事，肃然起敬。戚将军忠义无双，当下与徵、南宫澈歃血为盟，秘藏玉玺密诏，暂取部分财帛充作军资，以御倭寇、固海防。并遣心腹按图联络建文后裔（后证实为贤王），共谋大计。戚继光感文徵高义，素纨贤淑，南宫澈英武，亲为媒证，撮合南宫澈与素纨姻缘。
后数年，嘉靖帝崩，裕王（即明穆宗）继位。徐阶等扳倒严嵩父子。海瑞获释，官复原职，天下称庆。文徵以《璇玑天机图》所示治国安邦之策（如均田赋、兴水利、整吏治、强军备等），结合多年体察，着成《经纬策》十卷，托戚继光、海瑞转呈新君。穆宗览奏，深以为然，虽碍于祖制未能尽纳，亦多所施行，朝政为之一清。徵功成不居，携婿女隐居于天目山星隐洞畔，开馆授徒，教化乡里。南宫澈与素纨得一双璧玉，承欢膝下。
那《璇玑天机图》，自地宫开启后，图上光华渐敛，字迹纹路竟缓缓隐去，终成一片素白鲛绡。徵悟道：“天机已泄，宝图使命已成。留此白绢，正喻‘本来无一物’，心镜自明澈。”遂于星隐洞中筑一石龛，将白绢与洪武令牌、齐云深手书同置其中，永镇山川。唯“靖难”宝剑传于南宫澈之子，嘱其守正辟邪，护卫苍生。
文徵寿至耄耋，无疾而终。临终前夜，星隐洞上空瑞霭萦绕，有白鹤清唳。乡人皆言，晦庵先生本星宿下凡，了却尘缘，归位仙班矣。其仁心慧眼，不慕荣利，护宝图、扶正气、济苍生之德，与《璇玑图》之传奇，并传于江南，流芳后世。正所谓：
莫道寒门无奇士，心存仁义即通玄。
璇玑谶纬藏天机，慧眼拨云见青天。
神剑靖难诛妖氛，孤忠碧血荐轩辕。
星隐洞中白绢在，长留正气满人间！