眼前是一个更加广阔、却更加破败的空间。这里似乎是“远航者号”飞船的一个大型货舱或者机库，规模巨大，但此刻已经半坍塌，到处是断裂的钢梁和坠落的舱壁，露出外面漆黑的岩层。空气中弥漫着浓重的金属锈蚀味和……某种更加古老、更加冰冷的气息。
然而，最令人心悸的是，这个巨大空间的中央，矗立着一个令人瞠目结舌的庞然大物——那是一个由无数巨大水晶簇、精密金属环和流淌着液态能量的管道构成的、直径近百米的环形装置！它的一半嵌入船体，另一半则撕裂了岩层，延伸向外部的无尽黑暗！此刻，这个巨大的环正在被从实验室方向涌来的恐怖能量注入，发出低沉如同巨兽苏醒般的轰鸣，环内的空间开始扭曲，散发出七彩的、令人头晕目眩的灵光！
这就是“升华矩阵”的本体？！它竟然就建造在“远航者号”内部，并且部分暴露在了底巢的深层空间！
矩阵启动的威压笼罩了整个区域！林晚（零）感到自己的思维正在被撕碎，要被抽离出身体，融入那个巨大的光环之中！
【抵抗失败！意识剥离进程加速！60秒后不可逆！】
完了……最终还是……
就在她意识即将彻底涣散之际，她的目光无意中扫过矩阵基座附近的一堆废墟。那里，半埋着一块相对完整的金属板，上面刻着熟悉的、属于“远航者号”的铭文和……一个紧急手动超控台的示意图！旁边还有一个清晰的标记：“紧急净化协议启动节点 - 仅限舰长权限或‘始祖共鸣’触发”！
伊莱恩博士的提示在她脑中炸响：“……在‘矩阵’启动的核心节点释放……”
核心节点！就是这个超控台！
可是“始祖共鸣”触发？她看着手中空空如也、只剩几滴残留液体的破碎小瓶……样本几乎全毁了！
不！还有机会！
她体内流淌着的，就是源自“始祖样本”的力量！她的“基因熔炉”，就是最好的共鸣器！
用我自身……作为最后的“净化”之匙！
这个念头如同闪电划过脑海！
没有时间犹豫了！
林晚（零）挣扎着爬起来，顶着矩阵那撕魂裂魄的恐怖吸力，踉跄着冲向那个超控台！每一步都如同在粘稠的沥青中跋涉，意识如同风中的残烛！
秦教授的身影通过矩阵的能量投影，出现在半空中，他看到了林晚（零）的举动，先是一愣，随即发出嘲讽的狂笑：“垂死挣扎！没有始祖样本，你什么都做不了！乖乖成为神的一部分吧！”
林晚（零）没有理会他。她扑到超控台前，台面上有一个明显的、与她手中“核心共鸣器”形状完全契合的凹槽！
她将共鸣器狠狠按了进去！
然后，她伸出双手，紧紧抓住了超控台两侧那两个冰冷的、似乎是用来检测生命体征和能量频率的握柄！
【启动最终协议！以自身为媒介，引导‘熔炉’之力，逆向冲击‘升华矩阵’！】
她在意识中对系统下达了最后的指令！
【协议确认！风险：100%！开始逆向能量引导……】
“轰——！！！”
林晚（零）感觉自己的身体和灵魂仿佛被投入了一个巨大的能量熔炉！她体内那本就脆弱不堪的“基因熔炉”被超控台和矩阵的力量疯狂抽取、点燃、放大！前所未有的剧痛席卷了每一寸血肉和意识！她的皮肤龟裂，散发出刺眼的白光，鲜血尚未流出就被蒸发！
但与此同时，一股截然不同的、纯净的、带着悲悯与守护意志的蓝色光芒，也从她体内被激发出来——那是“始祖样本”残留的力量，与她自身的意志产生了最后的共鸣！
这股蓝色的光芒，顺着超控台，如同病毒般逆向注入了正在疯狂运转的“升华矩阵”！
“不！这是什么？！停下！”秦教授惊恐地尖叫起来！他感觉到矩阵的运行出现了异常！那种纯粹的同化之力被一股充满“否定”和“解放”意味的频率干扰了！
巨大的矩阵光环剧烈地闪烁起来，七彩的灵光中混入了不和谐的蓝色条纹！空间扭曲变得不稳定，内部甚至开始出现细小的黑色裂缝！
“呃啊啊啊——！”林晚（零）发出撕心裂肺的惨叫，身体仿佛要彻底瓦解，意识在崩溃的边缘徘徊。她能感觉到，自己的生命和灵魂正在被这孤注一掷的行为飞速燃烧！
但她也“看”到了——
通过矩阵那混乱的能量流，她看到了γ区乃至整个要塞的景象！
那些被“雅典娜”武器标记、正在等待清洗的底巢幸存者聚集区（回声石窟、遗忘坟场边缘……），笼罩在他们头上的死亡灵光标记，正在被这蓝色的净化波动干扰、淡化、最终如同阳光下的冰雪般消融！
她看到了被软禁在某个隔离室的凌风，他仿佛感应到了什么，猛地抬头望向虚空，眼中充满了震惊和一丝希望。
她甚至模糊地感知到了“议会”所在的、某个遥远而隐秘的空间中，传来了几声惊怒的咆哮！
净化……起效了！它打断了“议会”的清洗计划！
“强行稳定矩阵！压制她！”秦教授对着黑甲守卫怒吼！
四名守卫将能量权杖对准矩阵核心，强大的灵能输出，试图将那蓝色的净化波动强行磨灭！
两股力量在矩阵中疯狂对冲！
林晚（零）的压力陡增！她感觉自己马上就要被彻底碾碎了！
就在这平衡即将被打破的刹那——
异变再生！
矩阵核心那扭曲的空间中，一道黑色的裂缝猛地扩大！并非空间撕裂，而是一个……人影，从中迈步而出！
那人穿着一身残破不堪、却依稀能看出曾经华贵的古老舰长制服，面容模糊，仿佛由能量和阴影构成，手中握着一把燃烧着幽蓝色火焰的长剑。他抬起头，看向了秦教授和四名黑甲守卫，空洞的眼眶中仿佛有星辰生灭。
“入侵者……亵渎神域……当诛。”
一个冰冷、古老、不带任何感情的声音，直接在所有人的意识中响起！
是“远航者号”的……亡灵？守护者？还是……伊莱恩博士留下的后手？
不等任何人反应，那幽蓝长剑已然挥出！
一道无法形容的、仿佛能切割灵魂的剑光，跨越空间，直接斩向那四名黑甲守卫！
“噗！”
四名强大的黑甲守卫，连同他们的灵能护盾，如同热刀切黄油般，被瞬间腰斩！连惨叫都来不及发出，就化为了四团溃散的能量尘埃！
秦教授吓得魂飞魄散，转身就想启动传送逃跑！
但那古老的舰长只是看了他一眼。
秦教授的身体瞬间僵直，然后从脚开始，迅速化为灰色的岩石，最终彻底变成了一尊惊恐的雕像，碎裂成一地尘埃。
压倒性的力量！
林晚（零）目瞪口呆地看着这突如其来的逆转。
那古老的舰长缓缓转过身，模糊的面容似乎“看”向了超控台前、即将油尽灯枯的林晚（零）。
“钥匙……使命已完成……安息吧……”
他举起幽蓝长剑，似乎要将她和这失控的矩阵一同终结。
林晚（零）心中一片冰凉。刚出狼窝，又入虎口？这守护者要清除一切？
然而，就在剑光即将落下的瞬间，那舰长的动作突然停滞了。他低头看向自己逐渐变得透明的身体，又看向矩阵核心那因为能量对冲而变得极不稳定的巨大光环，以及光环中开始渗出的、令人不安的暗红色能量波动（那似乎是“议会”主导的、未被完全净化的邪恶灵能）。
“污染……已深入核心……必须……封印……”
他改变了主意。幽蓝长剑调转方向，猛地插入了矩阵的核心控制节点！
“轰隆隆——！！！”
巨大的矩阵光环发出了惊天动地的爆炸声！整个空间都在剧烈震动、坍塌！
强烈的能量风暴席卷了一切！
林晚（零）被爆炸的冲击波狠狠抛飞出去，撞在远处的残骸上，彻底失去了意识。
在意识陷入黑暗的前一秒，她仿佛看到那古老的舰长在爆炸中化为点点蓝光消散，而那个巨大的矩阵，则在爆炸中四分五裂，但核心部分被一层幽蓝色的封印能量牢牢包裹、凝固，最终沉入了崩裂的地底深处，只留下一个巨大的、散发着微弱蓝光的深坑和一片死寂的废墟。
净化之光，以矩阵的崩溃和封印为代价，似乎暂时阻止了“议会”的阴谋。
但她也付出了惨重的代价。
她的身体残破不堪，意识飘零。
未来，该何去何从？